forester/java/src/org/forester/pccx/ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions.java

   1 // $Id:
   2 // cmzmasek Exp $
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.pccx;
  28
  29 public class ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions implements CoverageCalculationOptions {
  30
  31     final private String _scoring_method;
  32
  33     /**
  34      * This constructor sets the class name for the scoring method e.g.
  35      * "org.forester.tools.modeling.BranchCountingBasedScoringMethod"
  36      *
  37      * @param scoring_method
  38      *            class name for the scoring method
  39      */
  40     public ExternalNodeBasedCoverageMethodOptions( final String scoring_method ) {
  41         _scoring_method = scoring_method;
  42     }
  43
  44     @Override
  45     public String asString() {
  46         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  47         sb.append( "scoring method: " );
  48         BranchCountingBasedScoringMethod scoring_method;
  49         try {
  50             scoring_method = ( BranchCountingBasedScoringMethod ) ( Class.forName( getScoringMethod() ) ).newInstance();
  51         }
  52         catch ( final Exception e ) {
  53             sb.append( "?" );
  54             return sb.toString();
  55         }
  56         sb.append( scoring_method.getDesciption() );
  57         return sb.toString();
  58     }
  59
  60     public String getScoringMethod() {
  61         return _scoring_method;
  62     }
  63 }