forester/java/src/org/forester/io/writers/SequenceWriter.java

   1
   2 package org.forester.io.writers;
   3
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Writer;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.forester.sequence.BasicSequence;
   9 import org.forester.sequence.Sequence;
  10 import org.forester.util.ForesterUtil;
  11
  12 public class SequenceWriter {
  13
  14     public static enum SEQ_FORMAT {
  15         FASTA;
  16     }
  17
  18     public static void main( final String[] args ) {
  19         final Sequence s = BasicSequence.createAaSequence( "name", "abcdefghiiklmnap" );
  20         System.out.println( s.toString() );
  21         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 0 ).toString() );
  22         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 5 ).toString() );
  23         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 8 ).toString() );
  24         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 4 ).toString() );
  25         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 3 ).toString() );
  26         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 2 ).toString() );
  27         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 1 ).toString() );
  28         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 100 ).toString() );
  29         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 15 ).toString() );
  30         System.out.println( SequenceWriter.toFasta( s, 16 ).toString() );
  31     }
  32
  33     public static StringBuilder toFasta( final Sequence seq, final int width ) {
  34         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  35         sb.append( ">" );
  36         sb.append( seq.getIdentifier().toString() );
  37         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  38         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  39             sb.append( seq.getMolecularSequence() );
  40         }
  41         else {
  42             final int lines = seq.getLength() / width;
  43             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  44             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  45                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  46                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  47                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  48                 }
  49             }
  50             if ( rest > 0 ) {
  51                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  52                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  53             }
  54         }
  55         return sb;
  56     }
  57
  58     public static void toFasta( final Sequence seq, final Writer w, final int width ) throws IOException {
  59         w.write( ">" );
  60         w.write( seq.getIdentifier().toString() );
  61         w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  62         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  63             w.write( seq.getMolecularSequence() );
  64         }
  65         else {
  66             final int lines = seq.getLength() / width;
  67             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  68             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  69                 w.write( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  70                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  71                     w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  72                 }
  73             }
  74             if ( rest > 0 ) {
  75                 w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  76                 w.write( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  77             }
  78         }
  79     }
  80
  81     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs,
  82                                   final Writer writer,
  83                                   final SEQ_FORMAT format,
  84                                   final int width ) throws IOException {
  85         switch ( format ) {
  86             case FASTA:
  87                 for( final Sequence s : seqs ) {
  88                     toFasta( s, writer, width );
  89                     writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  90                 }
  91                 break;
  92             default:
  93                 throw new RuntimeException( "unknown format " + format );
  94         }
  95     }
  96 }