forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/TaxonomyParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  34 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  36
  37 public class TaxonomyParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  38
  39     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  40     static {
  41         try {
  42             _instance = new TaxonomyParser();
  43         }
  44         catch ( final Throwable e ) {
  45             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  46         }
  47     }
  48
  49     private TaxonomyParser() {
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public Taxonomy parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  54         final Taxonomy taxonomy = new Taxonomy();
  55         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  56             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  57             if ( child_element.isHasValue() ) {
  58                 if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_CODE ) ) {
  59                     taxonomy.setTaxonomyCode( child_element.getValueAsString() );
  60                 }
  61                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_COMMON_NAME ) ) {
  62                     taxonomy.setCommonName( child_element.getValueAsString() );
  63                 }
  64                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_AUTHORITY ) ) {
  65                     taxonomy.setAuthority( child_element.getValueAsString() );
  66                 }
  67                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_SYNONYM ) ) {
  68                     taxonomy.getSynonyms().add( ( child_element.getValueAsString() ) );
  69                 }
  70                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER ) ) {
  71                     taxonomy.setIdentifier( ( Identifier ) IdentifierParser.getInstance().parse( child_element ) );
  72                 }
  73                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_RANK ) ) {
  74                     taxonomy.setRank( child_element.getValueAsString() );
  75                 }
  76                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME ) ) {
  77                     taxonomy.setScientificName( child_element.getValueAsString() );
  78                 }
  79                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.URI ) ) {
  80                     taxonomy.addUri( ( Uri ) UriParser.getInstance().parse( child_element ) );
  81                 }
  82                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_LINEAGE ) ) {
  83                     final String[] lineage = child_element.getValueAsString().split( "," );
  84                     if ( lineage != null && lineage.length > 0 ) {
  85                        taxonomy.setLineage( Arrays.asList(lineage) );
  86                     }
  87                 }
  88             }
  89         }
  90         return taxonomy;
  91     }
  92
  93     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  94         return _instance;
  95     }
  96 }