forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/AnnotationParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  33 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PropertiesMap;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  37
  38 public class AnnotationParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  39
  40     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  41     static {
  42         try {
  43             _instance = new AnnotationParser();
  44         }
  45         catch ( final Throwable e ) {
  46             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  47         }
  48     }
  49
  50     private AnnotationParser() {
  51     }
  52
  53     @Override
  54     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  55         String ref;
  56         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_REF_ATTR ) ) {
  57             ref = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_REF_ATTR );
  58         }
  59         else {
  60             ref = "_:_";
  61         }
  62         final Annotation annotation = new Annotation( ref );
  63         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_TYPE_ATTR ) ) {
  64             annotation.setType( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_TYPE_ATTR ) );
  65         }
  66         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_EVIDENCE_ATTR ) ) {
  67             annotation.setEvidence( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_EVIDENCE_ATTR ) );
  68         }
  69         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_SOURCE_ATTR ) ) {
  70             annotation.setSource( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_SOURCE_ATTR ) );
  71         }
  72         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  73             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  74             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.ANNOTATION_DESC ) ) {
  75                 annotation.setDesc( child_element.getValueAsString() );
  76             }
  77             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE ) ) {
  78                 annotation.setConfidence( ( Confidence ) ConfidenceParser.getInstance().parse( child_element ) );
  79             }
  80             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.URI ) ) {
  81                 annotation.addUri( ( Uri ) UriParser.getInstance().parse( child_element ) );
  82             }
  83             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.PROPERTY ) ) {
  84                 if ( annotation.getProperties() == null ) {
  85                     annotation.setProperties( new PropertiesMap() );
  86                 }
  87                 annotation.getProperties()
  88                         .addProperty( ( Property ) PropertyParser.getInstance().parse( child_element ) );
  89             }
  90         }
  91         return annotation;
  92     }
  93
  94     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  95         return _instance;
  96     }
  97 }