forester/java/src/org/forester/msa_compactor/GapContribution.java

   1
   2 package org.forester.msa_compactor;
   3
   4 import org.forester.util.ForesterUtil;
   5
   6 public final class GapContribution implements Comparable<GapContribution> {
   7
   8     private final String _id;
   9     private double       _value;
  10
  11     GapContribution( final String id ) {
  12         if ( ForesterUtil.isEmpty( id ) ) {
  13             throw new IllegalArgumentException( "id is empty or null" );
  14         }
  15         _id = id;
  16         _value = 0;
  17     }
  18
  19     final String getId() {
  20         return _id;
  21     }
  22
  23     final double getValue() {
  24         return _value;
  25     }
  26
  27     final void addToValue( final double v ) {
  28         if ( v < 0 ) {
  29             throw new IllegalArgumentException( "cannot add negative value" );
  30         }
  31         _value += v;
  32     }
  33
  34     final void divideValue( final double d ) {
  35         if ( d <= 0 ) {
  36             throw new IllegalArgumentException( "attempt to divide by non-positive value" );
  37         }
  38         _value /= d;
  39     }
  40
  41     @Override
  42     public int compareTo( final GapContribution o ) {
  43         if ( getValue() < o.getValue() ) {
  44             return 1;
  45         }
  46         else if ( getValue() > o.getValue() ) {
  47             return -1;
  48         }
  49         return 0;
  50     }
  51 }