forester/java/src/org/forester/msa_compactor/Chart.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import javax.swing.JDialog;
  33 import javax.swing.JMenu;
  34 import javax.swing.JMenuBar;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JPanel;
  37 import javax.swing.UIManager;
  38 import javax.swing.WindowConstants;
  39
  40 import com.approximatrix.charting.coordsystem.BoxCoordSystem;
  41 import com.approximatrix.charting.model.MultiScatterDataModel;
  42 import com.approximatrix.charting.render.MultiScatterChartRenderer;
  43 import com.approximatrix.charting.swing.ChartPanel;
  44
  45 public final class Chart extends JDialog implements ActionListener {
  46
  47     private static final long serialVersionUID = -5292420246132943515L;
  48     ChartPanel                _chart_panel     = null;
  49     final JMenuItem           _m_exit          = new JMenuItem();
  50     List<MsaProperties>       _msa_props;
  51
  52     Chart( final List<MsaProperties> msa_props ) {
  53         super();
  54         _msa_props = msa_props;
  55         setTitle( "msa compactor" );
  56         setSize( 500, 400 );
  57         setResizable( true );
  58         final JPanel content_pane = new JPanel();
  59         content_pane.setLayout( new BorderLayout() );
  60         setContentPane( content_pane );
  61         final JMenuBar menu_bar = new JMenuBar();
  62         final JMenu file_menu = new JMenu();
  63         file_menu.setText( "File" );
  64         _m_exit.setText( "Exit" );
  65         file_menu.add( _m_exit );
  66         menu_bar.add( file_menu );
  67         setJMenuBar( menu_bar );
  68         setDefaultCloseOperation( WindowConstants.DISPOSE_ON_CLOSE );
  69         _m_exit.addActionListener( this );
  70         content_pane.add( obtainChartPanel(), BorderLayout.CENTER );
  71     }
  72
  73     @Override
  74     public void actionPerformed( final java.awt.event.ActionEvent e ) {
  75         if ( e.getSource() == _m_exit ) {
  76             dispose();
  77         }
  78     }
  79
  80     private ChartPanel obtainChartPanel() {
  81         if ( _chart_panel == null ) {
  82             final MultiScatterDataModel model = new MultiScatterDataModel();
  83             if ( ( _msa_props == null ) || _msa_props.isEmpty() ) {
  84                 _msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
  85                 final MsaProperties p0 = new MsaProperties( 10, 200, 0.5, 0.1 );
  86                 final MsaProperties p1 = new MsaProperties( 9, 190, 0.49, 0.2 );
  87                 final MsaProperties p2 = new MsaProperties( 8, 150, 0.2, 0.3 );
  88                 final MsaProperties p3 = new MsaProperties( 7, 145, 0.2, 0.4 );
  89                 _msa_props.add( p0 );
  90                 _msa_props.add( p1 );
  91                 _msa_props.add( p2 );
  92                 _msa_props.add( p3 );
  93             }
  94             final double[][] seqs_length = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
  95             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
  96                 seqs_length[ i ][ 0 ] = _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
  97                 seqs_length[ i ][ 1 ] = _msa_props.get( i ).getLength();
  98             }
  99             model.addData( seqs_length, "Length" );
 100             model.setSeriesLine( "Series " + "Length", true );
 101             model.setSeriesMarker( "Series " + "Length", true );
 102             //            final double[][] seqs_gaps = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 103             //            for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 104             //                seqs_gaps[ i ][ 0 ] = _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 105             //                seqs_gaps[ i ][ 1 ] = _msa_props.get( i ).getGapRatio();
 106             //            }
 107             //            model.addData( seqs_gaps, "Gaps" );
 108             //            model.setSeriesLine( "Series " + "Gaps", true );
 109             //            model.setSeriesMarker( "Series " + "Gaps", true );
 110             //            final double[][] seqs_identity = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 111             //            for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 112             //                seqs_identity[ i ][ 0 ] = _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 113             //                seqs_identity[ i ][ 1 ] = _msa_props.get( i ).getAverageIdentityRatio();
 114             //            }
 115             //            model.addData( seqs_identity, "Id" );
 116             //            model.setSeriesLine( "Series " + "Id", false );
 117             //            model.setSeriesMarker( "Series " + "Id", true );
 118             final BoxCoordSystem coord = new BoxCoordSystem( model );
 119             coord.setUnitFont( coord.getUnitFont().deriveFont( 20.0f ) );
 120             coord.setXAxisUnit( "Number of Sequences" );
 121             coord.setPaintGrid( true );
 122             coord.setYAxisUnit( "MSA Length" );
 123             _chart_panel = new ChartPanel( model, "msa compactor" );
 124             _chart_panel.setCoordSystem( coord );
 125             final MultiScatterChartRenderer renderer = new MultiScatterChartRenderer( coord, model );
 126             renderer.setAllowBuffer( false );
 127             _chart_panel.addChartRenderer( renderer, 0 );
 128         }
 129         return _chart_panel;
 130     }
 131
 132     public static void display( final List<MsaProperties> msa_props ) {
 133         try {
 134             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 135         }
 136         catch ( final Exception e ) {
 137             e.printStackTrace();
 138         }
 139         final Chart chart = new Chart( msa_props );
 140         chart.setVisible( true );
 141     }
 142
 143     public static void main( final String[] args ) {
 144         try {
 145             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 146         }
 147         catch ( final Exception e ) {
 148             e.printStackTrace();
 149         }
 150         final Chart temp = new Chart( null );
 151         temp.setVisible( true );
 152     }
 153 }