forester/java/src/org/forester/msa_compactor/MsaCompactor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30 import java.math.RoundingMode;
  31 import java.text.DecimalFormat;
  32 import java.text.NumberFormat;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.SortedSet;
  37 import java.util.TreeSet;
  38
  39 import org.forester.evoinference.distance.NeighborJoiningF;
  40 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator;
  41 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator.PWD_DISTANCE_METHOD;
  42 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  43 import org.forester.evoinference.tools.BootstrapResampler;
  44 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  45 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  46 import org.forester.msa.DeleteableMsa;
  47 import org.forester.msa.Mafft;
  48 import org.forester.msa.Msa;
  49 import org.forester.msa.Msa.MSA_FORMAT;
  50 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  51 import org.forester.msa.MsaMethods;
  52 import org.forester.msa.ResampleableMsa;
  53 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  54 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  55 import org.forester.sequence.Sequence;
  56 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public class MsaCompactor {
  60
  61     final private static NumberFormat NF_3                   = new DecimalFormat( "#.###" );
  62     final private static NumberFormat NF_4                   = new DecimalFormat( "#.####" );
  63     private double                    _gap_ratio             = -1;
  64     //
  65     private String                    _maffts_opts           = "--auto";
  66     private int                       _min_length            = -1;
  67     //
  68     private DeleteableMsa             _msa                   = null;
  69     private boolean                   _norm                  = true;
  70     private File                      _out_file_base         = null;
  71     private MSA_FORMAT                _output_format         = MSA_FORMAT.FASTA;
  72     private String                    _path_to_mafft         = null;
  73     //
  74     private boolean                   _realign               = false;
  75     private final SortedSet<String>   _removed_seq_ids;
  76     private File                      _removed_seqs_out_base = null;
  77
  78     public final void setRemovedSeqsOutBase( final File removed_seqs_out_base ) {
  79         _removed_seqs_out_base = removed_seqs_out_base;
  80     }
  81     private boolean                   _report_aln_mean_identity = false;
  82     private int                       _step                     = -1;
  83     private int                       _step_for_diagnostics     = -1;
  84     private final short               _longest_id_length;
  85     private final ArrayList<Sequence> _removed_seqs;
  86     static {
  87         NF_4.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  88         NF_3.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  89     }
  90
  91     public MsaCompactor( final DeleteableMsa msa ) {
  92         _msa = msa;
  93         _removed_seq_ids = new TreeSet<String>();
  94         _longest_id_length = _msa.determineMaxIdLength();
  95         _removed_seqs = new ArrayList<Sequence>();
  96     }
  97
  98     final public Msa getMsa() {
  99         return _msa;
 100     }
 101
 102     final public SortedSet<String> getRemovedSeqIds() {
 103         return _removed_seq_ids;
 104     }
 105
 106     public final List<MsaProperties> removeViaGapAverage( final double mean_gapiness ) throws IOException,
 107             InterruptedException {
 108         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 109         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 110         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 111         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 112             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 113         }
 114         printTableHeader();
 115         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 116         msa_props.add( msa_prop );
 117         printMsaProperties( "", msa_prop );
 118         System.out.println();
 119         int i = 0;
 120         while ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) > mean_gapiness ) {
 121             final String id = to_remove_ids.get( i );
 122             _removed_seq_ids.add( id );
 123             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 124             _removed_seqs.add( deleted );
 125             removeGapColumns();
 126             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) <= mean_gapiness ) ) {
 127                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 128                 msa_props.add( msa_prop );
 129                 System.out.println();
 130             }
 131             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 132                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 133                 msa_props.add( msa_prop );
 134                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 135                 System.out.println();
 136             }
 137             ++i;
 138         }
 139         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 140             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 141             System.out.println();
 142             System.out.println( msg );
 143         }
 144         return msa_props;
 145     }
 146
 147     public List<MsaProperties> removeViaLength( final int length ) throws IOException, InterruptedException {
 148         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 149         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 150         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 151         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 152             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 153         }
 154         printTableHeader();
 155         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 156         msa_props.add( msa_prop );
 157         printMsaProperties( "", msa_prop );
 158         System.out.println();
 159         int i = 0;
