forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/DistributionParser.java

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  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  33 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Distribution;
  35 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  37 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  38
  39 public class DistributionParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  40
  41     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  42     static {
  43         try {
  44             _instance = new DistributionParser();
  45         }
  46         catch ( final Throwable e ) {
  47             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  48         }
  49     }
  50
  51     private DistributionParser() {
  52     }
  53
  54     @Override
  55     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhylogenyParserException {
  56         String desc = "";
  57         List<Point> points = null;
  58         List<Polygon> polygons = null;
  59         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  60             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  61             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.DISTRIBUTION_DESC ) ) {
  62                 desc = child_element.getValueAsString();
  63             }
  64             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.POINT ) ) {
  65                 if ( points == null ) {
  66                     points = new ArrayList<Point>();
  67                 }
  68                 points.add( ( Point ) PointParser.getInstance().parse( child_element ) );
  69             }
  70             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.POLYGON ) ) {
  71                 if ( polygons == null ) {
  72                     polygons = new ArrayList<Polygon>();
  73                 }
  74                 polygons.add( ( Polygon ) PolygonParser.getInstance().parse( child_element ) );
  75             }
  76         }
  77         return new Distribution( desc, points, polygons );
  78     }
  79
  80     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  81         return _instance;
  82     }
  83 }