forester/java/src/org/forester/msa/MafftOLD.java

   1
   2 package org.forester.msa;
   3
   4 import java.io.BufferedReader;
   5 import java.io.File;
   6 import java.io.IOException;
   7 import java.io.InputStream;
   8 import java.io.InputStreamReader;
   9 import java.util.List;
  10
  11 import org.forester.io.parsers.FastaParser;
  12 import org.forester.util.ExternalProgram;
  13 import org.forester.util.ForesterUtil;
  14
  15 public final class MafftOLD implements MsaInferrer {
  16
  17     private String       _error;
  18     private int          _exit_code;
  19     private final String _path_to_prg;
  20
  21     public static MsaInferrer createInstance( final String path_to_prg ) {
  22         return new MafftOLD( path_to_prg );
  23     }
  24
  25     private MafftOLD( final String path_to_prg ) {
  26         _path_to_prg = new String( path_to_prg );
  27         init();
  28     }
  29
  30     @Override
  31     public Object clone() {
  32         throw new NoSuchMethodError();
  33     }
  34
  35     public String getErrorDescription() {
  36         return _error;
  37     }
  38
  39     public int getExitCode() {
  40         return _exit_code;
  41     }
  42
  43     public Msa infer( final File path_to_input_seqs, final List<String> opts ) throws IOException, InterruptedException {
  44         init();
  45         final String[] my_opts = new String[ opts.size() + 1 ];
  46         for( int i = 0; i < opts.size(); i++ ) {
  47             my_opts[ i ] = opts.get( i );
  48         }
  49         my_opts[ opts.size() ] = path_to_input_seqs.getAbsolutePath();
  50         final ExternalProgram mafft_prg = new ExternalProgram( _path_to_prg );
  51         mafft_prg.launch( my_opts );
  52         // _exit_code = mafft_prg.waitFor();
  53         // if ( _exit_code != 0 ) {
  54         //    throw new IOException( "MAFFT failed, exit code: " + _exit_code );
  55         // }
  56         final BufferedReader r = new BufferedReader( new InputStreamReader( mafft_prg.getErrorStream() ) );
  57         final StringBuffer error_sb = new StringBuffer();
  58         String line = null;
  59         while ( ( line = r.readLine() ) != null ) {
  60             error_sb.append( line );
  61             error_sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  62         }
  63         r.close();
  64         if ( error_sb.length() > 0 ) {
  65             _error = error_sb.toString();
  66             throw new IOException( "MAFFT failed" );
  67         }
  68         final InputStream is = mafft_prg.getInputStream();
  69         final Msa msa = FastaParser.parseMsa( is );
  70         is.close();
  71         return msa;
  72     }
  73
  74     private void init() {
  75         _error = null;
  76         _exit_code = -100;
  77     }
  78 }