forester/java/src/org/forester/msa_compactor/MsaCompactor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.awt.Color;
  28 import java.io.File;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.Writer;
  31 import java.math.RoundingMode;
  32 import java.text.DecimalFormat;
  33 import java.text.NumberFormat;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.Arrays;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.SortedSet;
  38 import java.util.TreeSet;
  39
  40 import org.forester.archaeopteryx.Archaeopteryx;
  41 import org.forester.archaeopteryx.Configuration;
  42 import org.forester.evoinference.distance.NeighborJoiningF;
  43 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator;
  44 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator.PWD_DISTANCE_METHOD;
  45 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  46 import org.forester.evoinference.tools.BootstrapResampler;
  47 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser.TAXONOMY_EXTRACTION;
  48 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  49 import org.forester.io.parsers.util.ParserUtils;
  50 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  51 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  52 import org.forester.msa.DeleteableMsa;
  53 import org.forester.msa.Mafft;
  54 import org.forester.msa.Msa;
  55 import org.forester.msa.Msa.MSA_FORMAT;
  56 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  57 import org.forester.msa.MsaMethods;
  58 import org.forester.msa.ResampleableMsa;
  59 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  60 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  61 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods.DESCENDANT_SORT_PRIORITY;
  62 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  63 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData;
  64 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeFill;
  65 import org.forester.phylogeny.data.NodeVisualData.NodeShape;
  66 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  67 import org.forester.sequence.Sequence;
  68 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  69 import org.forester.util.ForesterUtil;
  70
  71 public class MsaCompactor {
  72
  73     final private static NumberFormat NF_3                      = new DecimalFormat( "#.###" );
  74     final private static NumberFormat NF_4                      = new DecimalFormat( "#.####" );
  75     private double                    _gap_ratio                = -1;
  76     private final short               _longest_id_length;
  77     //
  78     private String                    _maffts_opts              = "--auto";
  79     private int                       _min_length               = -1;
  80     //
  81     private String                    _infile_name              = null;
  82     private DeleteableMsa             _msa                      = null;
  83     private boolean                   _norm                     = true;
  84     private File                      _out_file_base            = null;
  85     private MSA_FORMAT                _output_format            = MSA_FORMAT.FASTA;
  86     private String                    _path_to_mafft            = null;
  87     //
  88     private boolean                   _realign                  = false;
  89     private final SortedSet<String>   _removed_seq_ids;
  90     private final ArrayList<Sequence> _removed_seqs;
  91     private File                      _removed_seqs_out_base    = null;
  92     private boolean                   _report_aln_mean_identity = false;
  93     private int                       _step                     = -1;
  94     private int                       _step_for_diagnostics     = -1;
  95     private boolean                   _phylogentic_inference    = false;
  96     static {
  97         NF_4.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  98         NF_3.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  99     }
 100
 101     public MsaCompactor( final DeleteableMsa msa ) {
 102         _msa = msa;
 103         _removed_seq_ids = new TreeSet<String>();
 104         _longest_id_length = _msa.determineMaxIdLength();
 105         _removed_seqs = new ArrayList<Sequence>();
 106     }
 107
 108     public final List<MsaProperties> chart( final int step, final boolean realign, final boolean norm )
 109             throws IOException, InterruptedException {
 110         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( norm );
 111         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 112         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 113         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 114             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 115         }
 116         if ( !_realign ) {
 117             _step = -1;
 118         }
 119         int x = ForesterUtil.roundToInt( _msa.getNumberOfSequences() / 20.0 );
 120         if ( x < 1 ) {
 121             x = 1;
 122         }
 123         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 124         msa_props.add( msa_prop );
 125         if ( _phylogentic_inference ) {
 126             System.out.println( "calculating phylogentic tree..." );
 127             System.out.println();
 128             pi( to_remove_ids );
 129         }
 130         printTableHeader();
 131         printMsaProperties( "", msa_prop );
 132         System.out.println();
 133         int i = 0;
 134         while ( _msa.getNumberOfSequences() > x ) {
 135             final String id = to_remove_ids.get( i );
 136             _msa.deleteRow( id, false );
 137             if ( realign && isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) ) {
 138                 removeGapColumns();
 139                 realignWithMafft();
 140                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 141                 msa_props.add( msa_prop );
 142                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 143                 System.out.print( "(realigned)" );
 144                 System.out.println();
 145             }
 146             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 147                 removeGapColumns();
