forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/DomainArchitectureParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  32 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  33
  34 public class DomainArchitectureParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  35
  36     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  37     static {
  38         try {
  39             _instance = new DomainArchitectureParser();
  40         }
  41         catch ( final Throwable e ) {
  42             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  43         }
  44     }
  45
  46     private DomainArchitectureParser() {
  47     }
  48
  49     @Override
  50     public DomainArchitecture parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  51         final DomainArchitecture architecure = new DomainArchitecture();
  52         if ( !element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_LENGTH ) ) {
  53             throw new PhyloXmlDataFormatException( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_LENGTH
  54                     + " attribute is required for domain architecture" );
  55         }
  56         final String lenght_str = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_LENGTH );
  57         try {
  58             architecure.setTotalLength( Integer.parseInt( lenght_str ) );
  59         }
  60         catch ( final NumberFormatException e ) {
  61             throw new PhyloXmlDataFormatException( "could not extract domain architecture length from [" + lenght_str
  62                     + "]: " + e.getMessage() );
  63         }
  64         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  65             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  66             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_DOMAIN ) ) {
  67                 architecure.addDomain( ( ProteinDomain ) ProteinDomainParser.getInstance().parse( child_element ) );
  68             }
  69         }
  70         return architecure;
  71     }
  72
  73     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  74         return _instance;
  75     }
  76 }