forester/java/src/org/forester/io/writers/PhyloXmlNodeWriter.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2000-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2007-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.io.writers;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  33 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  34 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public class PhyloXmlNodeWriter {
  38
  39     public static void toPhyloXml( final Writer w, final PhylogenyNode node, final int level, final String indentation )
  40             throws IOException {
  41         String ind = "";
  42         if ( ( indentation != null ) && ( indentation.length() > 0 ) ) {
  43             ind = indentation + PhylogenyWriter.PHYLO_XML_INTENDATION_BASE;
  44         }
  45         if ( !ForesterUtil.isEmpty( node.getName() ) ) {
  46             PhylogenyDataUtil.appendElement( w, PhyloXmlMapping.NODE_NAME, node.getName(), indentation );
  47         }
  48         if ( node.getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
  49             PhylogenyDataUtil.appendElement( w, PhyloXmlMapping.BRANCH_LENGTH, String.valueOf( ForesterUtil.round( node
  50                     .getDistanceToParent(), PhyloXmlUtil.ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT ) ), indentation );
  51         }
  52         if ( node.getBranchData() != null ) {
  53             node.getBranchData().toPhyloXML( w, level, ind );
  54         }
  55         if ( node.getNodeData() != null ) {
  56             node.getNodeData().toPhyloXML( w, level, ind );
  57         }
  58     }
  59 }