 160         while ( _msa.getLength() > length ) {
 161             final String id = to_remove_ids.get( i );
 162             _removed_seq_ids.add( id );
 163             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 164             _removed_seqs.add( deleted );
 165             removeGapColumns();
 166             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( _msa.getLength() <= length ) ) {
 167                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 168                 msa_props.add( msa_prop );
 169                 System.out.println();
 170             }
 171             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 172                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 173                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 174                 msa_props.add( msa_prop );
 175                 System.out.println();
 176             }
 177             ++i;
 178         }
 179         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 180             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 181             System.out.println();
 182             System.out.println( msg );
 183         }
 184         return msa_props;
 185     }
 186
 187     public final List<MsaProperties> removeWorstOffenders( final int to_remove ) throws IOException,
 188             InterruptedException {
 189         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 190         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 191         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 192         for( int j = 0; j < to_remove; ++j ) {
 193             to_remove_ids.add( stats[ j ].getId() );
 194             _removed_seq_ids.add( stats[ j ].getId() );
 195         }
 196         printTableHeader();
 197         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 198         msa_props.add( msa_prop );
 199         printMsaProperties( "", msa_prop );
 200         System.out.println();
 201         for( int i = 0; i < to_remove_ids.size(); ++i ) {
 202             final String id = to_remove_ids.get( i );
 203             _removed_seq_ids.add( id );
 204             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 205             _removed_seqs.add( deleted );
 206             removeGapColumns();
 207             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( i == ( to_remove_ids.size() - 1 ) ) ) {
 208                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 209                 msa_props.add( msa_prop );
 210                 System.out.println();
 211             }
 212             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 213                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 214                 msa_props.add( msa_prop );
 215                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 216                 System.out.println();
 217             }
 218         }
 219         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 220             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 221             System.out.println();
 222             System.out.println( msg );
 223         }
 224         return msa_props;
 225     }
 226
 227     public final List<MsaProperties> chart( final int step, final boolean realign, final boolean norm )
 228             throws IOException, InterruptedException {
 229         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( norm );
 230         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 231         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 232         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 233             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 234         }
 235         printTableHeader();
 236         final int x = ForesterUtil.roundToInt( _msa.getNumberOfSequences() / 20.0 );
 237         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 238         msa_props.add( msa_prop );
 239         printMsaProperties( "", msa_prop );
 240         System.out.println();
 241         int i = 0;
 242         while ( _msa.getNumberOfSequences() > x ) {
 243             final String id = to_remove_ids.get( i );
 244             _msa.deleteRow( id, false );
 245             if ( realign && isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) ) {
 246                 removeGapColumns();
 247                 realignWithMafft();
 248                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 249                 msa_props.add( msa_prop );
 250                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 251                 System.out.print( "(realigned)" );
 252                 System.out.println();
 253             }
 254             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 255                 removeGapColumns();
 256                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 257                 msa_props.add( msa_prop );
 258                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 259                 System.out.println();
 260             }
 261             ++i;
 262         }
 263         return msa_props;
 264     }
 265
 266     private final boolean isPrintMsaStats( final int i ) {
 267         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step_for_diagnostics > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step_for_diagnostics ) == 0 ) ) );
 268     }
 269
 270     private final boolean isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final int i ) {
 271         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step ) == 0 ) ) );
 272     }
 273
 274     public final void setGapRatio( final double gap_ratio ) {
 275         _gap_ratio = gap_ratio;
 276     }
 277
 278     public final void setMinLength( final int min_length ) {
 279         _min_length = min_length;
 280     }
 281
 282     public final void setNorm( final boolean norm ) {
 283         _norm = norm;
 284     }
 285
 286     final public void setOutFileBase( final File out_file_base ) {
 287         _out_file_base = out_file_base;
 288     }
 289
 290     public final void setOutputFormat( final MSA_FORMAT output_format ) {
 291         _output_format = output_format;
