forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/SequenceRelationParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.Map;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlHandler;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  34 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  35 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  36 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  37 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  38 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
  39
  40 public class SequenceRelationParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  41
  42     private static final Map<Phylogeny, SequenceRelationParser> _instances = new HashMap<Phylogeny, SequenceRelationParser>();
  43     private Phylogeny                                           _phylogeny;
  44
  45     private SequenceRelationParser() {
  46     }
  47
  48     @Override
  49     public SequenceRelation parse( final XmlElement element ) throws PhylogenyParserException {
  50         final SequenceRelation seqRelation = new SequenceRelation();
  51         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_TYPE ) ) {
  52             final String sType = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_TYPE );
  53             seqRelation.setType( SequenceRelation.SEQUENCE_RELATION_TYPE.valueOf( sType ) );
  54         }
  55         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_ID_REF0 ) && ( _phylogeny != null ) ) {
  56             final Sequence ref = PhyloXmlHandler.getSequenceMapByIdForPhylogeny( _phylogeny )
  57                     .get( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_ID_REF0 ) );
  58             if ( ref != null ) {
  59                 seqRelation.setRef0( ref );
  60             }
  61         }
  62         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_ID_REF1 ) && ( _phylogeny != null ) ) {
  63             final Sequence ref = PhyloXmlHandler.getSequenceMapByIdForPhylogeny( _phylogeny )
  64                     .get( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_ID_REF1 ) );
  65             if ( ref != null ) {
  66                 seqRelation.setRef1( ref );
  67             }
  68         }
  69         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_DISTANCE ) ) {
  70             seqRelation
  71                     .setDistance( Double.valueOf( element.getAttribute( PhyloXmlMapping.SEQUENCE_RELATION_DISTANCE ) ) );
  72         }
  73         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  74             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  75             if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.CONFIDENCE ) ) {
  76                 seqRelation.setConfidence( ( Confidence ) ConfidenceParser.getInstance().parse( child_element ) );
  77             }
  78         }
  79         return seqRelation;
  80     }
  81
  82     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance( final Phylogeny phylogeny ) {
  83         SequenceRelationParser instance = _instances.get( phylogeny );
  84         if ( instance == null ) {
  85             instance = new SequenceRelationParser();
  86             instance._phylogeny = phylogeny;
  87             _instances.put( phylogeny, instance );
  88         }
  89         return instance;
  90     }
  91 }