forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/TaxonomyParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  29 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  30 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  31 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  32 import org.forester.phylogeny.data.Taxonomy;
  33 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  34
  35 public class TaxonomyParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  36
  37     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  38     static {
  39         try {
  40             _instance = new TaxonomyParser();
  41         }
  42         catch ( final Throwable e ) {
  43             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  44         }
  45     }
  46
  47     private TaxonomyParser() {
  48     }
  49
  50     @Override
  51     public Taxonomy parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  52         final Taxonomy taxonomy = new Taxonomy();
  53         for( int i = 0; i < element.getNumberOfChildElements(); ++i ) {
  54             final XmlElement child_element = element.getChildElement( i );
  55             if ( child_element.isHasValue() ) {
  56                 if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_CODE ) ) {
  57                     taxonomy.setTaxonomyCode( child_element.getValueAsString() );
  58                 }
  59                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_COMMON_NAME ) ) {
  60                     taxonomy.setCommonName( child_element.getValueAsString() );
  61                 }
  62                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_AUTHORITY ) ) {
  63                     taxonomy.setAuthority( child_element.getValueAsString() );
  64                 }
  65                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_SYNONYM ) ) {
  66                     taxonomy.getSynonyms().add( ( child_element.getValueAsString() ) );
  67                 }
  68                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.IDENTIFIER ) ) {
  69                     taxonomy.setIdentifier( ( Identifier ) IdentifierParser.getInstance().parse( child_element ) );
  70                 }
  71                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_RANK ) ) {
  72                     taxonomy.setRank( child_element.getValueAsString() );
  73                 }
  74                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.TAXONOMY_SCIENTIFIC_NAME ) ) {
  75                     taxonomy.setScientificName( child_element.getValueAsString() );
  76                 }
  77                 else if ( child_element.getQualifiedName().equals( PhyloXmlMapping.URI ) ) {
  78                     taxonomy.addUri( ( Uri ) UriParser.getInstance().parse( child_element ) );
  79                 }
  80             }
  81         }
  82         return taxonomy;
  83     }
  84
  85     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  86         return _instance;
  87     }
  88 }