forester/java/src/org/forester/io/writers/SequenceWriter.java

   1
   2 package org.forester.io.writers;
   3
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Writer;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.forester.sequence.Sequence;
   9 import org.forester.util.ForesterUtil;
  10
  11 public class SequenceWriter {
  12
  13     public static enum SEQ_FORMAT {
  14         FASTA;
  15     }
  16
  17     public static StringBuilder toFasta( final Sequence seq, final int width ) {
  18         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  19         sb.append( ">" );
  20         sb.append( seq.getIdentifier().toString() );
  21         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  22         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  23             sb.append( seq.getMolecularSequence() );
  24         }
  25         else {
  26             final int lines = seq.getLength() / width;
  27             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  28             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  29                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  30                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  31                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  32                 }
  33             }
  34             if ( rest > 0 ) {
  35                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  36                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  37             }
  38         }
  39         return sb;
  40     }
  41
  42     public static StringBuilder toFasta( final String name, final String mol_seq, final int width ) {
  43         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  44         sb.append( ">" );
  45         sb.append( name );
  46         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  47         if ( ( width < 1 ) || ( width >= mol_seq.length() ) ) {
  48             sb.append( mol_seq );
  49         }
  50         else {
  51             final int lines = mol_seq.length() / width;
  52             final int rest = mol_seq.length() - ( lines * width );
  53             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  54                 sb.append( mol_seq, i * width, width );
  55                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  56                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  57                 }
  58             }
  59             if ( rest > 0 ) {
  60                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  61                 sb.append( mol_seq, lines * width, rest );
  62             }
  63         }
  64         return sb;
  65     }
  66
  67     public static void toFasta( final Sequence seq, final Writer w, final int width ) throws IOException {
  68         w.write( ">" );
  69         w.write( seq.getIdentifier().toString() );
  70         w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  71         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  72             w.write( seq.getMolecularSequence() );
  73         }
  74         else {
  75             final int lines = seq.getLength() / width;
  76             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  77             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  78                 w.write( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  79                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  80                     w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  81                 }
  82             }
  83             if ( rest > 0 ) {
  84                 w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  85                 w.write( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  86             }
  87         }
  88     }
  89
  90     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs,
  91                                   final Writer writer,
  92                                   final SEQ_FORMAT format,
  93                                   final int width ) throws IOException {
  94         switch ( format ) {
  95             case FASTA:
  96                 for( final Sequence s : seqs ) {
  97                     toFasta( s, writer, width );
  98                     writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  99                 }
 100                 break;
 101             default:
 102                 throw new RuntimeException( "unknown format " + format );
 103         }
 104     }
 105 }