forester/java/src/org/forester/msa/ResampleableMsa.java

   1 // / $Id: ResampleableMsa.java,v 1.3 2010/12/13 18:59:48 cmzmasek Exp $
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.msa;
  27
  28 import org.forester.sequence.BasicSequence;
  29 import org.forester.sequence.MolecularSequence;
  30
  31 public final class ResampleableMsa extends BasicMsa {
  32
  33     private int[] _resampled_column_positions = null;
  34
  35     public ResampleableMsa( final BasicMsa msa ) {
  36         super( msa );
  37     }
  38
  39     @Override
  40     final public char getResidueAt( final int row, final int col ) {
  41         if ( _resampled_column_positions != null ) {
  42             return super.getResidueAt( row, _resampled_column_positions[ col ] );
  43         }
  44         return super.getResidueAt( row, col );
  45     }
  46
  47     final public void resample( final int[] resampled_column_positions ) {
  48         if ( resampled_column_positions.length != getLength() ) {
  49             throw new IllegalArgumentException( "illegal attempt to use " + resampled_column_positions.length
  50                                                 + " resampled column positions on msa of length " + getLength() );
  51         }
  52         _resampled_column_positions = resampled_column_positions;
  53     }
  54
  55     @Override
  56     final public void setResidueAt( final int row, final int col, final char residue ) {
  57         throw new NoSuchMethodError( "illegal attempt to set residue in resampleable msa" );
  58     }
  59
  60     @Override
  61     public MolecularSequence getSequence( final int row ) {
  62         return new BasicSequence( getIdentifier( row ), getSequenceAsString( row ).toString(), getType() );
  63     }
  64 }