forester/java/src/org/forester/msa/MafftOLD.java

   1
   2 package org.forester.msa;
   3
   4 import java.io.BufferedReader;
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.InputStream;
   8 import java.io.InputStreamReader;
   9 import java.util.List;
  10
  11 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  12 import org.forester.util.ExternalProgram;
  13 import org.forester.util.ForesterUtil;
  14
  15 public final class MafftOLD implements MsaInferrer {
  16
  17     private String       _error;
  18     private int          _exit_code;
  19     private final String _path_to_prg;
  20
  21     public static MsaInferrer createInstance( final String path_to_prg ) {
  22         return new MafftOLD( path_to_prg );
  23     }
  24
  25     private MafftOLD( final String path_to_prg ) {
  26         _path_to_prg = new String( path_to_prg );
  27         init();
  28     }
  29
  30     @Override
  31     public Object clone() {
  32         throw new NoSuchMethodError();
  33     }
  34
  35     @Override
  36     public String getErrorDescription() {
  37         return _error;
  38     }
  39
  40     @Override
  41     public int getExitCode() {
  42         return _exit_code;
  43     }
  44
  45     @Override
  46     public Msa infer( final File path_to_input_seqs, final List<String> opts ) throws IOException, InterruptedException {
  47         init();
  48         final String[] my_opts = new String[ opts.size() + 1 ];
  49         for( int i = 0; i < opts.size(); i++ ) {
  50             my_opts[ i ] = opts.get( i );
  51         }
  52         my_opts[ opts.size() ] = path_to_input_seqs.getAbsolutePath();
  53         final ExternalProgram mafft_prg = new ExternalProgram( _path_to_prg );
  54         mafft_prg.launch( my_opts );
  55         // _exit_code = mafft_prg.waitFor();
  56         // if ( _exit_code != 0 ) {
  57         //    throw new IOException( "MAFFT failed, exit code: " + _exit_code );
  58         // }
  59         final BufferedReader r = new BufferedReader( new InputStreamReader( mafft_prg.getErrorStream() ) );
  60         final StringBuffer error_sb = new StringBuffer();
  61         String line = null;
  62         while ( ( line = r.readLine() ) != null ) {
  63             error_sb.append( line );
  64             error_sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  65         }
  66         r.close();
  67         if ( error_sb.length() > 0 ) {
  68             _error = error_sb.toString();
  69             throw new IOException( "MAFFT failed" );
  70         }
  71         final InputStream is = mafft_prg.getInputStream();
  72         final Msa msa = FastaParser.parseMsa( is );
  73         is.close();
  74         return msa;
  75     }
  76
  77     private void init() {
  78         _error = null;
  79         _exit_code = -100;
  80     }
  81 }