forester/java/src/org/forester/msa_compactor/MsaCompactor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2014 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2014 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  24
  25 package org.forester.msa_compactor;
  26
  27 import java.io.File;
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30 import java.math.RoundingMode;
  31 import java.text.DecimalFormat;
  32 import java.text.NumberFormat;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.Arrays;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.SortedSet;
  37 import java.util.TreeSet;
  38
  39 import org.forester.evoinference.distance.NeighborJoiningF;
  40 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator;
  41 import org.forester.evoinference.distance.PairwiseDistanceCalculator.PWD_DISTANCE_METHOD;
  42 import org.forester.evoinference.matrix.distance.BasicSymmetricalDistanceMatrix;
  43 import org.forester.evoinference.tools.BootstrapResampler;
  44 import org.forester.io.writers.SequenceWriter;
  45 import org.forester.io.writers.SequenceWriter.SEQ_FORMAT;
  46 import org.forester.msa.DeleteableMsa;
  47 import org.forester.msa.Mafft;
  48 import org.forester.msa.Msa;
  49 import org.forester.msa.Msa.MSA_FORMAT;
  50 import org.forester.msa.MsaInferrer;
  51 import org.forester.msa.MsaMethods;
  52 import org.forester.msa.ResampleableMsa;
  53 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  54 import org.forester.phylogeny.PhylogenyMethods;
  55 import org.forester.sequence.Sequence;
  56 import org.forester.tools.ConfidenceAssessor;
  57 import org.forester.util.ForesterUtil;
  58
  59 public class MsaCompactor {
  60
  61     final private static NumberFormat NF_3                      = new DecimalFormat( "#.###" );
  62     final private static NumberFormat NF_4                      = new DecimalFormat( "#.####" );
  63     private double                    _gap_ratio                = -1;
  64     private final short               _longest_id_length;
  65     //
  66     private String                    _maffts_opts              = "--auto";
  67     private int                       _min_length               = -1;
  68     //
  69     private DeleteableMsa             _msa                      = null;
  70     private boolean                   _norm                     = true;
  71     private File                      _out_file_base            = null;
  72     private MSA_FORMAT                _output_format            = MSA_FORMAT.FASTA;
  73     private String                    _path_to_mafft            = null;
  74     //
  75     private boolean                   _realign                  = false;
  76     private final SortedSet<String>   _removed_seq_ids;
  77     private final ArrayList<Sequence> _removed_seqs;
  78     private File                      _removed_seqs_out_base    = null;
  79     private boolean                   _report_aln_mean_identity = false;
  80     private int                       _step                     = -1;
  81     private int                       _step_for_diagnostics     = -1;
  82     static {
  83         NF_4.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  84         NF_3.setRoundingMode( RoundingMode.HALF_UP );
  85     }
  86
  87     public MsaCompactor( final DeleteableMsa msa ) {
  88         _msa = msa;
  89         _removed_seq_ids = new TreeSet<String>();
  90         _longest_id_length = _msa.determineMaxIdLength();
  91         _removed_seqs = new ArrayList<Sequence>();
  92     }
  93
  94     public final List<MsaProperties> chart( final int step, final boolean realign, final boolean norm )
  95             throws IOException, InterruptedException {
  96         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( norm );
  97         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
  98         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
  99         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 100             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 101         }
 102         printTableHeader();
 103         final int x = ForesterUtil.roundToInt( _msa.getNumberOfSequences() / 20.0 );
 104         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 105         msa_props.add( msa_prop );
 106         printMsaProperties( "", msa_prop );
 107         System.out.println();
 108         int i = 0;
 109         while ( _msa.getNumberOfSequences() > x ) {
 110             final String id = to_remove_ids.get( i );
 111             _msa.deleteRow( id, false );
 112             if ( realign && isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) ) {
 113                 removeGapColumns();
 114                 realignWithMafft();
 115                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 116                 msa_props.add( msa_prop );
 117                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 118                 System.out.print( "(realigned)" );
 119                 System.out.println();
 120             }
