forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/PolygonParser.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.util.ArrayList;
  29 import java.util.List;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Point;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Polygon;
  37
  38 public class PolygonParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  39
  40     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  41     static {
  42         try {
  43             _instance = new PolygonParser();
  44         }
  45         catch ( final Throwable e ) {
  46             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  47         }
  48     }
  49
  50     private PolygonParser() {
  51     }
  52
  53     @Override
  54     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  55         final List<Point> points = new ArrayList<Point>();
  56         for( int j = 0; j < element.getNumberOfChildElements(); ++j ) {
  57             final XmlElement e = element.getChildElement( j );
  58             if ( e.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.POINT ) ) {
  59                 points.add( ( Point ) PointParser.getInstance().parse( e ) );
  60             }
  61         }
  62         return new Polygon( points );
  63     }
  64
  65     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  66         return _instance;
  67     }
  68 }