forester/java/src/org/forester/msa_compactor/MsaCompactor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30 import java.math.RoundingMode;
  31 import java.text.DecimalFormat;
  32 import java.text.NumberFormat;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.SortedSet;
  37 import java.util.TreeSet;
  38
  39 import org.forester.evoinference.distance.NeighborJoiningF;
  40 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator;
  41 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator.PWD_DISTANCE_METHOD;
  42 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  43 import org.forester.evoinference.tools.BootstrapResampler;
  44 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  45 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  46 import org.forester.msa.DeleteableMsa;
  47 import org.forester.msa.Mafft;
  48 import org.forester.msa.Msa;
  49 import org.forester.msa.Msa.MSA_FORMAT;
  50 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  51 import org.forester.msa.MsaMethods;
  52 import org.forester.msa.ResampleableMsa;
  53 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  54 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  55 import org.forester.sequence.Sequence;
  56 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public class MsaCompactor {
  60
  61     final private static NumberFormat NF_3                      = new DecimalFormat( "#.###" );
  62     final private static NumberFormat NF_4                      = new DecimalFormat( "#.####" );
  63     private double                    _gap_ratio                = -1;
  64     private final short               _longest_id_length;
  65     //
  66     private String                    _maffts_opts              = "--auto";
  67     private int                       _min_length               = -1;
  68     //
  69     private DeleteableMsa             _msa                      = null;
  70     private boolean                   _norm                     = true;
  71     private File                      _out_file_base            = null;
  72     private MSA_FORMAT                _output_format            = MSA_FORMAT.FASTA;
  73     private String                    _path_to_mafft            = null;
  74     //
  75     private boolean                   _realign                  = false;
  76     private final SortedSet<String>   _removed_seq_ids;
  77     private final ArrayList<Sequence> _removed_seqs;
  78     private File                      _removed_seqs_out_base    = null;
  79     private boolean                   _report_aln_mean_identity = false;
  80     private int                       _step                     = -1;
  81     private int                       _step_for_diagnostics     = -1;
  82     static {
  83         NF_4.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  84         NF_3.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  85     }
  86
  87     public MsaCompactor( final DeleteableMsa msa ) {
  88         _msa = msa;
  89         _removed_seq_ids = new TreeSet<String>();
  90         _longest_id_length = _msa.determineMaxIdLength();
  91         _removed_seqs = new ArrayList<Sequence>();
  92     }
  93
  94     public final List<MsaProperties> chart( final int step, final boolean realign, final boolean norm )
  95             throws IOException, InterruptedException {
  96         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( norm );
  97         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
  98         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
  99         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 100             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 101         }
 102         final boolean print_id = ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 );
 103         printTableHeader( print_id );
 104         int x = ForesterUtil.roundToInt( _msa.getNumberOfSequences() / 20.0 );
 105         if ( x < 1 ) {
 106             x = 1;
 107         }
 108         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 109         msa_props.add( msa_prop );
 110         printMsaProperties( "", msa_prop );
 111         System.out.println();
 112         int i = 0;
 113         while ( _msa.getNumberOfSequences() > x ) {
 114             final String id = to_remove_ids.get( i );
 115             _msa.deleteRow( id, false );
 116             if ( realign && isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) ) {
 117                 removeGapColumns();
 118                 realignWithMafft();
 119                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 120                 msa_props.add( msa_prop );
 121                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 122                 System.out.print( "(realigned)" );
 123                 System.out.println();
 124             }
 125             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 126                 removeGapColumns();
 127                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 128                 msa_props.add( msa_prop );
 129                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 130                 System.out.println();
 131             }
 132             ++i;
 133         }
 134         return msa_props;
 135     }
 136
 137     final public Msa getMsa() {
 138         return _msa;
 139     }
 140
 141     final public SortedSet<String> getRemovedSeqIds() {
 142         return _removed_seq_ids;
 143     }
 144
 145     public final List<MsaProperties> removeViaGapAverage( final double mean_gapiness ) throws IOException,
 146             InterruptedException {
 147         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 148         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 149         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 150         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 151             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 152         }
 153         final boolean print_id = ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 );
 154         printTableHeader( print_id );
 155         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 156         msa_props.add( msa_prop );
 157         printMsaProperties( "", msa_prop );
 158         System.out.println();
 159         int i = 0;
 160         while ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) > mean_gapiness ) {
 161             final String id = to_remove_ids.get( i );