 121             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 122                 removeGapColumns();
 123                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 124                 msa_props.add( msa_prop );
 125                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 126                 System.out.println();
 127             }
 128             ++i;
 129         }
 130         return msa_props;
 131     }
 132
 133     final public Msa getMsa() {
 134         return _msa;
 135     }
 136
 137     final public SortedSet<String> getRemovedSeqIds() {
 138         return _removed_seq_ids;
 139     }
 140
 141     public final List<MsaProperties> removeViaGapAverage( final double mean_gapiness ) throws IOException,
 142             InterruptedException {
 143         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 144         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 145         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 146         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 147             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 148         }
 149         printTableHeader();
 150         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 151         msa_props.add( msa_prop );
 152         printMsaProperties( "", msa_prop );
 153         System.out.println();
 154         int i = 0;
 155         while ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) > mean_gapiness ) {
 156             final String id = to_remove_ids.get( i );
 157             _removed_seq_ids.add( id );
 158             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 159             _removed_seqs.add( deleted );
 160             removeGapColumns();
 161             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( MsaMethods.calcGapRatio( _msa ) <= mean_gapiness ) ) {
 162                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 163                 msa_props.add( msa_prop );
 164                 System.out.println();
 165             }
 166             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 167                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 168                 msa_props.add( msa_prop );
 169                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 170                 System.out.println();
 171             }
 172             ++i;
 173         }
 174         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 175             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 176             System.out.println();
 177             System.out.println( msg );
 178         }
 179         return msa_props;
 180     }
 181
 182     public List<MsaProperties> removeViaLength( final int length ) throws IOException, InterruptedException {
 183         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 184         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 185         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 186         for( final GapContribution gap_gontribution : stats ) {
 187             to_remove_ids.add( gap_gontribution.getId() );
 188         }
 189         printTableHeader();
 190         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 191         msa_props.add( msa_prop );
 192         printMsaProperties( "", msa_prop );
 193         System.out.println();
 194         int i = 0;
 195         while ( _msa.getLength() > length ) {
 196             final String id = to_remove_ids.get( i );
 197             _removed_seq_ids.add( id );
 198             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 199             _removed_seqs.add( deleted );
 200             removeGapColumns();
 201             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( _msa.getLength() <= length ) ) {
 202                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 203                 msa_props.add( msa_prop );
 204                 System.out.println();
 205             }
 206             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 207                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 208                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 209                 msa_props.add( msa_prop );
 210                 System.out.println();
 211             }
 212             ++i;
 213         }
 214         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 215             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 216             System.out.println();
 217             System.out.println( msg );
 218         }
 219         return msa_props;
 220     }
 221
 222     public final List<MsaProperties> removeWorstOffenders( final int to_remove ) throws IOException,
 223             InterruptedException {
 224         final GapContribution stats[] = calcGapContribtionsStats( _norm );
 225         final List<String> to_remove_ids = new ArrayList<String>();
 226         final List<MsaProperties> msa_props = new ArrayList<MsaProperties>();
 227         for( int j = 0; j < to_remove; ++j ) {
