forester/java/src/org/forester/phylogeny/Phylogeny.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  27
  28 package org.forester.phylogeny;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Arrays;
  33 import java.util.Collection;
  34 import java.util.HashMap;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Map;
  38 import java.util.NoSuchElementException;
  39 import java.util.Vector;
  40
  41 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  42 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode.NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE;
  43 import org.forester.phylogeny.data.BranchData;
  44 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  45 import org.forester.phylogeny.data.Identifier;
  46 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  47 import org.forester.phylogeny.data.Sequence;
  48 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation;
  49 import org.forester.phylogeny.data.SequenceRelation.SEQUENCE_RELATION_TYPE;
  50 import org.forester.phylogeny.iterators.ExternalForwardIterator;
  51 import org.forester.phylogeny.iterators.LevelOrderTreeIterator;
  52 import org.forester.phylogeny.iterators.PhylogenyNodeIterator;
  53 import org.forester.phylogeny.iterators.PostorderTreeIterator;
  54 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
  55 import org.forester.util.FailedConditionCheckException;
  56 import org.forester.util.ForesterUtil;
  57
  58 public class Phylogeny {
  59
  60     public final static boolean                                 ALLOW_MULTIPLE_PARENTS_DEFAULT = false;
  61     private PhylogenyNode                                       _root;
  62     private boolean                                             _rooted;
  63     private boolean                                             _allow_multiple_parents;
  64     private String                                              _name;
  65     private String                                              _type;
  66     private String                                              _description;
  67     private String                                              _distance_unit;
  68     private Confidence                                          _confidence;
  69     private Identifier                                          _identifier;
  70     private boolean                                             _rerootable;
  71     private HashMap<Long, PhylogenyNode>                        _id_to_node_map;
  72     private List<PhylogenyNode>                                 _external_nodes_set;
  73     private Collection<Sequence>                                _sequenceRelationQueries;
  74     private Collection<SequenceRelation.SEQUENCE_RELATION_TYPE> _relevant_sequence_relation_types;
  75
  76     /**
  77      * Default Phylogeny constructor. Constructs an empty Phylogeny.
  78      */
  79     public Phylogeny() {
  80         init();
  81     }
  82
  83     /**
  84      * Adds this Phylogeny to the list of child nodes of PhylogenyNode parent
  85      * and sets the parent of this to parent.
  86      *
  87      * @param n
  88      *            the PhylogenyNode to add
  89      */
  90     public void addAsChild( final PhylogenyNode parent ) {
  91         if ( isEmpty() ) {
  92             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to add an empty tree." );
  93         }
  94         if ( !isRooted() ) {
  95             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to add an unrooted tree." );
  96         }
  97         parent.addAsChild( getRoot() );
  98         externalNodesHaveChanged();
  99     }
 100
 101     public void addAsSibling( final PhylogenyNode sibling ) {
 102         if ( isEmpty() ) {
 103             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to add an empty tree." );
 104         }
 105         if ( !isRooted() ) {
 106             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to add an unrooted tree." );
 107         }
 108         final int sibling_index = sibling.getChildNodeIndex();
 109         final PhylogenyNode new_node = new PhylogenyNode();
 110         final PhylogenyNode sibling_parent = sibling.getParent();
 111         new_node.setChild1( sibling );
 112         new_node.setChild2( getRoot() );
 113         new_node.setParent( sibling_parent );
 114         sibling.setParent( new_node );
 115         sibling_parent.setChildNode( sibling_index, new_node );
 116         final double new_dist = sibling.getDistanceToParent() == PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ? PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT
 117                 : sibling.getDistanceToParent() / 2;
 118         new_node.setDistanceToParent( new_dist );
 119         sibling.setDistanceToParent( new_dist );
 120         externalNodesHaveChanged();
 121     }
 122
 123     /**
 124      * This calculates the height of the subtree emanating at n for rooted,
 125      * tree-shaped phylogenies
 126      *
 127      * @param n
 128      *            the root-node of a subtree
 129      * @return the height of the subtree emanating at n
 130      */
 131     public double calculateSubtreeHeight( final PhylogenyNode n ) {
 132         if ( n.isExternal() || n.isCollapse() ) {
 133             return ForesterUtil.isLargerOrEqualToZero( n.getDistanceToParent() );
 134         }
 135         else {
 136             double max = -Double.MAX_VALUE;
 137             for( int i = 0; i < n.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
 138                 final double l = calculateSubtreeHeight( n.getChildNode( i ) );
 139                 if ( l > max ) {
 140                     max = l;
 141                 }
 142             }
 143             return max + ForesterUtil.isLargerOrEqualToZero( n.getDistanceToParent() );
 144         }
 145     }
 146
 147     public void clearHashIdToNodeMap() {
 148         setIdToNodeMap( null );
 149     }
 150
 151     /**
 152      * Returns a deep copy of this Phylogeny.