 292     }
 293
 294     public void setPathToMafft( final String path_to_mafft ) {
 295         _path_to_mafft = path_to_mafft;
 296     }
 297
 298     public final void setRealign( final boolean realign ) {
 299         _realign = realign;
 300     }
 301
 302     public final void setStep( final int step ) {
 303         _step = step;
 304     }
 305
 306     public final void setStepForDiagnostics( final int step_for_diagnostics ) {
 307         _step_for_diagnostics = step_for_diagnostics;
 308     }
 309
 310     public final void setReportAlnMeanIdentity( final boolean report_aln_mean_identity ) {
 311         _report_aln_mean_identity = report_aln_mean_identity;
 312     }
 313
 314     final public String writeMsa( final File outfile ) throws IOException {
 315         final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( _msa );
 316         final String s = outfile + "_" + _msa.getNumberOfSequences() + "_" + _msa.getLength() + "_"
 317                 + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 318         writeMsa( _msa, s + obtainSuffix(), _output_format );
 319         return s;
 320     }
 321
 322     final public String writeAndAlignRemovedSeqs() throws IOException, InterruptedException {
 323         final StringBuilder msg = new StringBuilder();
 324         final String n = _removed_seqs_out_base + "_" + _removed_seqs.size() + ".fasta";
 325         SequenceWriter.writeSeqs( _removed_seqs, new File( n ), SEQ_FORMAT.FASTA, 100 );
 326         msg.append( "wrote " + _removed_seqs.size() + " removed sequences to " + "\"" + n + "\"" );
 327         if ( _realign ) {
 328             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 329             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 330             for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 331                 opts.add( o );
 332             }
 333             final Msa removed_msa = mafft.infer( _removed_seqs, opts );
 334             final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( removed_msa );
 335             String s = _removed_seqs_out_base + "_" + removed_msa.getNumberOfSequences() + "_"
 336                     + removed_msa.getLength() + "_" + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 337             final String suffix = obtainSuffix();
 338             s += suffix;
 339             writeMsa( removed_msa, s, _output_format );
 340             msg.append( ", and as MSA of length " + removed_msa.getLength() + " to \"" + s + "\"" );
 341         }
 342         return msg.toString();
 343     }
 344
 345     private String obtainSuffix() {
 346         if ( _output_format == MSA_FORMAT.FASTA ) {
 347             return ".fasta";
 348         }
 349         else if ( _output_format == MSA_FORMAT.PHYLIP ) {
 350             return ".aln";
 351         }
 352         return "";
 353     }
 354
 355     final int calcNonGapResidues( final Sequence seq ) {
 356         int ng = 0;
 357         for( int i = 0; i < seq.getLength(); ++i ) {
 358             if ( !seq.isGapAt( i ) ) {
 359                 ++ng;
 360             }
 361         }
 362         return ng;
 363     }
 364
 365     private final GapContribution[] calcGapContribtions( final boolean normalize_for_effective_seq_length ) {
 366         final double gappiness[] = calcGappiness();
 367         final GapContribution stats[] = new GapContribution[ _msa.getNumberOfSequences() ];
 368         for( int row = 0; row < _msa.getNumberOfSequences(); ++row ) {
 369             stats[ row ] = new GapContribution( _msa.getIdentifier( row ) );
 370             for( int col = 0; col < _msa.getLength(); ++col ) {
 371                 if ( !_msa.isGapAt( row, col ) ) {
 372                     stats[ row ].addToValue( gappiness[ col ] );
 373                 }
 374             }
 375             if ( normalize_for_effective_seq_length ) {
 376                 stats[ row ].divideValue( calcNonGapResidues( _msa.getSequence( row ) ) );
 377             }
 378             else {
 379                 stats[ row ].divideValue( _msa.getLength() );
 380             }
 381         }
 382         return stats;
 383     }
 384
 385     final private GapContribution[] calcGapContribtionsStats( final boolean norm ) {
 386         final GapContribution stats[] = calcGapContribtions( norm );
 387         Arrays.sort( stats );
 388         return stats;
 389     }
 390
 391     private final double[] calcGappiness() {
 392         final int l = _msa.getLength();
 393         final double gappiness[] = new double[ l ];
 394         final int seqs = _msa.getNumberOfSequences();
 395         for( int i = 0; i < l; ++i ) {
 396             gappiness[ i ] = ( double ) MsaMethods.calcGapSumPerColumn( _msa, i ) / seqs;
 397         }
 398         return gappiness;
 399     }
 400
 401     private final Phylogeny inferNJphylogeny( final PWD_DISTANCE_METHOD pwd_distance_method,
 402                                               final Msa msa,
 403                                               final boolean write_matrix,
 404                                               final String matrix_name ) {
 405         BasicSymmetricalDistanceMatrix m = null;
 406         switch ( pwd_distance_method ) {
 407             case KIMURA_DISTANCE:
 408                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcKimuraDistances( msa );
 409                 break;
 410             case POISSON_DISTANCE:
 411                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcPoissonDistances( msa );
 412                 break;
 413             case FRACTIONAL_DISSIMILARITY:
 414                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcFractionalDissimilarities( msa );
 415                 break;
 416             default:
 417                 throw new IllegalArgumentException( "invalid pwd method" );
 418         }
 419         if ( write_matrix ) {
 420             try {
 421                 m.write( ForesterUtil.createBufferedWriter( matrix_name ) );
 422             }
 423             catch ( final IOException e ) {
 424                 e.printStackTrace();
 425             }
 426         }
 427         final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance( false, 5 );
