forester/java/src/org/forester/msa_compactor/Chart.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import javax.swing.JDialog;
  33 import javax.swing.JMenu;
  34 import javax.swing.JMenuBar;
  35 import javax.swing.JMenuItem;
  36 import javax.swing.JPanel;
  37 import javax.swing.UIManager;
  38 import javax.swing.WindowConstants;
  39
  40 import org.forester.util.ForesterUtil;
  41
  42 import com.approximatrix.charting.coordsystem.BoxCoordSystem;
  43 import com.approximatrix.charting.model.MultiScatterDataModel;
  44 import com.approximatrix.charting.render.MultiScatterChartRenderer;
  45 import com.approximatrix.charting.swing.ChartPanel;
  46
  47 public final class Chart extends JDialog implements ActionListener {
  48
  49     private static final long   serialVersionUID = -5292420246132943515L;
  50     private ChartPanel          _chart_panel     = null;
  51     private final JMenuItem     _m_exit          = new JMenuItem();
  52     private List<MsaProperties> _msa_props;
  53     private final int           _initial_number_of_seqs;
  54
  55     private Chart( final List<MsaProperties> msa_props, final int initial_number_of_seqs ) {
  56         super();
  57         _msa_props = msa_props;
  58         _initial_number_of_seqs = initial_number_of_seqs;
  59         setTitle( "msa compactor" );
  60         setSize( 500, 400 );
  61         setResizable( true );
  62         final JPanel content_pane = new JPanel();
  63         content_pane.setLayout( new BorderLayout() );
  64         setContentPane( content_pane );
  65         final JMenuBar menu_bar = new JMenuBar();
  66         final JMenu file_menu = new JMenu();
  67         file_menu.setText( "File" );
  68         _m_exit.setText( "Exit" );
  69         file_menu.add( _m_exit );
  70         menu_bar.add( file_menu );
  71         setJMenuBar( menu_bar );
  72         setDefaultCloseOperation( WindowConstants.DISPOSE_ON_CLOSE );
  73         _m_exit.addActionListener( this );
  74         content_pane.add( obtainChartPanel(), BorderLayout.CENTER );
  75     }
  76
  77     @Override
  78     public void actionPerformed( final java.awt.event.ActionEvent e ) {
  79         if ( e.getSource() == _m_exit ) {
  80             dispose();
  81         }
  82     }
  83
  84     private ChartPanel obtainChartPanel() {
  85         if ( _chart_panel == null ) {
  86             final MultiScatterDataModel model = new MultiScatterDataModel();
  87             if ( ( _msa_props == null ) || _msa_props.isEmpty() ) {
  88                 _msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
  89                 final MsaProperties p0 = new MsaProperties( 10, 200, 0.5, 0.1 );
  90                 final MsaProperties p1 = new MsaProperties( 9, 190, 0.49, 0.2 );
  91                 final MsaProperties p2 = new MsaProperties( 8, 150, 0.2, 0.3 );
  92                 final MsaProperties p3 = new MsaProperties( 7, 145, 0.2, 0.4 );
  93                 _msa_props.add( p0 );
  94                 _msa_props.add( p1 );
  95                 _msa_props.add( p2 );
  96                 _msa_props.add( p3 );
  97             }
  98             final double[][] seqs_length = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
  99             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 100                 seqs_length[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 101                 seqs_length[ i ][ 1 ] = _msa_props.get( i ).getLength();
 102             }
 103             model.addData( seqs_length, "Length" );
 104             model.setSeriesLine( "Series " + "Length", true );
 105             model.setSeriesMarker( "Series " + "Length", false );
 106             final double[][] seqs_gaps = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 107             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 108                 seqs_gaps[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 109                 seqs_gaps[ i ][ 1 ] = ForesterUtil.roundToInt( _msa_props.get( i ).getGapRatio() * 100 );
 110             }
 111             model.addData( seqs_gaps, "Gaps" );
 112             model.setSeriesLine( "Series " + "Gaps", true );
 113             model.setSeriesMarker( "Series " + "Gaps", false );
 114             final double[][] seqs_identity = new double[ _msa_props.size() ][ 2 ];
 115             for( int i = 0; i < _msa_props.size(); ++i ) {
 116                 seqs_identity[ i ][ 0 ] = _initial_number_of_seqs - _msa_props.get( i ).getNumberOfSequences();
 117                 seqs_identity[ i ][ 1 ] = ForesterUtil.roundToInt( _msa_props.get( i ).getAverageIdentityRatio() * 100 );
 118             }
 119             model.addData( seqs_identity, "Id" );
 120             model.setSeriesLine( "Series " + "Id", true );
 121             model.setSeriesMarker( "Series " + "Id", false );
 122             final BoxCoordSystem coord = new BoxCoordSystem( model );
 123             coord.setUnitFont( coord.getUnitFont().deriveFont( 20.0f ) );
 124             coord.setXAxisUnit( "Number of Sequences" );
 125             coord.setPaintGrid( true );
 126             coord.setYAxisUnit( "MSA Length" );
 127             _chart_panel = new ChartPanel( model, "msa compactor" );
 128             _chart_panel.setCoordSystem( coord );
 129             final MultiScatterChartRenderer renderer = new MultiScatterChartRenderer( coord, model );
 130             renderer.setAllowBuffer( false );
 131             _chart_panel.addChartRenderer( renderer, 0 );
 132         }
 133         return _chart_panel;
 134     }
 135
 136     public static void display( final List<MsaProperties> msa_props, final int initial_number_of_seqs ) {
 137         try {
 138             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 139         }
 140         catch ( final Exception e ) {
 141             e.printStackTrace();
 142         }
 143         final Chart chart = new Chart( msa_props, initial_number_of_seqs );
 144         chart.setVisible( true );
 145     }
 146
 147     public static void main( final String[] args ) {
 148         try {
 149             UIManager.setLookAndFeel( UIManager.getSystemLookAndFeelClassName() );
 150         }
 151         catch ( final Exception e ) {
 152             e.printStackTrace();
 153         }
 154         final Chart temp = new Chart( null, 0 );
 155         temp.setVisible( true );
 156     }
 157 }