forester/java/src/org/forester/msa_compactor/Chart.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import javax.swing.JDialog;
  33 import javax.swing.JMenu;
  34 import javax.swing.JMenuBar;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JPanel;
  37 import javax.swing.UIManager;
  38 import javax.swing.WindowConstants;
  39
  40 import org.forester.util.ForesterUtil;
  41
  42 import com.approximatrix.charting.coordsystem.BoxCoordSystem;
  43 import com.approximatrix.charting.model.MultiScatterDataModel;
  44 import com.approximatrix.charting.render.MultiScatterChartRenderer;
  45 import com.approximatrix.charting.swing.ChartPanel;
  46
  47 public final class Chart extends JDialog implements ActionListener {
  48
  49     private static final long   serialVersionUID = -5292420246132943515L;
  50     private ChartPanel          _chart_panel     = null;
  51     private final JMenuItem     _m_exit          = new JMenuItem();
  52     private List<MsaProperties> _msa_props;
  53     private final boolean       _show_msa_qual;
  54     private final int           _initial_number_of_seqs;
  55     private final String        _title;
  56
  57     private Chart( final List<MsaProperties> msa_props,
  58                    final int initial_number_of_seqs,
  59                    final boolean show_msa_qual,
  60                    final String title ) {
  61         super();
  62         _msa_props = msa_props;
  63         _title = title;
  64         _initial_number_of_seqs = initial_number_of_seqs;
  65         _show_msa_qual = show_msa_qual;
  66         setTitle( "msa compactor" );
  67         setSize( 500, 400 );
  68         setResizable( true );
  69         final JPanel content_pane = new JPanel();
  70         content_pane.setLayout( new BorderLayout() );
  71         setContentPane( content_pane );
  72         final JMenuBar menu_bar = new JMenuBar();
  73         final JMenu file_menu = new JMenu();
  74         file_menu.setText( "File" );
  75         _m_exit.setText( "Exit" );
  76         file_menu.add( _m_exit );
  77         menu_bar.add( file_menu );
  78         setJMenuBar( menu_bar );
  79         setDefaultCloseOperation( WindowConstants.DISPOSE_ON_CLOSE );
  80         _m_exit.addActionListener( this );
  81         content_pane.add( obtainChartPanel(), BorderLayout.CENTER );
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public void actionPerformed( final java.awt.event.ActionEvent e ) {
  86         if ( e.getSource() == _m_exit ) {
  87             dispose();
  88         }
  89     }
  90
  91     private ChartPanel obtainChartPanel() {
  92         if ( _chart_panel == null ) {
  93             final MultiScatterDataModel model = new MultiScatterDataModel();
  94             if ( ( _msa_props == null ) || _msa_props.isEmpty() ) {
  95                 _msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
  96                 final MsaProperties p0 = new MsaProperties( 10, 200, 0.5, 0.1 );
  97                 final MsaProperties p1 = new MsaProperties( 9, 190, 0.49, 0.2 );
  98                 final MsaProperties p2 = new MsaProperties( 8, 150, 0.2, 0.3 );
  99                 final MsaProperties p3 = new MsaProperties( 7, 145, 0.2, 0.4 );
 100                 _msa_props.add( p0 );
 101                 _msa_props.add( p1 );
 102                 _msa_props.add( p2 );
 103                 _msa_props.add( p3 );
 104             }
 105             final double[][] seqs_length = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 106             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 107                 seqs_length[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 108                 seqs_length[ i ][ 1 ] = _msa_props.get( i ).getLength();
 109             }
 110             model.addData( seqs_length, "Length" );
 111             model.setSeriesLine( "Series " + "Length", true );
 112             model.setSeriesMarker( "Series " + "Length", false );
 113             final double[][] seqs_gaps = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 114             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 115                 seqs_gaps[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 116                 seqs_gaps[ i ][ 1 ] = ForesterUtil.roundToInt( _msa_props.get( i ).getGapRatio() * 100 );
 117             }
 118             model.addData( seqs_gaps, "Gap ratio" );
 119             model.setSeriesLine( "Series " + "Gap ratio", true );
 120             model.setSeriesMarker( "Series " + "Gap ratio", false );
 121             if ( _show_msa_qual ) {
 122                 final double[][] seqs_identity = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 123                 for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 124                     seqs_identity[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 125                     seqs_identity[ i ][ 1 ] = ForesterUtil
 126                             .roundToInt( _msa_props.get( i ).getAverageIdentityRatio() * 100 );
 127                 }
 128                 model.addData( seqs_identity, "mean MSA column identity" );
 129                 model.setSeriesLine( "Series " + "mean MSA column identity", true );
 130                 model.setSeriesMarker( "Series " + "mean MSA column identity", false );
 131             }
 132             final BoxCoordSystem coord = new BoxCoordSystem( model );
 133             coord.setUnitFont( coord.getUnitFont().deriveFont( 20.0f ) );
 134             coord.setXAxisUnit( "Number of Sequences" );
 135             coord.setPaintGrid( true );
 136             coord.setYAxisUnit( "MSA Length" );
 137             _chart_panel = new ChartPanel( model, _title );
 138             _chart_panel.setCoordSystem( coord );
 139             final MultiScatterChartRenderer renderer = new MultiScatterChartRenderer( coord, model );
 140             renderer.setAllowBuffer( false );
 141             _chart_panel.addChartRenderer( renderer, 0 );
 142         }
 143         return _chart_panel;
 144     }
 145
 146     public static void display( final List<MsaProperties> msa_props,
 147                                 final int initial_number_of_seqs,
 148                                 final boolean show_msa_qual,
 149                                 final String title ) {
 150         try {
 151             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 152         }
 153         catch ( final Exception e ) {
 154             e.printStackTrace();
 155         }
 156         final Chart chart = new Chart( msa_props, initial_number_of_seqs, show_msa_qual, title );
 157         chart.setVisible( true );
 158     }
 159
 160     public static void main( final String[] args ) {
 161         try {
 162             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 163         }
 164         catch ( final Exception e ) {
 165             e.printStackTrace();
 166         }
 167         final Chart temp = new Chart( null, 0, true, "title" );
 168         temp.setVisible( true );
 169     }
 170 }