 148                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 149                 msa_props.add( msa_prop );
 150                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 151                 System.out.println();
 152             }
 153             ++i;
 154         }
 155         return msa_props;
 156     }
 157
 158     final public void deleteGapColumns( final double max_allowed_gap_ratio ) {
 159         _msa.deleteGapColumns( max_allowed_gap_ratio );
 160     }
 161
 162     final public Msa getMsa() {
 163         return _msa;
 164     }
 165
 166     final public SortedSet<String> getRemovedSeqIds() {
 167         return _removed_seq_ids;
 168     }
 169
 170     public final void removeSequencesByMinimalLength( final int min_effective_length ) {
 171         printMsaProperties( "", new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity ) );
 172         System.out.println();
 173         _msa = DeleteableMsa.createInstance( MsaMethods.removeSequencesByMinimalLength( _msa, min_effective_length ) );
 174         removeGapColumns();
 175         printMsaProperties( "", new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity ) );
 176         System.out.println();
 177     }
 178
 179     public final List<MsaProperties> removeViaGapAverage( final double mean_gapiness ) throws IOException,
 180             InterruptedException {
 181         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 182         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 183         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 184         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 185             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 186         }
 187         printTableHeader();
 188         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 189         msa_props.add( msa_prop );
 190         printMsaProperties( "", msa_prop );
 191         System.out.println();
 192         int i = 0;
 193         while ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) > mean_gapiness ) {
 194             final String id = to_remove_ids.get( i );
 195             _removed_seq_ids.add( id );
 196             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 197             _removed_seqs.add( deleted );
 198             removeGapColumns();
 199             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) <= mean_gapiness ) ) {
 200                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 201                 msa_props.add( msa_prop );
 202                 System.out.println();
 203             }
 204             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 205                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 206                 msa_props.add( msa_prop );
 207                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 208                 System.out.println();
 209             }
 210             ++i;
 211         }
 212         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 213             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 214             System.out.println();
 215             System.out.println( msg );
 216         }
 217         return msa_props;
 218     }
 219
 220     public List<MsaProperties> removeViaLength( final int length ) throws IOException, InterruptedException {
 221         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 222         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 223         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 224         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 225             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 226         }
 227         printTableHeader();
 228         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 229         msa_props.add( msa_prop );
 230         printMsaProperties( "", msa_prop );
 231         System.out.println();
 232         int i = 0;
 233         while ( _msa.getLength() > length ) {
 234             final String id = to_remove_ids.get( i );
 235             _removed_seq_ids.add( id );
 236             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 237             _removed_seqs.add( deleted );
 238             removeGapColumns();
 239             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( _msa.getLength() <= length ) ) {
 240                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 241                 msa_props.add( msa_prop );
 242                 System.out.println();
 243             }
 244             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 245                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 246                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 247                 msa_props.add( msa_prop );
 248                 System.out.println();
 249             }
 250             ++i;
 251         }
 252         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 253             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 254             System.out.println();
 255             System.out.println( msg );
 256         }
 257         return msa_props;
 258     }
 259
 260     public final List<MsaProperties> removeWorstOffenders( final int to_remove ) throws IOException,
 261             InterruptedException {
 262         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 263         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 264         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 265         for( int j = 0; j < to_remove; ++j ) {
 266             to_remove_ids.add( stats[ j ].getId() );
 267             _removed_seq_ids.add( stats[ j ].getId() );
 268         }
 269         printTableHeader();
 270         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 271         msa_props.add( msa_prop );
 272         printMsaProperties( "", msa_prop );
 273         System.out.println();
 274         for( int i = 0; i < to_remove_ids.size(); ++i ) {
 275             final String id = to_remove_ids.get( i );
 276             _removed_seq_ids.add( id );
