clean up
[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / msa / MsaInferrer.java
1 // $Id:
2 // forester -- software libraries and applications
3 // for genomics and evolutionary biology research.
4 //
5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
7 // All rights reserved
8 //
9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
11 // License as published by the Free Software Foundation; either
12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
13 //
14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
17 // Lesser General Public License for more details.
18 //
19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
22 //
23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
25
26 package org.forester.msa;
27
28 import java.io.File;
29 import java.io.IOException;
30 import java.util.List;
31
32 public interface MsaInferrer {
33
34     public String getErrorDescription();
35
36     public int getExitCode();
37
38     public Msa infer( File path_to_input_seqs, List<String> opts ) throws IOException, InterruptedException;
39 }