forester/java/src/org/forester/io/parsers/phyloxml/data/UriParser.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.parsers.phyloxml.data;
  27
  28 import java.net.URI;
  29 import java.net.URISyntaxException;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.XmlElement;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  35 import org.forester.phylogeny.data.Uri;
  36
  37 public class UriParser implements PhylogenyDataPhyloXmlParser {
  38
  39     private static final PhylogenyDataPhyloXmlParser _instance;
  40     static {
  41         try {
  42             _instance = new UriParser();
  43         }
  44         catch ( final Throwable e ) {
  45             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  46         }
  47     }
  48
  49     private UriParser() {
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public PhylogenyData parse( final XmlElement element ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  54         String type = "";
  55         String desc = "";
  56         URI uri = null;
  57         try {
  58             uri = new URI( element.getValueAsString() );
  59         }
  60         catch ( final URISyntaxException e ) {
  61             throw new PhyloXmlDataFormatException( "ill formatted Uri: " + element.getValueAsString() );
  62         }
  63         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.URI_DESC_ATTR ) ) {
  64             desc = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.URI_DESC_ATTR );
  65         }
  66         if ( element.isHasAttribute( PhyloXmlMapping.TYPE_ATTR ) ) {
  67             type = element.getAttribute( PhyloXmlMapping.TYPE_ATTR );
  68         }
  69         return new Uri( uri, desc, type );
  70     }
  71
  72     public static PhylogenyDataPhyloXmlParser getInstance() {
  73         return _instance;
  74     }
  75 }