forester/java/src/org/forester/io/writers/SequenceWriter.java

   1
   2 package org.forester.io.writers;
   3
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Writer;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.forester.sequence.Sequence;
   9 import org.forester.util.ForesterUtil;
  10
  11 public class SequenceWriter {
  12
  13     public static enum SEQ_FORMAT {
  14         FASTA;
  15     }
  16
  17     public static StringBuilder toFasta( final Sequence seq, final int width ) {
  18         return toFasta( seq.getIdentifier(), seq.getMolecularSequenceAsString(), width );
  19     }
  20
  21     public static StringBuilder toFasta( final String name, final String mol_seq, final int width ) {
  22         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  23         sb.append( ">" );
  24         sb.append( name );
  25         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  26         if ( ( width < 1 ) || ( width >= mol_seq.length() ) ) {
  27             sb.append( mol_seq );
  28         }
  29         else {
  30             final int lines = mol_seq.length() / width;
  31             final int rest = mol_seq.length() - ( lines * width );
  32             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  33                 sb.append( mol_seq, i * width, ( i + 1 ) * width );
  34                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  35                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  36                 }
  37             }
  38             if ( rest > 0 ) {
  39                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  40                 sb.append( mol_seq, lines * width, mol_seq.length() );
  41             }
  42         }
  43         return sb;
  44     }
  45
  46     public static void toFasta( final Sequence seq, final Writer w, final int width ) throws IOException {
  47         w.write( ">" );
  48         w.write( seq.getIdentifier().toString() );
  49         w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  50         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  51             w.write( seq.getMolecularSequence() );
  52         }
  53         else {
  54             final int lines = seq.getLength() / width;
  55             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  56             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  57                 w.write( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  58                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  59                     w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  60                 }
  61             }
  62             if ( rest > 0 ) {
  63                 w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  64                 w.write( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  65             }
  66         }
  67     }
  68
  69     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs,
  70                                   final Writer writer,
  71                                   final SEQ_FORMAT format,
  72                                   final int width ) throws IOException {
  73         switch ( format ) {
  74             case FASTA:
  75                 for( final Sequence s : seqs ) {
  76                     toFasta( s, writer, width );
  77                     writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  78                 }
  79                 break;
  80             default:
  81                 throw new RuntimeException( "unknown format " + format );
  82         }
  83     }
  84 }