 277             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 278             _removed_seqs.add( deleted );
 279             removeGapColumns();
 280             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( i == ( to_remove_ids.size() - 1 ) ) ) {
 281                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 282                 msa_props.add( msa_prop );
 283                 System.out.println();
 284             }
 285             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 286                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 287                 msa_props.add( msa_prop );
 288                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 289                 System.out.println();
 290             }
 291         }
 292         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 293             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 294             System.out.println();
 295             System.out.println( msg );
 296         }
 297         return msa_props;
 298     }
 299
 300     public final void setGapRatio( final double gap_ratio ) {
 301         _gap_ratio = gap_ratio;
 302     }
 303
 304     public final void setMafftOptions( final String maffts_opts ) {
 305         _maffts_opts = maffts_opts;
 306     }
 307
 308     public final void setMinLength( final int min_length ) {
 309         _min_length = min_length;
 310     }
 311
 312     public final void setNorm( final boolean norm ) {
 313         _norm = norm;
 314     }
 315
 316     final public void setOutFileBase( final File out_file_base ) {
 317         _out_file_base = out_file_base;
 318     }
 319
 320     public final void setOutputFormat( final MSA_FORMAT output_format ) {
 321         _output_format = output_format;
 322     }
 323
 324     public void setPathToMafft( final String path_to_mafft ) {
 325         _path_to_mafft = path_to_mafft;
 326     }
 327
 328     public final void setRealign( final boolean realign ) {
 329         _realign = realign;
 330     }
 331
 332     public final void setRemovedSeqsOutBase( final File removed_seqs_out_base ) {
 333         _removed_seqs_out_base = removed_seqs_out_base;
 334     }
 335
 336     public final void setReportAlnMeanIdentity( final boolean report_aln_mean_identity ) {
 337         _report_aln_mean_identity = report_aln_mean_identity;
 338     }
 339
 340     public final void setStep( final int step ) {
 341         _step = step;
 342     }
 343
 344     public final void setStepForDiagnostics( final int step_for_diagnostics ) {
 345         _step_for_diagnostics = step_for_diagnostics;
 346     }
 347
 348     final public String writeAndAlignRemovedSeqs() throws IOException, InterruptedException {
 349         final StringBuilder msg = new StringBuilder();
 350         final String n = _removed_seqs_out_base + "_" + _removed_seqs.size() + ".fasta";
 351         SequenceWriter.writeSeqs( _removed_seqs, new File( n ), SEQ_FORMAT.FASTA, 100 );
 352         msg.append( "wrote " + _removed_seqs.size() + " removed sequences to " + "\"" + n + "\"" );
 353         if ( _realign ) {
 354             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 355             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 356             for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 357                 opts.add( o );
 358             }
 359             final Msa removed_msa = mafft.infer( _removed_seqs, opts );
 360             final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( removed_msa );
 361             String s = _removed_seqs_out_base + "_" + removed_msa.getNumberOfSequences() + "_"
 362                     + removed_msa.getLength() + "_" + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 363             final String suffix = obtainSuffix();
 364             s += suffix;
 365             writeMsa( removed_msa, s, _output_format );
 366             msg.append( ", and as MSA of length " + removed_msa.getLength() + " to \"" + s + "\"" );
 367         }
 368         return msg.toString();
 369     }
 370
 371     final public String writeMsa( final File outfile ) throws IOException {
 372         final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( _msa );
 373         final String s = outfile + "_" + _msa.getNumberOfSequences() + "_" + _msa.getLength() + "_"
 374                 + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 375         writeMsa( _msa, s + obtainSuffix(), _output_format );
 376         return s;
 377     }
 378
 379     final int calcNonGapResidues( final Sequence seq ) {
 380         int ng = 0;
 381         for( int i = 0; i < seq.getLength(); ++i ) {
 382             if ( !seq.isGapAt( i ) ) {
 383                 ++ng;
 384             }
 385         }
 386         return ng;
 387     }
 388
 389     private final GapContribution[] calcGapContribtions( final boolean normalize_for_effective_seq_length ) {
 390         final double gappiness[] = calcGappiness();
 391         final GapContribution stats[] = new GapContribution[ _msa.getNumberOfSequences() ];
 392         for( int row = 0; row < _msa.getNumberOfSequences(); ++row ) {
 393             stats[ row ] = new GapContribution( _msa.getIdentifier( row ) );
 394             for( int col = 0; col < _msa.getLength(); ++col ) {
 395                 if ( !_msa.isGapAt( row, col ) ) {
 396                     stats[ row ].addToValue( gappiness[ col ] );
 397                 }
 398             }
 399             if ( normalize_for_effective_seq_length ) {
 400                 stats[ row ].divideValue( calcNonGapResidues( _msa.getSequence( row ) ) );
 401             }
 402             else {
 403                 stats[ row ].divideValue( _msa.getLength() );
 404             }
 405         }
 406         return stats;
 407     }
 408
 409     final private GapContribution[] calcGapContribtionsStats( final boolean norm ) {
 410         final GapContribution stats[] = calcGapContribtions( norm );
 411         Arrays.sort( stats );
 412         return stats;
 413     }
 414
 415     private final double[] calcGappiness() {
 416         final int l = _msa.getLength();
 417         final double gappiness[] = new double[ l ];