 428         final Phylogeny phy = nj.execute( m );
 429         return phy;
 430     }
 431
 432     private final Phylogeny pi( final String matrix ) {
 433         final Phylogeny master_phy = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, _msa, true, matrix );
 434         final int seed = 15;
 435         final int n = 100;
 436         final ResampleableMsa resampleable_msa = new ResampleableMsa( _msa );
 437         final int[][] resampled_column_positions = BootstrapResampler.createResampledColumnPositions( _msa.getLength(),
 438                                                                                                       n,
 439                                                                                                       seed );
 440         final Phylogeny[] eval_phys = new Phylogeny[ n ];
 441         for( int i = 0; i < n; ++i ) {
 442             resampleable_msa.resample( resampled_column_positions[ i ] );
 443             eval_phys[ i ] = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, resampleable_msa, false, null );
 444         }
 445         ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", eval_phys, master_phy, true, 1 );
 446         PhylogenyMethods.extractFastaInformation( master_phy );
 447         return master_phy;
 448     }
 449
 450     private final void printMsaProperties( final String id, final MsaProperties msa_properties ) {
 451         if ( ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) {
 452             System.out.print( ForesterUtil.pad( id, _longest_id_length, ' ', false ) );
 453             System.out.print( "\t" );
 454         }
 455         System.out.print( msaPropertiesAsSB( msa_properties ) );
 456         System.out.print( "\t" );
 457     }
 458
 459     private final StringBuilder msaPropertiesAsSB( final MsaProperties msa_properties ) {
 460         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 461         sb.append( msa_properties.getNumberOfSequences() );
 462         sb.append( "\t" );
 463         sb.append( msa_properties.getLength() );
 464         sb.append( "\t" );
 465         sb.append( NF_4.format( msa_properties.getGapRatio() ) );
 466         if ( _report_aln_mean_identity /*msa_properties.getAverageIdentityRatio() >= 0*/) {
 467             sb.append( "\t" );
 468             sb.append( NF_4.format( msa_properties.getAverageIdentityRatio() ) );
 469         }
 470         return sb;
 471     }
 472
 473     final private MsaProperties printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final boolean realign, final String id )
 474             throws IOException, InterruptedException {
 475         if ( realign ) {
 476             realignWithMafft();
 477         }
 478         final MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 479         printMsaProperties( id, msa_prop );
 480         final String s = writeOutfile();
 481         System.out.print( "-> " + s + ( realign ? "\t(realigned)" : "" ) );
 482         return msa_prop;
 483     }
 484
 485     final private void realignWithMafft() throws IOException, InterruptedException {
 486         final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 487         final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 488         for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 489             opts.add( o );
 490         }
 491         _msa = DeleteableMsa.createInstance( mafft.infer( _msa.asSequenceList(), opts ) );
 492     }
 493
 494     public final void setMafftOptions( final String maffts_opts ) {
 495         _maffts_opts = maffts_opts;
 496     }
 497
 498     final private void removeGapColumns() {
 499         _msa.deleteGapOnlyColumns();
 500     }
 501
 502     final private static void writeMsa( final Msa msa, final String outfile, final MSA_FORMAT format )
 503             throws IOException {
 504         final Writer w = ForesterUtil.createBufferedWriter( outfile );
 505         msa.write( w, format );
 506         w.close();
 507     }
 508
 509     private final String writeOutfile() throws IOException {
 510         final String s = writeMsa( _out_file_base );
 511         return s;
 512     }
 513
 514     // Returns null if not path found.
 515     final public static String guessPathToMafft() {
 516         String path;
 517         if ( ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase().indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 518             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 519             if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 520                 return path;
 521             }
 522         }
 523         path = "/home/czmasek/SOFTWARE/MSA/MAFFT/mafft-7.130-without-extensions/scripts/mafft";
 524         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 525             return path;
 526         }
 527         path = "/usr/local/bin/mafft";
 528         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 529             return path;
 530         }
 531         path = "/usr/bin/mafft";
 532         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 533             return path;
 534         }
 535         path = "/bin/mafft";
 536         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 537             return path;
 538         }
 539         path = "mafft";
 540         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 541             return path;
 542         }
 543         return null;
 544     }
 545
 546     private final void printTableHeader() {
 547         if ( ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) {
 548             System.out.print( ForesterUtil.pad( "Id", _longest_id_length, ' ', false ) );
 549             System.out.print( "\t" );
 550         }
 551         System.out.print( "Seqs" );
 552         System.out.print( "\t" );
 553         System.out.print( "Length" );
 554         System.out.print( "\t" );
 555         System.out.print( "Gaps" );
 556         System.out.print( "\t" );
 557         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 558             System.out.print( "MSA qual" );
 559             System.out.print( "\t" );
 560         }
 561         System.out.println();
 562     }
 563 }