 153      * <p>
 154      * (The resulting Phylogeny has its references in the external nodes
 155      * corrected, if they are lacking/obsolete in this.)
 156      */
 157     public Phylogeny copy() {
 158         return copy( _root );
 159     }
 160
 161     /**
 162      * Returns a deep copy of this Phylogeny.
 163      * <p>
 164      * (The resulting Phylogeny has its references in the external nodes
 165      * corrected, if they are lacking/obsolete in this.)
 166      */
 167     public Phylogeny copy( final PhylogenyNode source ) {
 168         final Phylogeny tree = new Phylogeny();
 169         if ( isEmpty() ) {
 170             tree.init();
 171             return tree;
 172         }
 173         tree._rooted = _rooted;
 174         tree._name = new String( _name );
 175         tree._description = new String( _description );
 176         tree._type = new String( _type );
 177         tree._rerootable = _rerootable;
 178         tree._distance_unit = new String( _distance_unit );
 179         if ( _confidence != null ) {
 180             tree._confidence = ( Confidence ) _confidence.copy();
 181         }
 182         if ( _identifier != null ) {
 183             tree._identifier = ( Identifier ) _identifier.copy();
 184         }
 185         tree.setAllowMultipleParents( isAllowMultipleParents() );
 186         tree._root = PhylogenyMethods.copySubTree( source );
 187         return tree;
 188     }
 189
 190     /**
 191      * Returns a shallow copy of this Phylogeny.
 192      * <p>
 193      * (The resulting Phylogeny has its references in the external nodes
 194      * corrected, if they are lacking/obsolete in this.)
 195      */
 196     public Phylogeny copyShallow() {
 197         return copyShallow( _root );
 198     }
 199
 200     public Phylogeny copyShallow( final PhylogenyNode source ) {
 201         final Phylogeny tree = new Phylogeny();
 202         if ( isEmpty() ) {
 203             tree.init();
 204             return tree;
 205         }
 206         tree._rooted = _rooted;
 207         tree._name = _name;
 208         tree._description = _description;
 209         tree._type = _type;
 210         tree._rerootable = _rerootable;
 211         tree._distance_unit = _distance_unit;
 212         tree._confidence = _confidence;
 213         tree._identifier = _identifier;
 214         tree.setAllowMultipleParents( isAllowMultipleParents() );
 215         tree._root = PhylogenyMethods.copySubTreeShallow( source );
 216         return tree;
 217     }
 218
 219     /**
 220      * Need to call clearHashIdToNodeMap() afterwards (not done automatically
 221      * to allow client multiple deletions in linear time).
 222      * Need to call 'recalculateNumberOfExternalDescendants(boolean)' after this
 223      * if tree is to be displayed.
