forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/ReferenceParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Reference;
  33 import org.forester.util.ForesterUtil;
  34
  35 public class ReferenceParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  36
  37     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  38     static {
  39         try {
  40             _instance = new ReferenceParser();
  41         }
  42         catch ( final Throwable e ) {
  43             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  44         }
  45     }
  46
  47     private ReferenceParser() {
  48     }
  49
  50     @Override
  51     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  52         String desc = "";
  53         String doi = "";
  54         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.REFERENCE_DOI_ATTR ) ) {
  55             doi = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.REFERENCE_DOI_ATTR );
  56         }
  57         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  58             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  59             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.REFERENCE_DESC ) ) {
  60                 desc = child_element.getValueAsString();
  61                 break;
  62             }
  63         }
  64         if ( !ForesterUtil.isEmpty( doi ) ) {
  65             return new Reference( desc, doi );
  66         }
  67         else {
  68             return new Reference( desc );
  69         }
  70     }
  71
  72     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  73         return _instance;
  74     }
  75 }