forester/java/src/org/forester/msa/MsaCompactor.java

   1 package org.forester.msa;
   2
   3
   4 public class MsaCompactor {
   5
   6     final private Msa _msa;
   7
   8     public MsaCompactor( Msa msa ) {
   9
  10         _msa = msa;
  11     }
  12
  13
  14
  15     private calc
  16
  17     private double[] calcGappiness() {
  18         final double gappiness[] = new double[ _msa.getLength() ];
  19         final int seqs =  _msa.getNumberOfSequences();
  20         for( int i = 0; i < gappiness.length; ++i ) {
  21             gappiness[ i ] = ( double ) MsaMethods.calcGapSumPerColumn( _msa, i )  / _msa.getNumberOfSequences();
  22
  23         }
  24         return gappiness;
  25
  26     }
  27
  28 }