 162             _removed_seq_ids.add( id );
 163             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 164             _removed_seqs.add( deleted );
 165             removeGapColumns();
 166             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) <= mean_gapiness ) ) {
 167                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 168                 msa_props.add( msa_prop );
 169                 System.out.println();
 170             }
 171             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 172                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 173                 msa_props.add( msa_prop );
 174                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 175                 System.out.println();
 176             }
 177             ++i;
 178         }
 179         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 180             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 181             System.out.println();
 182             System.out.println( msg );
 183         }
 184         return msa_props;
 185     }
 186
 187     public List<MsaProperties> removeViaLength( final int length ) throws IOException, InterruptedException {
 188         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 189         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 190         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 191         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 192             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 193         }
 194         final boolean print_id = ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 );
 195         printTableHeader( print_id );
 196         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 197         msa_props.add( msa_prop );
 198         printMsaProperties( "", msa_prop );
 199         System.out.println();
 200         int i = 0;
 201         while ( _msa.getLength() > length ) {
 202             final String id = to_remove_ids.get( i );
 203             _removed_seq_ids.add( id );
 204             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 205             _removed_seqs.add( deleted );
 206             removeGapColumns();
 207             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( _msa.getLength() <= length ) ) {
 208                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 209                 msa_props.add( msa_prop );
 210                 System.out.println();
 211             }
 212             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 213                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 214                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 215                 msa_props.add( msa_prop );
 216                 System.out.println();
 217             }
 218             ++i;
 219         }
 220         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 221             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 222             System.out.println();
 223             System.out.println( msg );
 224         }
 225         return msa_props;
 226     }
 227
 228     public final void removeSequencesByMinimalLength( final int min_effective_length ) {
 229         printMsaProperties( "", new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity ) );
 230         System.out.println();
 231         _msa = DeleteableMsa.createInstance( MsaMethods.removeSequencesByMinimalLength( _msa, min_effective_length ) );
 232         removeGapColumns();
 233         printMsaProperties( "", new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity ) );
 234         System.out.println();
 235     }
 236
 237     public final List<MsaProperties> removeWorstOffenders( final int to_remove ) throws IOException,
 238             InterruptedException {
 239         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 240         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 241         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 242         for( int j = 0; j < to_remove; ++j ) {
 243             to_remove_ids.add( stats[ j ].getId() );
 244             _removed_seq_ids.add( stats[ j ].getId() );
 245         }
 246         final boolean print_id = ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 );
 247         printTableHeader( print_id );
 248         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 249         msa_props.add( msa_prop );
 250         printMsaProperties( "", msa_prop );
 251         System.out.println();
 252         for( int i = 0; i < to_remove_ids.size(); ++i ) {
 253             final String id = to_remove_ids.get( i );
 254             _removed_seq_ids.add( id );
 255             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 256             _removed_seqs.add( deleted );
 257             removeGapColumns();
 258             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( i == ( to_remove_ids.size() - 1 ) ) ) {
 259                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 260                 msa_props.add( msa_prop );
 261                 System.out.println();
 262             }
 263             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 264                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 265                 msa_props.add( msa_prop );
 266                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 267                 System.out.println();
 268             }
 269         }
 270         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 271             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 272             System.out.println();
 273             System.out.println( msg );
 274         }
 275         return msa_props;
 276     }
 277
 278     final public void deleteGapColumns( final double max_allowed_gap_ratio ) {
 279         _msa.deleteGapColumns( max_allowed_gap_ratio );
 280     }
 281
 282     public final void setGapRatio( final double gap_ratio ) {
 283         _gap_ratio = gap_ratio;
 284     }
 285
 286     public final void setMafftOptions( final String maffts_opts ) {
 287         _maffts_opts = maffts_opts;
 288     }
 289
 290     public final void setMinLength( final int min_length ) {
 291         _min_length = min_length;
 292     }
 293
 294     public final void setNorm( final boolean norm ) {
 295         _norm = norm;
 296     }
 297
 298     final public void setOutFileBase( final File out_file_base ) {
 299         _out_file_base = out_file_base;