 228             to_remove_ids.add( stats[ j ].getId() );
 229             _removed_seq_ids.add( stats[ j ].getId() );
 230         }
 231         printTableHeader();
 232         MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 233         msa_props.add( msa_prop );
 234         printMsaProperties( "", msa_prop );
 235         System.out.println();
 236         for( int i = 0; i < to_remove_ids.size(); ++i ) {
 237             final String id = to_remove_ids.get( i );
 238             _removed_seq_ids.add( id );
 239             final Sequence deleted = _msa.deleteRow( id, true );
 240             _removed_seqs.add( deleted );
 241             removeGapColumns();
 242             if ( isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( i ) || ( i == ( to_remove_ids.size() - 1 ) ) ) {
 243                 msa_prop = printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( _realign, id );
 244                 msa_props.add( msa_prop );
 245                 System.out.println();
 246             }
 247             else if ( isPrintMsaStats( i ) ) {
 248                 msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 249                 msa_props.add( msa_prop );
 250                 printMsaProperties( id, msa_prop );
 251                 System.out.println();
 252             }
 253         }
 254         if ( _removed_seqs_out_base != null ) {
 255             final String msg = writeAndAlignRemovedSeqs();
 256             System.out.println();
 257             System.out.println( msg );
 258         }
 259         return msa_props;
 260     }
 261
 262     public final void setGapRatio( final double gap_ratio ) {
 263         _gap_ratio = gap_ratio;
 264     }
 265
 266     public final void setMafftOptions( final String maffts_opts ) {
 267         _maffts_opts = maffts_opts;
 268     }
 269
 270     public final void setMinLength( final int min_length ) {
 271         _min_length = min_length;
 272     }
 273
 274     public final void setNorm( final boolean norm ) {
 275         _norm = norm;
 276     }
 277
 278     final public void setOutFileBase( final File out_file_base ) {
 279         _out_file_base = out_file_base;
 280     }
 281
 282     public final void setOutputFormat( final MSA_FORMAT output_format ) {
 283         _output_format = output_format;
 284     }
 285
 286     public void setPathToMafft( final String path_to_mafft ) {
 287         _path_to_mafft = path_to_mafft;
 288     }
 289
 290     public final void setRealign( final boolean realign ) {
 291         _realign = realign;
 292     }
 293
 294     public final void setRemovedSeqsOutBase( final File removed_seqs_out_base ) {
 295         _removed_seqs_out_base = removed_seqs_out_base;
 296     }
 297
 298     public final void setReportAlnMeanIdentity( final boolean report_aln_mean_identity ) {
 299         _report_aln_mean_identity = report_aln_mean_identity;
 300     }
 301
 302     public final void setStep( final int step ) {
 303         _step = step;
 304     }
 305
 306     public final void setStepForDiagnostics( final int step_for_diagnostics ) {
 307         _step_for_diagnostics = step_for_diagnostics;
 308     }
 309
 310     final public String writeAndAlignRemovedSeqs() throws IOException, InterruptedException {
 311         final StringBuilder msg = new StringBuilder();
 312         final String n = _removed_seqs_out_base + "_" + _removed_seqs.size() + ".fasta";
 313         SequenceWriter.writeSeqs( _removed_seqs, new File( n ), SEQ_FORMAT.FASTA, 100 );
 314         msg.append( "wrote " + _removed_seqs.size() + " removed sequences to " + "\"" + n + "\"" );
 315         if ( _realign ) {
 316             final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 317             final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 318             for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 319                 opts.add( o );
 320             }
 321             final Msa removed_msa = mafft.infer( _removed_seqs, opts );
 322             final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( removed_msa );
 323             String s = _removed_seqs_out_base + "_" + removed_msa.getNumberOfSequences() + "_"
 324                     + removed_msa.getLength() + "_" + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 325             final String suffix = obtainSuffix();
 326             s += suffix;
 327             writeMsa( removed_msa, s, _output_format );
 328             msg.append( ", and as MSA of length " + removed_msa.getLength() + " to \"" + s + "\"" );
 329         }
 330         return msg.toString();
 331     }
 332
 333     final public String writeMsa( final File outfile ) throws IOException {
 334         final Double gr = MsaMethods.calcGapRatio( _msa );
 335         final String s = outfile + "_" + _msa.getNumberOfSequences() + "_" + _msa.getLength() + "_"
 336                 + ForesterUtil.roundToInt( gr * 100 );
 337         writeMsa( _msa, s + obtainSuffix(), _output_format );
 338         return s;
 339     }
 340
 341     final int calcNonGapResidues( final Sequence seq ) {