 418         final int seqs = _msa.getNumberOfSequences();
 419         for( int i = 0; i < l; ++i ) {
 420             gappiness[ i ] = ( double ) MsaMethods.calcGapSumPerColumn( _msa, i ) / seqs;
 421         }
 422         return gappiness;
 423     }
 424
 425     private final Phylogeny inferNJphylogeny( final PWD_DISTANCE_METHOD pwd_distance_method,
 426                                               final Msa msa,
 427                                               final boolean write_matrix,
 428                                               final String matrix_name ) {
 429         BasicSymmetricalDistanceMatrix m = null;
 430         switch ( pwd_distance_method ) {
 431             case KIMURA_DISTANCE:
 432                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcKimuraDistances( msa );
 433                 break;
 434             case POISSON_DISTANCE:
 435                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcPoissonDistances( msa );
 436                 break;
 437             case FRACTIONAL_DISSIMILARITY:
 438                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcFractionalDissimilarities( msa );
 439                 break;
 440             default:
 441                 throw new IllegalArgumentException( "invalid pwd method" );
 442         }
 443         if ( write_matrix ) {
 444             try {
 445                 m.write( ForesterUtil.createBufferedWriter( matrix_name ) );
 446             }
 447             catch ( final IOException e ) {
 448                 e.printStackTrace();
 449             }
 450         }
 451         final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance( false, 5 );
 452         final Phylogeny phy = nj.execute( m );
 453         return phy;
 454     }
 455
 456     private final boolean isPrintMsaStats( final int i ) {
 457         return ( ( ( _step == 1 ) && ( _step_for_diagnostics == 1 ) ) || ( ( _step_for_diagnostics > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step_for_diagnostics ) == 0 ) ) );
 458     }
 459
 460     private final boolean isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final int i ) {
 461         return ( ( ( _step == 1 ) && ( _step_for_diagnostics == 1 ) ) || ( ( _step > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step ) == 0 ) ) );
 462     }
 463
 464     private final StringBuilder msaPropertiesAsSB( final MsaProperties msa_properties ) {
 465         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 466         sb.append( msa_properties.getNumberOfSequences() );
 467         sb.append( "\t" );
 468         sb.append( msa_properties.getLength() );
 469         sb.append( "\t" );
 470         sb.append( NF_4.format( msa_properties.getGapRatio() ) );
 471         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 472             sb.append( "\t" );
 473             sb.append( NF_4.format( msa_properties.getAverageIdentityRatio() ) );
 474         }
 475         return sb;
 476     }
 477
 478     private String obtainSuffix() {
 479         if ( _output_format == MSA_FORMAT.FASTA ) {
 480             return ".fasta";
 481         }
 482         else if ( _output_format == MSA_FORMAT.PHYLIP ) {
 483             return ".aln";
 484         }
 485         return "";
 486     }
 487
 488     private final Phylogeny pi( final String matrix, final int boostrap ) {
 489         final Phylogeny master_phy = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, _msa, true, matrix );
 490         final int seed = 15;
 491         final int n = 100;
 492         final ResampleableMsa resampleable_msa = new ResampleableMsa( _msa );
 493         final int[][] resampled_column_positions = BootstrapResampler.createResampledColumnPositions( _msa.getLength(),
 494                                                                                                       n,
 495                                                                                                       seed );
 496         final Phylogeny[] eval_phys = new Phylogeny[ n ];
 497         for( int i = 0; i < n; ++i ) {
 498             resampleable_msa.resample( resampled_column_positions[ i ] );
 499             eval_phys[ i ] = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, resampleable_msa, false, null );
 500         }
 501         ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", eval_phys, master_phy, true, 1 );
 502         PhylogenyMethods.extractFastaInformation( master_phy );
 503         return master_phy;
 504     }
 505
 506     private final Phylogeny pi( final List<String> to_remove_ids ) {
 507         final Phylogeny phy = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, _msa, false, "" );
 508         for( int i = 0; i < to_remove_ids.size(); ++i ) {
 509             final String id = to_remove_ids.get( i );
 510             final PhylogenyNode n = phy.getNode( id );
 511             n.setName( n.getName() + " [" + ( i + 1 ) + "]" );
 512             final NodeVisualData vis = new NodeVisualData();
 513             vis.setFillType( NodeFill.SOLID );
 514             vis.setShape( NodeShape.RECTANGLE );
 515             vis.setSize( 6 );
 516             vis.setNodeColor( new Color( i > 255 ? 0 : 255 - i, 0, 0 ) );
 517             n.getNodeData().setNodeVisualData( vis );
 518         }
 519         PhylogenyMethods.midpointRoot( phy );
 520         PhylogenyMethods.orderAppearance( phy.getRoot(), true, true, DESCENDANT_SORT_PRIORITY.NODE_NAME );
 521         final boolean x = PhylogenyMethods.extractFastaInformation( phy );
 522         if ( !x ) {
 523             final PhylogenyNodeIterator it = phy.iteratorExternalForward();
 524             while ( it.hasNext() ) {
 525                 final PhylogenyNode n = it.next();
 526                 final String name = n.getName().trim();
 527                 if ( !ForesterUtil.isEmpty( name ) ) {
 528                     try {
 529                         ParserUtils.extractTaxonomyDataFromNodeName( n, TAXONOMY_EXTRACTION.AGGRESSIVE );
 530                     }
 531                     catch ( final PhyloXmlDataFormatException e ) {
 532                         // Ignore.
