forester/java/src/org/forester/msa/MsaInferrer.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.msa;
  27
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  33 import org.forester.util.SystemCommandExecutor;
  34
  35 public abstract class MsaInferrer {
  36
  37     public abstract String getErrorDescription();
  38
  39     public abstract int getExitCode();
  40
  41     public static boolean isInstalled( final String path_to_prg ) {
  42         return SystemCommandExecutor.isExecuteableFile( new File( path_to_prg ) );
  43     }
  44
  45     @Override
  46     public Object clone() {
  47         throw new NoSuchMethodError();
  48     }
  49
  50     public abstract Msa infer( File path_to_input_seqs, List<String> opts ) throws IOException, InterruptedException;
  51
  52     public abstract Msa infer( final List<MolecularSequence> seqs, final List<String> opts ) throws IOException,
  53     InterruptedException;
  54 }