 342         int ng = 0;
 343         for( int i = 0; i < seq.getLength(); ++i ) {
 344             if ( !seq.isGapAt( i ) ) {
 345                 ++ng;
 346             }
 347         }
 348         return ng;
 349     }
 350
 351     private final GapContribution[] calcGapContribtions( final boolean normalize_for_effective_seq_length ) {
 352         final double gappiness[] = calcGappiness();
 353         final GapContribution stats[] = new GapContribution[ _msa.getNumberOfSequences() ];
 354         for( int row = 0; row < _msa.getNumberOfSequences(); ++row ) {
 355             stats[ row ] = new GapContribution( _msa.getIdentifier( row ) );
 356             for( int col = 0; col < _msa.getLength(); ++col ) {
 357                 if ( !_msa.isGapAt( row, col ) ) {
 358                     stats[ row ].addToValue( gappiness[ col ] );
 359                 }
 360             }
 361             if ( normalize_for_effective_seq_length ) {
 362                 stats[ row ].divideValue( calcNonGapResidues( _msa.getSequence( row ) ) );
 363             }
 364             else {
 365                 stats[ row ].divideValue( _msa.getLength() );
 366             }
 367         }
 368         return stats;
 369     }
 370
 371     final private GapContribution[] calcGapContribtionsStats( final boolean norm ) {
 372         final GapContribution stats[] = calcGapContribtions( norm );
 373         Arrays.sort( stats );
 374         return stats;
 375     }
 376
 377     private final double[] calcGappiness() {
 378         final int l = _msa.getLength();
 379         final double gappiness[] = new double[ l ];
 380         final int seqs = _msa.getNumberOfSequences();
 381         for( int i = 0; i < l; ++i ) {
 382             gappiness[ i ] = ( double ) MsaMethods.calcGapSumPerColumn( _msa, i ) / seqs;
 383         }
 384         return gappiness;
 385     }
 386
 387     private final Phylogeny inferNJphylogeny( final PWD_DISTANCE_METHOD pwd_distance_method,
 388                                               final Msa msa,
 389                                               final boolean write_matrix,
 390                                               final String matrix_name ) {
 391         BasicSymmetricalDistanceMatrix m = null;
 392         switch ( pwd_distance_method ) {
 393             case KIMURA_DISTANCE:
 394                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcKimuraDistances( msa );
 395                 break;
 396             case POISSON_DISTANCE:
 397                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcPoissonDistances( msa );
 398                 break;
 399             case FRACTIONAL_DISSIMILARITY:
 400                 m = PairwiseDistanceCalculator.calcFractionalDissimilarities( msa );
 401                 break;
 402             default:
 403                 throw new IllegalArgumentException( "invalid pwd method" );
 404         }
 405         if ( write_matrix ) {
 406             try {
 407                 m.write( ForesterUtil.createBufferedWriter( matrix_name ) );
 408             }
 409             catch ( final IOException e ) {
 410                 e.printStackTrace();
 411             }
 412         }
 413         final NeighborJoiningF nj = NeighborJoiningF.createInstance( false, 5 );
 414         final Phylogeny phy = nj.execute( m );
 415         return phy;
 416     }
 417
 418     private final boolean isPrintMsaStats( final int i ) {
 419         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step_for_diagnostics > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step_for_diagnostics ) == 0 ) ) );
 420     }
 421
 422     private final boolean isPrintMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final int i ) {
 423         return ( ( ( _step < 2 ) && ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) || ( ( _step > 0 ) && ( ( ( i + 1 ) % _step ) == 0 ) ) );
 424     }
 425
 426     private final StringBuilder msaPropertiesAsSB( final MsaProperties msa_properties ) {
 427         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 428         sb.append( msa_properties.getNumberOfSequences() );
 429         sb.append( "\t" );
 430         sb.append( msa_properties.getLength() );
 431         sb.append( "\t" );
 432         sb.append( NF_4.format( msa_properties.getGapRatio() ) );
 433         if ( _report_aln_mean_identity /*msa_properties.getAverageIdentityRatio() >= 0*/) {
 434             sb.append( "\t" );
 435             sb.append( NF_4.format( msa_properties.getAverageIdentityRatio() ) );
 436         }
 437         return sb;
 438     }
 439
 440     private String obtainSuffix() {
 441         if ( _output_format == MSA_FORMAT.FASTA ) {
 442             return ".fasta";
 443         }
 444         else if ( _output_format == MSA_FORMAT.PHYLIP ) {
 445             return ".aln";
 446         }
 447         return "";
 448     }
 449
 450     private final Phylogeny pi( final String matrix ) {
 451         final Phylogeny master_phy = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, _msa, true, matrix );
