forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/EventParser.java

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   3 // for evolutionary biology research and applications.
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  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  30 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Event;
  33 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public class EventParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  37
  38     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  39     static {
  40         try {
  41             _instance = new EventParser();
  42         }
  43         catch ( final Throwable e ) {
  44             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  45         }
  46     }
  47
  48     private EventParser() {
  49     }
  50
  51     @Override
  52     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhylogenyParserException {
  53         String type = "";
  54         Confidence conf = null;
  55         int duplications = Event.DEFAULT_VALUE;
  56         int speciations = Event.DEFAULT_VALUE;
  57         int losses = Event.DEFAULT_VALUE;
  58         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  59             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  60             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.EVENT_TYPE ) ) {
  61                 type = child_element.getValueAsString();
  62             }
  63             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE ) ) {
  64                 conf = ( ( Confidence ) ConfidenceParser.getInstance().parse( child_element ) );
  65             }
  66             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.EVENT_DUPLICATIONS ) ) {
  67                 duplications = child_element.getValueAsInt();
  68             }
  69             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.EVENT_SPECIATIONS ) ) {
  70                 speciations = child_element.getValueAsInt();
  71             }
  72             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.EVENT_LOSSES ) ) {
  73                 losses = child_element.getValueAsInt();
  74             }
  75         }
  76         Event event = null;
  77         if ( ForesterUtil.isEmpty( type ) ) {
  78             event = new Event( duplications, speciations, losses );
  79         }
  80         else {
  81             try {
  82                 event = new Event( duplications, speciations, losses, type );
  83             }
  84             catch ( final Exception e ) {
  85                 throw new PhylogenyParserException( "problem with " + element.toString() + ": " + e.getMessage() );
  86             }
  87         }
  88         if ( conf != null ) {
  89             event.setConfidence( conf );
  90         }
  91         return event;
  92     }
  93
  94     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  95         return _instance;
  96     }
  97 }