forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/ProteinDomainParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.ProteinDomain;
  32
  33 public class ProteinDomainParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  34
  35     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  36     static {
  37         try {
  38             _instance = new ProteinDomainParser();
  39         }
  40         catch ( final Throwable e ) {
  41             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  42         }
  43     }
  44
  45     private ProteinDomainParser() {
  46     }
  47
  48     @Override
  49     public ProteinDomain parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  50         String name = "";
  51         int f = -1;
  52         int t = -1;
  53         double conf = ProteinDomain.CONFIDENCE_DEFAULT;
  54         String id = ProteinDomain.IDENTIFIER_DEFAULT;
  55         try {
  56             f = Integer
  57                     .parseInt( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_PROT_DOMAIN_FROM ) );
  58             t = Integer.parseInt( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_PROT_DOMAIN_TO ) );
  59             conf = Double.parseDouble( element
  60                     .getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECTURE_PROT_DOMAIN_CONFIDENCE ) );
  61             if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER ) ) {
  62                 id = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER );
  63             }
  64         }
  65         catch ( final Exception e ) {
  66             throw new PhyloXmlDataFormatException( "failed to parse element [" + element + "]: " + e.getMessage() );
  67         }
  68         name = element.getValueAsString();
  69         if ( ( f == -1 ) || ( t == -1 ) || ( conf == ProteinDomain.CONFIDENCE_DEFAULT ) ) {
  70             throw new PhyloXmlDataFormatException( "from, to, or confidence attribute not set in: " + element );
  71         }
  72         return new ProteinDomain( name, f, t, id, conf );
  73     }
  74
  75     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  76         return _instance;
  77     }
  78 }