forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/PropertyParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  30 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  31 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Property;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Property.AppliesTo;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public class PropertyParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  37
  38     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  39     static {
  40         try {
  41             _instance = new PropertyParser();
  42         }
  43         catch ( final Throwable e ) {
  44             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  45         }
  46     }
  47
  48     private PropertyParser() {
  49     }
  50
  51     @Override
  52     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhylogenyParserException {
  53         String ref = "";
  54         String value = "";
  55         String unit = "";
  56         String datatype = "";
  57         String applies_to_str = "";
  58         String id_ref = "";
  59         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_REF ) ) {
  60             ref = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_REF );
  61         }
  62         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_UNIT ) ) {
  63             unit = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_UNIT );
  64         }
  65         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_DATATYPE ) ) {
  66             datatype = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_DATATYPE );
  67         }
  68         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_APPLIES_TO ) ) {
  69             applies_to_str = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.PROPERTY_APPLIES_TO );
  70         }
  71         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.ID_REF ) ) {
  72             id_ref = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.ID_REF );
  73         }
  74         if ( !ForesterUtil.isEmpty( element.getValueAsString() ) ) {
  75             value = element.getValueAsString();
  76         }
  77         AppliesTo applies_to = AppliesTo.OTHER;
  78         if ( applies_to_str.equals( AppliesTo.NODE.toString() ) ) {
  79             applies_to = AppliesTo.NODE;
  80         }
  81         else if ( applies_to_str.equals( AppliesTo.PARENT_BRANCH.toString() ) ) {
  82             applies_to = AppliesTo.PARENT_BRANCH;
  83         }
  84         else if ( applies_to_str.equals( AppliesTo.CLADE.toString() ) ) {
  85             applies_to = AppliesTo.CLADE;
  86         }
  87         else if ( applies_to_str.equals( AppliesTo.ANNOTATION.toString() ) ) {
  88             applies_to = AppliesTo.ANNOTATION;
  89         }
  90         else if ( applies_to_str.equals( AppliesTo.PHYLOGENY.toString() ) ) {
  91             applies_to = AppliesTo.PHYLOGENY;
  92         }
  93         return new Property( ref, value, unit, datatype, applies_to, id_ref );
  94     }
  95
  96     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  97         return _instance;
  98     }
  99 }