forester/java/src/org/forester/io/writers/SequenceWriter.java

   1
   2 package org.forester.io.writers;
   3
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.io.Writer;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import org.forester.sequence.Sequence;
   9 import org.forester.util.ForesterUtil;
  10
  11 public class SequenceWriter {
  12
  13     public static enum SEQ_FORMAT {
  14         FASTA;
  15     }
  16
  17     public static StringBuilder toFasta( final Sequence seq, final int width ) {
  18         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
  19         sb.append( ">" );
  20         sb.append( seq.getIdentifier().toString() );
  21         sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  22         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  23             sb.append( seq.getMolecularSequence() );
  24         }
  25         else {
  26             final int lines = seq.getLength() / width;
  27             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  28             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  29                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  30                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  31                     sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  32                 }
  33             }
  34             if ( rest > 0 ) {
  35                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  36                 sb.append( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  37             }
  38         }
  39         return sb;
  40     }
  41
  42     public static void toFasta( final Sequence seq, final Writer w, final int width ) throws IOException {
  43         w.write( ">" );
  44         w.write( seq.getIdentifier().toString() );
  45         w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  46         if ( ( width < 1 ) || ( width >= seq.getLength() ) ) {
  47             w.write( seq.getMolecularSequence() );
  48         }
  49         else {
  50             final int lines = seq.getLength() / width;
  51             final int rest = seq.getLength() - ( lines * width );
  52             for( int i = 0; i < lines; ++i ) {
  53                 w.write( seq.getMolecularSequence(), i * width, width );
  54                 if ( i < ( lines - 1 ) ) {
  55                     w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  56                 }
  57             }
  58             if ( rest > 0 ) {
  59                 w.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  60                 w.write( seq.getMolecularSequence(), lines * width, rest );
  61             }
  62         }
  63     }
  64
  65     public static void writeSeqs( final List<Sequence> seqs,
  66                                   final Writer writer,
  67                                   final SEQ_FORMAT format,
  68                                   final int width ) throws IOException {
  69         switch ( format ) {
  70             case FASTA:
  71                 for( final Sequence s : seqs ) {
  72                     toFasta( s, writer, width );
  73                     writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  74                 }
  75                 break;
  76             default:
  77                 throw new RuntimeException( "unknown format " + format );
  78         }
  79     }
  80 }