 300     }
 301
 302     public final void setOutputFormat( final MSA_FORMAT output_format ) {
 303         _output_format = output_format;
 304     }
 305
 306     public void setPathToMafft( final String path_to_mafft ) {
 307         _path_to_mafft = path_to_mafft;
 308     }
 309
 310     public final void setRealign( final boolean realign ) {
 311         _realign = realign;
 312     }
 313
 314     public final void setRemovedSeqsOutBase( final File removed_seqs_out_base ) {
 315         _removed_seqs_out_base = removed_seqs_out_base;
 316     }
 317
 318     public final void setReportAlnMeanIdentity( final boolean report_aln_mean_identity ) {
 319         _report_aln_mean_identity = report_aln_mean_identity;
 320     }
 321
 322     public final void setStep( final int step ) {
 323         _step = step;
 324     }
 325
 326     public final void setStepForDiagnostics( final int step_for_diagnostics ) {
 327         _step_for_diagnostics = step_for_diagnostics;
 328     }
 329
 330     final public String writeAndAlignRemovedSeqs() throws IOException, InterruptedException {
 331         final StringBuilder msg = new StringBuilder();
 332         final String n = _removed_seqs_out_base + "_" + _removed_seqs.size() + ".fasta";
 333         SequenceWriter.writeSeqs( _removed_seqs, new File( n ), SEQ_FORMAT.FASTA, 100 );
 334         msg.append( "wrote " + _removed_seqs.size() + " removed sequences to " + "\"" + n + "\"" );
 335         if ( _realign ) {
 336             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 337             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 338             for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 339                 opts.add( o );
 340             }
 341             final Msa removed_msa = mafft.infer( _removed_seqs, opts );
 342             final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( removed_msa );
 343             String s = _removed_seqs_out_base + "_" + removed_msa.getNumberOfSequences() + "_"
 344                     + removed_msa.getLength() + "_" + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 345             final String suffix = obtainSuffix();
 346             s += suffix;
 347             writeMsa( removed_msa, s, _output_format );
 348             msg.append( ", and as MSA of length " + removed_msa.getLength() + " to \"" + s + "\"" );
 349         }
 350         return msg.toString();
 351     }
 352
 353     final public String writeMsa( final File outfile ) throws IOException {
 354         final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( _msa );
 355         final String s = outfile + "_" + _msa.getNumberOfSequences() + "_" + _msa.getLength() + "_"
 356                 + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 357         writeMsa( _msa, s + obtainSuffix(), _output_format );
 358         return s;
 359     }
 360
 361     final int calcNonGapResidues( final Sequence seq ) {
 362         int ng = 0;
 363         for( int i = 0; i < seq.getLength(); ++i ) {
 364             if ( !seq.isGapAt( i ) ) {
 365                 ++ng;
 366             }
 367         }
 368         return ng;
 369     }
 370
 371     private final GapContribution[] calcGapContribtions( final boolean normalize_for_effective_seq_length ) {
 372         final double gappiness[] = calcGappiness();
 373         final GapContribution stats[] = new GapContribution[ _msa.getNumberOfSequences() ];
 374         for( int row = 0; row < _msa.getNumberOfSequences(); ++row ) {
 375             stats[ row ] = new GapContribution( _msa.getIdentifier( row ) );
 376             for( int col = 0; col < _msa.getLength(); ++col ) {
 377                 if ( !_msa.isGapAt( row, col ) ) {
 378                     stats[ row ].addToValue( gappiness[ col ] );
 379                 }
 380             }
 381             if ( normalize_for_effective_seq_length ) {
 382                 stats[ row ].divideValue( calcNonGapResidues( _msa.getSequence( row ) ) );
 383             }
 384             else {
 385                 stats[ row ].divideValue( _msa.getLength() );
 386             }
 387         }
 388         return stats;
 389     }
 390
 391     final private GapContribution[] calcGapContribtionsStats( final boolean norm ) {
 392         final GapContribution stats[] = calcGapContribtions( norm );
 393         Arrays.sort( stats );
 394         return stats;
 395     }
 396
 397     private final double[] calcGappiness() {
 398         final int l = _msa.getLength();
 399         final double gappiness[] = new double[ l ];
 400         final int seqs = _msa.getNumberOfSequences();
 401         for( int i = 0; i < l; ++i ) {
 402             gappiness[ i ] = ( double ) MsaMethods.calcGapSumPerColumn( _msa, i ) / seqs;
 403         }
 404         return gappiness;
 405     }
 406
 407     private final Phylogeny inferNJphylogeny( final PWD_DISTANCE_METHOD pwd_distance_method,
 408                                               final Msa msa,
 409                                               final boolean write_matrix,
 410                                               final String matrix_name ) {
 411         BasicSymmetricalDistanceMatrix m = null;
 412         switch ( pwd_distance_method ) {
 413             case KIMURA_DISTANCE:
 414                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcKimuraDistances( msa );
 415                 break;
 416             case POISSON_DISTANCE:
 417                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcPoissonDistances( msa );
 418                 break;
 419             case FRACTIONAL_DISSIMILARITY:
 420                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcFractionalDissimilarities( msa );
 421                 break;
 422             default:
 423                 throw new IllegalArgumentException( "invalid pwd method" );
 424         }
 425         if ( write_matrix ) {
 426             try {
 427                 m.write( ForesterUtil.createBufferedWriter( matrix_name ) );
 428             }
 429             catch ( final IOException e ) {
 430                 e.printStackTrace();
 431             }
 432         }
 433         final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance( false, 5 );
 434         final Phylogeny phy = nj.execute( m );
 435         return phy;
 436     }
 437
 438     private final boolean isPrintMsaStats( final int i ) {
 439         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step_for_diagnostics > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step_for_diagnostics ) == 0 ) ) );
