forester/java/src/org/forester/io/writers/SequenceWriter.java

   1
   2 package org.forester.io.writers;
   3
   4 import java.io.File;
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.io.Writer;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import org.forester.sequence.Sequence;
  10 import org.forester.util.ForesterUtil;
  11
  12 public class SequenceWriter {
  13
  14     public static enum SEQ_FORMAT {
  15         FASTA;
  16     }
  17
  18     public static StringBuilder toFasta( final Sequence seq, final int width ) {
  19         return toFasta( seq.getIdentifier(), seq.getMolecularSequenceAsString(), width );
  20     }
  21
  22     public static StringBuilder toFasta( final String name, final String mol_seq, final int width ) {
  23         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  24         sb.append( ">" );
  25         sb.append( name );
  26         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  27         if ( ( width < 1 ) || ( width >= mol_seq.length() ) ) {
  28             sb.append( mol_seq );
  29         }
  30         else {
  31             final int lines = mol_seq.length() / width;
  32             final int rest = mol_seq.length() - ( lines * width );
  33             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  34                 sb.append( mol_seq, i * width, ( i + 1 ) * width );
  35                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  36                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  37                 }
  38             }
  39             if ( rest > 0 ) {
  40                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  41                 sb.append( mol_seq, lines * width, mol_seq.length() );
  42             }
  43         }
  44         return sb;
  45     }
  46
  47     public static void toFasta( final Sequence seq, final Writer w, final int width ) throws IOException {
  48         w.write( ">" );
  49         w.write( seq.getIdentifier().toString() );
  50         w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  51         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  52             w.write( seq.getMolecularSequence() );
  53         }
  54         else {
  55             final int lines = seq.getLength() / width;
  56             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  57             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  58                 w.write( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  59                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  60                     w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  61                 }
  62             }
  63             if ( rest > 0 ) {
  64                 w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  65                 w.write( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  66             }
  67         }
  68     }
  69
  70     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs, final File file, final SEQ_FORMAT format, final int width )
  71             throws IOException {
  72         final Writer w = ForesterUtil.createBufferedWriter( file );
  73         SequenceWriter.writeSeqs( seqs, w, format, width );
  74         w.close();
  75     }
  76
  77     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs,
  78                                   final Writer writer,
  79                                   final SEQ_FORMAT format,
  80                                   final int width ) throws IOException {
  81         switch ( format ) {
  82             case FASTA:
  83                 for( final Sequence s : seqs ) {
  84                     toFasta( s, writer, width );
  85                     writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  86                 }
  87                 break;
  88             default:
  89                 throw new RuntimeException( "unknown format " + format );
  90         }
  91     }
  92 }