forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/ColorParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  33 import org.forester.phylogeny.data.BranchColor;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  35
  36 public class ColorParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  37
  38     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  39     static {
  40         try {
  41             _instance = new ColorParser();
  42         }
  43         catch ( final Throwable e ) {
  44             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  45         }
  46     }
  47
  48     private ColorParser() {
  49     }
  50
  51     @Override
  52     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  53         int red = 0;
  54         int green = 0;
  55         int blue = 0;
  56         int alpha = -1;
  57         for( int j = 0; j < element.getNumberOfChildElements(); ++j ) {
  58             final XmlElement c = element.getChildElement( j );
  59             if ( c.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.COLOR_RED ) ) {
  60                 red = c.getValueAsInt();
  61             }
  62             else if ( c.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.COLOR_GREEN ) ) {
  63                 green = c.getValueAsInt();
  64             }
  65             else if ( c.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.COLOR_BLUE ) ) {
  66                 blue = c.getValueAsInt();
  67             }
  68             else if ( c.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.COLOR_ALPHA ) ) {
  69                 alpha = c.getValueAsInt();
  70             }
  71         }
  72         final BranchColor color = new BranchColor();
  73         if ( alpha < 0 ) {
  74             color.setValue( new Color( red, green, blue ) );
  75         }
  76         else {
  77             color.setValue( new Color( red, green, blue ) );
  78         }
  79         return color;
  80     }
  81
  82     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  83         return _instance;
  84     }
  85 }