 440     }
 441
 442     private final boolean isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final int i ) {
 443         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step ) == 0 ) ) );
 444     }
 445
 446     private final StringBuilder msaPropertiesAsSB( final MsaProperties msa_properties ) {
 447         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 448         sb.append( msa_properties.getNumberOfSequences() );
 449         sb.append( "\t" );
 450         sb.append( msa_properties.getLength() );
 451         sb.append( "\t" );
 452         sb.append( NF_4.format( msa_properties.getGapRatio() ) );
 453         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 454             sb.append( "\t" );
 455             sb.append( NF_4.format( msa_properties.getAverageIdentityRatio() ) );
 456         }
 457         return sb;
 458     }
 459
 460     private String obtainSuffix() {
 461         if ( _output_format == MSA_FORMAT.FASTA ) {
 462             return ".fasta";
 463         }
 464         else if ( _output_format == MSA_FORMAT.PHYLIP ) {
 465             return ".aln";
 466         }
 467         return "";
 468     }
 469
 470     private final Phylogeny pi( final String matrix ) {
 471         final Phylogeny master_phy = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, _msa, true, matrix );
 472         final int seed = 15;
 473         final int n = 100;
 474         final ResampleableMsa resampleable_msa = new ResampleableMsa( _msa );
 475         final int[][] resampled_column_positions = BootstrapResampler.createResampledColumnPositions( _msa.getLength(),
 476                                                                                                       n,
 477                                                                                                       seed );
 478         final Phylogeny[] eval_phys = new Phylogeny[ n ];
 479         for( int i = 0; i < n; ++i ) {
 480             resampleable_msa.resample( resampled_column_positions[ i ] );
 481             eval_phys[ i ] = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, resampleable_msa, false, null );
 482         }
 483         ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", eval_phys, master_phy, true, 1 );
 484         PhylogenyMethods.extractFastaInformation( master_phy );
 485         return master_phy;
 486     }
 487
 488     private final void printMsaProperties( final String id, final MsaProperties msa_properties ) {
 489         if ( ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) {
 490             System.out.print( ForesterUtil.pad( id, _longest_id_length, ' ', false ) );
 491             System.out.print( "\t" );
 492         }
 493         System.out.print( msaPropertiesAsSB( msa_properties ) );
 494         System.out.print( "\t" );
 495     }
 496
 497     final private MsaProperties printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final boolean realign, final String id )
 498             throws IOException, InterruptedException {
 499         if ( realign ) {
 500             realignWithMafft();
 501         }
 502         final MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 503         printMsaProperties( id, msa_prop );
 504         final String s = writeOutfile();
 505         System.out.print( "-> " + s + ( realign ? "\t(realigned)" : "" ) );
 506         return msa_prop;
 507     }
 508
 509     private final void printTableHeader( final boolean print_id ) {
 510         if ( print_id ) {
 511             System.out.print( ForesterUtil.pad( "Id", _longest_id_length, ' ', false ) );
 512             System.out.print( "\t" );
 513         }
 514         System.out.print( "Seqs" );
 515         System.out.print( "\t" );
 516         System.out.print( "Length" );
 517         System.out.print( "\t" );
 518         System.out.print( "Gaps" );
 519         System.out.print( "\t" );
 520         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 521             System.out.print( "MSA qual" );
 522             System.out.print( "\t" );
 523         }
 524         System.out.println();
 525     }
 526
 527     final private void realignWithMafft() throws IOException, InterruptedException {
 528         final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 529         final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 530         for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 531             opts.add( o );
 532         }
 533         _msa = DeleteableMsa.createInstance( mafft.infer( _msa.asSequenceList(), opts ) );
 534     }
 535
 536     final private void removeGapColumns() {
 537         _msa.deleteGapOnlyColumns();
 538     }
 539
 540     private final String writeOutfile() throws IOException {
 541         final String s = writeMsa( _out_file_base );
 542         return s;
 543     }
 544
 545     // Returns null if not path found.
 546     final public static String guessPathToMafft() {
 547         String path;
 548         if ( ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase().indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 549             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 550             if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 551                 return path;
 552             }
 553         }
 554         path = "/home/czmasek/SOFTWARE/MSA/MAFFT/mafft-7.130-without-extensions/scripts/mafft";
 555         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 556             return path;
 557         }
 558         path = "/usr/local/bin/mafft";
 559         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 560             return path;
 561         }
 562         path = "/usr/bin/mafft";
 563         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 564             return path;
 565         }
 566         path = "/bin/mafft";
 567         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 568             return path;
 569         }
 570         path = "mafft";
 571         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 572             return path;
 573         }
 574         return null;
 575     }
 576
 577     final private static void writeMsa( final Msa msa, final String outfile, final MSA_FORMAT format )
 578             throws IOException {
 579         final Writer w = ForesterUtil.createBufferedWriter( outfile );
 580         msa.write( w, format );
 581         w.close();
 582     }
 583 }