 452         final int seed = 15;
 453         final int n = 100;
 454         final ResampleableMsa resampleable_msa = new ResampleableMsa( _msa );
 455         final int[][] resampled_column_positions = BootstrapResampler.createResampledColumnPositions( _msa.getLength(),
 456                                                                                                       n,
 457                                                                                                       seed );
 458         final Phylogeny[] eval_phys = new Phylogeny[ n ];
 459         for( int i = 0; i < n; ++i ) {
 460             resampleable_msa.resample( resampled_column_positions[ i ] );
 461             eval_phys[ i ] = inferNJphylogeny( PWD_DISTANCE_METHOD.KIMURA_DISTANCE, resampleable_msa, false, null );
 462         }
 463         ConfidenceAssessor.evaluate( "bootstrap", eval_phys, master_phy, true, 1 );
 464         PhylogenyMethods.extractFastaInformation( master_phy );
 465         return master_phy;
 466     }
 467
 468     private final void printMsaProperties( final String id, final MsaProperties msa_properties ) {
 469         if ( ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) {
 470             System.out.print( ForesterUtil.pad( id, _longest_id_length, ' ', false ) );
 471             System.out.print( "\t" );
 472         }
 473         System.out.print( msaPropertiesAsSB( msa_properties ) );
 474         System.out.print( "\t" );
 475     }
 476
 477     final private MsaProperties printMsaStatsWriteOutfileAndRealign( final boolean realign, final String id )
 478             throws IOException, InterruptedException {
 479         if ( realign ) {
 480             realignWithMafft();
 481         }
 482         final MsaProperties msa_prop = new MsaProperties( _msa, _report_aln_mean_identity );
 483         printMsaProperties( id, msa_prop );
 484         final String s = writeOutfile();
 485         System.out.print( "-> " + s + ( realign ? "\t(realigned)" : "" ) );
 486         return msa_prop;
 487     }
 488
 489     private final void printTableHeader() {
 490         if ( ( _step < 2 ) || ( _step_for_diagnostics < 2 ) ) {
 491             System.out.print( ForesterUtil.pad( "Id", _longest_id_length, ' ', false ) );
 492             System.out.print( "\t" );
 493         }
 494         System.out.print( "Seqs" );
 495         System.out.print( "\t" );
 496         System.out.print( "Length" );
 497         System.out.print( "\t" );
 498         System.out.print( "Gaps" );
 499         System.out.print( "\t" );
 500         if ( _report_aln_mean_identity ) {
 501             System.out.print( "MSA qual" );
 502             System.out.print( "\t" );
 503         }
 504         System.out.println();
 505     }
 506
 507     final private void realignWithMafft() throws IOException, InterruptedException {
 508         final MsaInferrer mafft = Mafft.createInstance( _path_to_mafft );
 509         final List<String> opts = new ArrayList<String>();
 510         for( final String o : _maffts_opts.split( "\\s" ) ) {
 511             opts.add( o );
 512         }
 513         _msa = DeleteableMsa.createInstance( mafft.infer( _msa.asSequenceList(), opts ) );
 514     }
 515
 516     final private void removeGapColumns() {
 517         _msa.deleteGapOnlyColumns();
 518     }
 519
 520     private final String writeOutfile() throws IOException {
 521         final String s = writeMsa( _out_file_base );
 522         return s;
 523     }
 524
 525     // Returns null if not path found.
 526     final public static String guessPathToMafft() {
 527         String path;
 528         if ( ForesterUtil.OS_NAME.toLowerCase().indexOf( "win" ) >= 0 ) {
 529             path = "C:\\Program Files\\mafft-win\\mafft.bat";
 530             if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 531                 return path;
 532             }
 533         }
 534         path = "/home/czmasek/SOFTWARE/MSA/MAFFT/mafft-7.130-without-extensions/scripts/mafft";
 535         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 536             return path;
 537         }
 538         path = "/usr/local/bin/mafft";
 539         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 540             return path;
 541         }
 542         path = "/usr/bin/mafft";
 543         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 544             return path;
 545         }
 546         path = "/bin/mafft";
 547         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 548             return path;
 549         }
 550         path = "mafft";
 551         if ( MsaInferrer.isInstalled( path ) ) {
 552             return path;
 553         }
 554         return null;
 555     }
 556
 557     final private static void writeMsa( final Msa msa, final String outfile, final MSA_FORMAT format )
 558             throws IOException {
 559         final Writer w = ForesterUtil.createBufferedWriter( outfile );
 560         msa.write( w, format );
 561         w.close();
 562     }
 563 }