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[jalview.git] / forester / java / src / org / forester / pccx / ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions.java
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2 // cmzmasek Exp $
3 // FORESTER -- software libraries and applications
4 // for evolutionary biology research and applications.
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6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
8 // All rights reserved
9 // 
10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
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14 //
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16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
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19 // 
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21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
23 //
24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
26
27 package org.forester.pccx;
28
29 public class ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions implements CoverageCalculationOptions {
30
31     final private String _scoring_method;
32
33     /**
34      * This constructor sets the class name for the scoring method e.g.
35      * "org.forester.tools.modeling.BranchCountingBasedScoringMethod"
36      * 
37      * @param scoring_method
38      *            class name for the scoring method
39      */
40     public ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions( final String scoring_method ) {
41         _scoring_method = scoring_method;
42     }
43
44     public String asString() {
45         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
46         sb.append( "scoring method: " );
47         BranchCountingBasedScoringMethod scoring_method;
48         try {
49             scoring_method = ( BranchCountingBasedScoringMethod ) ( Class.forName( getScoringMethod() ) ).newInstance();
50         }
51         catch ( final Exception e ) {
52             sb.append( "?" );
53             return sb.toString();
54         }
55         sb.append( scoring_method.getDesciption() );
56         return sb.toString();
57     }
58
59     public String getScoringMethod() {
60         return _scoring_method;
61     }
62 }