forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/ConfidenceParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  32 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  33
  34 public class ConfidenceParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  35
  36     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  37     static {
  38         try {
  39             _instance = new ConfidenceParser();
  40         }
  41         catch ( final Throwable e ) {
  42             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  43         }
  44     }
  45
  46     private ConfidenceParser() {
  47     }
  48
  49     @Override
  50     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  51         final Confidence confidence = new Confidence();
  52         confidence.setValue( element.getValueAsDouble() );
  53         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE_TYPE_ATTR ) ) {
  54             confidence.setType( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE_TYPE_ATTR ) );
  55         }
  56         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE_SD_ATTR ) ) {
  57             try {
  58                 confidence.setStandardDeviation( Double.parseDouble( element
  59                         .getAttribute( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE_SD_ATTR ) ) );
  60             }
  61             catch ( final NumberFormatException ex ) {
  62                 throw new PhyloXmlDataFormatException( "attempt to parse ["
  63                         + element.getAttribute( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE_SD_ATTR + "] into double" ) );
  64             }
  65         }
  66         return confidence;
  67     }
  68
  69     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  70         return _instance;
  71     }
  72 }