forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/IdentifierParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  30 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  32 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  33
  34 public class IdentifierParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  35
  36     final private static String                      TYPE = "type"; //TODO deprecated, remove, to ensure comp. with phyloxml 1.00
  37     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  38     static {
  39         try {
  40             _instance = new IdentifierParser();
  41         }
  42         catch ( final Throwable e ) {
  43             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  44         }
  45     }
  46
  47     private IdentifierParser() {
  48     }
  49
  50     @Override
  51     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhylogenyParserException {
  52         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER_PROVIDER_ATTR ) ) {
  53             return new Identifier( element.getValueAsString(), element
  54                     .getAttribute( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER_PROVIDER_ATTR ) );
  55         }
  56         else if ( element.isHasAttribute( TYPE ) ) {
  57             return new Identifier( element.getValueAsString(), element.getAttribute( TYPE ) );
  58         }
  59         else {
  60             return new Identifier( element.getValueAsString() );
  61         }
  62     }
  63
  64     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  65         return _instance;
  66     }
  67 }