forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/DateParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.math.BigDecimal;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Date;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public class DateParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  38
  39     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  40     static {
  41         try {
  42             _instance = new DateParser();
  43         }
  44         catch ( final Throwable e ) {
  45             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  46         }
  47     }
  48
  49     private DateParser() {
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  54         String unit = "";
  55         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_UNIT ) ) {
  56             unit = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_UNIT );
  57         }
  58         String val = null;
  59         String min = null;
  60         String max = null;
  61         String desc = "";
  62         for( int j = 0; j < element.getNumberOfChildElements(); ++j ) {
  63             final XmlElement e = element.getChildElement( j );
  64             if ( e.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_VALUE ) ) {
  65                 val = e.getValueAsString();
  66             }
  67             else if ( e.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_MIN ) ) {
  68                 min = e.getValueAsString();
  69             }
  70             else if ( e.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_MAX ) ) {
  71                 max = e.getValueAsString();
  72             }
  73             else if ( e.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CLADE_DATE_DESC ) ) {
  74                 desc = e.getValueAsString();
  75             }
  76         }
  77         BigDecimal val_bd = null;
  78         BigDecimal min_bd = null;
  79         BigDecimal max_bd = null;
  80         if ( !ForesterUtil.isEmpty( val ) ) {
  81             val_bd = new BigDecimal( val );
  82         }
  83         if ( !ForesterUtil.isEmpty( min ) ) {
  84             min_bd = new BigDecimal( min );
  85         }
  86         if ( !ForesterUtil.isEmpty( max ) ) {
  87             max_bd = new BigDecimal( max );
  88         }
  89         return new Date( desc, val_bd, min_bd, max_bd, unit );
  90     }
  91
  92     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  93         return _instance;
  94     }
  95 }