 533                     }
 534                 }
 535             }
 536         }
 537         final Configuration config = new Configuration();
 538         config.setDisplayAsPhylogram( true );
 539         config.setUseStyle( true );
 540         config.setDisplayTaxonomyCode( false );
 541         config.setDisplayTaxonomyCommonNames( false );
 542         config.setDisplayTaxonomyScientificNames( false );
 543         config.setDisplaySequenceNames( false );
 544         config.setDisplaySequenceSymbols( false );
 545         config.setDisplayGeneNames( false );
 546         config.setShowScale( true );
 547         config.setAddTaxonomyImagesCB( false );
 548         config.setBaseFontSize( 9 );
 549         config.setBaseFontFamilyName( "Arial" );
 550         Archaeopteryx.createApplication( phy, config, _infile_name );
 551         return phy;
 552     }
 553
 554     private final void printMsaProperties( final String id, final MsaProperties msa_properties ) {
 555         if ( ( _step == 1 ) || ( _step_for_diagnostics == 1 ) ) {
 556             System.out.print( ForesterUtil.pad( id, _longest_id_length, ' ', false ) );
 557             System.out.print( "\t" );
 558         }
 559         System.out.print( msaPropertiesAsSB( msa_properties ) );
 560         System.out.print( "\t" );
 561     }
 562
 563     final private MsaProperties printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final boolean realign, final String id )
 564             throws IOException, InterruptedException {
 565         if ( realign ) {
 566             realignWithMafft();
 567         }
 568         final MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 569         printMsaProperties( id, msa_prop );
 570         final String s = writeOutfile();
 571         System.out.print( "-> " + s + ( realign ? "\t(realigned)" : "" ) );
 572         return msa_prop;
 573     }
 574
 575     private final void printTableHeader() {
 576         if ( ( _step == 1 ) || ( _step_for_diagnostics == 1 ) ) {
 577             System.out.print( ForesterUtil.pad( "Id", _longest_id_length, ' ', false ) );
 578             System.out.print( "\t" );
 579         }
 580         System.out.print( "Seqs" );
 581         System.out.print( "\t" );
 582         System.out.print( "Length" );
 583         System.out.print( "\t" );
 584         System.out.print( "Gaps" );
 585         System.out.print( "\t" );
 586         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 587             System.out.print( "MSA qual" );
 588             System.out.print( "\t" );
 589         }
 590         System.out.println();
 591     }
 592
 593     final private void realignWithMafft() throws IOException, InterruptedException {
 594         final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 595         final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 596         for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 597             opts.add( o );
 598         }
 599         _msa = DeleteableMsa.createInstance( mafft.infer( _msa.asSequenceList(), opts ) );
 600     }
 601
 602     final private void removeGapColumns() {
 603         _msa.deleteGapOnlyColumns();
 604     }
 605
 606     private final String writeOutfile() throws IOException {
 607         final String s = writeMsa( _out_file_base );
 608         return s;
 609     }
 610
 611     // Returns null if not path found.
 612     final public static String guessPathToMafft() {
 613         String path;
 614         if ( ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase().indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 615             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 616             if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 617                 return path;
 618             }
 619         }
 620         path = "/home/czmasek/SOFTWARE/MSA/MAFFT/mafft-7.130-without-extensions/scripts/mafft";
 621         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 622             return path;
 623         }
 624         path = "/usr/local/bin/mafft";
 625         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 626             return path;
 627         }
 628         path = "/usr/bin/mafft";
 629         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 630             return path;
 631         }
 632         path = "/bin/mafft";
 633         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 634             return path;
 635         }
 636         path = "mafft";
 637         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 638             return path;
 639         }
 640         return null;
 641     }
 642
 643     final private static void writeMsa( final Msa msa, final String outfile, final MSA_FORMAT format )
 644             throws IOException {
 645         final Writer w = ForesterUtil.createBufferedWriter( outfile );
 646         msa.write( w, format );
 647         w.close();
 648     }
 649
 650     public void setPeformPhylogenticInference( final boolean phylogentic_inference ) {
 651         _phylogentic_inference = phylogentic_inference;
 652     }
 653
 654     public void setInfileName( final String infile_name ) {
 655         _infile_name = infile_name;
 656     }
 657 }