forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/SequenceParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Accession;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Annotation;
  33 import org.forester.phylogeny.data.DomainArchitecture;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  36
  37 public class SequenceParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  38
  39     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  40     static {
  41         try {
  42             _instance = new SequenceParser();
  43         }
  44         catch ( final Throwable e ) {
  45             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  46         }
  47     }
  48
  49     private SequenceParser() {
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public Sequence parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  54         final Sequence sequence = new Sequence();
  55         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_TYPE ) ) {
  56             sequence.setType( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_TYPE ) );
  57         }
  58         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_SOURCE_ID ) ) {
  59             sequence.setSourceId( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_SOURCE_ID ) );
  60         }
  61         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  62             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  63             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_LOCATION ) ) {
  64                 sequence.setLocation( child_element.getValueAsString() );
  65             }
  66             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_NAME ) ) {
  67                 sequence.setName( child_element.getValueAsString() );
  68             }
  69             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_GENE_NAME ) ) {
  70                 sequence.setGeneName( child_element.getValueAsString() );
  71             }
  72             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_MOL_SEQ ) ) {
  73                 if ( child_element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_MOL_SEQ_ALIGNED_ATTR ) ) {
  74                     sequence.setMolecularSequenceAligned( Boolean.parseBoolean( child_element
  75                             .getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_MOL_SEQ_ALIGNED_ATTR ) ) );
  76                 }
  77                 sequence.setMolecularSequence( child_element.getValueAsString() );
  78             }
  79             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.ACCESSION ) ) {
  80                 sequence.setAccession( ( Accession ) AccessionParser.getInstance().parse( child_element ) );
  81             }
  82             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_SYMBOL ) ) {
  83                 sequence.setSymbol( child_element.getValueAsString() );
  84             }
  85             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.ANNOTATION ) ) {
  86                 sequence.addAnnotation( ( Annotation ) AnnotationParser.getInstance().parse( child_element ) );
  87             }
  88             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_DOMAIN_ARCHITECURE ) ) {
  89                 sequence.setDomainArchitecture( ( DomainArchitecture ) DomainArchitectureParser.getInstance()
  90                         .parse( child_element ) );
  91             }
  92             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.URI ) ) {
  93                 sequence.addUri( ( Uri ) UriParser.getInstance().parse( child_element ) );
  94             }
  95             else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_X_REFS ) ) {
  96                 for( int j = 0; j < child_element.getNumberOfChildElements(); ++j ) {
  97                     //    final XmlElement c = child_element.getChildElement( j );
  98                     sequence.addCrossReference( ( Accession ) AccessionParser.getInstance().parse( child_element
  99                             .getChildElement( j ) ) );
 100                 }
 101                 //sequence.addUri( ( Uri ) UriParser.getInstance().parse( child_element ) );
 102             }
 103         }
 104         return sequence;
 105     }
 106
 107     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
 108         return _instance;
 109     }
 110 }