 224      *
 225      * @param remove_us the parent node of the subtree to be deleted
 226      */
 227     public void deleteSubtree( final PhylogenyNode remove_us, final boolean collapse_resulting_node_with_one_desc ) {
 228         if ( isEmpty() || ( remove_us.isRoot() && ( getNumberOfExternalNodes() != 1 ) ) ) {
 229             return;
 230         }
 231         if ( remove_us.isRoot() && ( getNumberOfExternalNodes() == 1 ) ) {
 232             init();
 233         }
 234         else if ( !collapse_resulting_node_with_one_desc ) {
 235             remove_us.getParent().removeChildNode( remove_us );
 236         }
 237         else {
 238             final PhylogenyNode removed_node = remove_us;
 239             final PhylogenyNode p = remove_us.getParent();
 240             if ( p.isRoot() ) {
 241                 if ( p.getNumberOfDescendants() == 2 ) {
 242                     if ( removed_node.isFirstChildNode() ) {
 243                         setRoot( getRoot().getChildNode( 1 ) );
 244                         getRoot().setParent( null );
 245                     }
 246                     else {
 247                         setRoot( getRoot().getChildNode( 0 ) );
 248                         getRoot().setParent( null );
 249                     }
 250                 }
 251                 else {
 252                     p.removeChildNode( removed_node.getChildNodeIndex() );
 253                 }
 254             }
 255             else {
 256                 final PhylogenyNode pp = removed_node.getParent().getParent();
 257                 if ( p.getNumberOfDescendants() == 2 ) {
 258                     final int pi = p.getChildNodeIndex();
 259                     if ( removed_node.isFirstChildNode() ) {
 260                         p.getChildNode( 1 ).setDistanceToParent( PhylogenyMethods.addPhylogenyDistances( p
 261                                 .getDistanceToParent(), p.getChildNode( 1 ).getDistanceToParent() ) );
 262                         pp.setChildNode( pi, p.getChildNode( 1 ) );
 263                     }
 264                     else {
 265                         p.getChildNode( 0 ).setDistanceToParent( PhylogenyMethods.addPhylogenyDistances( p
 266                                 .getDistanceToParent(), p.getChildNode( 0 ).getDistanceToParent() ) );
 267                         pp.setChildNode( pi, p.getChildNode( 0 ) );
 268                     }
 269                 }
 270                 else {
 271                     p.removeChildNode( removed_node.getChildNodeIndex() );
 272                 }
 273             }
 274         }
 275         remove_us.removeConnections();
 276         externalNodesHaveChanged();
 277     }
 278
 279     public void externalNodesHaveChanged() {
 280         _external_nodes_set = null;
 281     }
 282
 283     public String[] getAllExternalNodeNames() {
 284         int i = 0;
 285         if ( isEmpty() ) {
 286             return null;
 287         }
 288         final String[] names = new String[ getNumberOfExternalNodes() ];
 289         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
 290             names[ i++ ] = new String( iter.next().getName() );
 291         }
 292         return names;
 293     }
 294
 295     public Confidence getConfidence() {
 296         return _confidence;
 297     }
 298
 299     public String getDescription() {
 300         return _description;
 301     }
 302
 303     public String getDistanceUnit() {
 304         return _distance_unit;
 305     }
 306
 307     /**
 308      *
 309      * Warning. The order of the returned nodes is random
 310      * -- and hence cannot be relied on.
 311      *
 312      * @return Unordered set of PhylogenyNode
 313      */
 314     public List<PhylogenyNode> getExternalNodes() {
 315         if ( _external_nodes_set == null ) {
 316             _external_nodes_set = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 317             for( final PhylogenyNodeIterator it = iteratorPostorder(); it.hasNext(); ) {
 318                 final PhylogenyNode n = it.next();
 319                 if ( n.isExternal() ) {
 320                     _external_nodes_set.add( n );
 321                 }
 322             }
 323         }
 324         return _external_nodes_set;
 325     }
 326
 327     /**
 328      * Returns the number of duplications of this Phylogeny (int). A return
 329      * value of -1 indicates that the number of duplications is unknown.
 330      */
 331     // public int getNumberOfDuplications() {
 332     // return _number_of_duplications;
 333     // } // getNumberOfDuplications()
 334     /**
 335      * Sets the number of duplications of this Phylogeny (int). A value of -1
 336      * indicates that the number of duplications is unknown.
 337      *
 338      * @param clean_nh
 339      *            set to true for clean NH format
 340      */
 341     // public void setNumberOfDuplications( int i ) {
 342     // if ( i < 0 ) {
 343     // _number_of_duplications = -1;
 344     // }
 345     // else {
 346     // _number_of_duplications = i;
 347     // }
 348     // } // setNumberOfDuplications( int )
 349     /**
 350      * Returns the first external PhylogenyNode.
 351      */
 352     public PhylogenyNode getFirstExternalNode() {
 353         if ( isEmpty() ) {
 354             throw new FailedConditionCheckException( "attempt to obtain first external node of empty phylogeney" );
 355         }
 356         PhylogenyNode node = getRoot();
 357         while ( node.isInternal() ) {
 358             node = node.getFirstChildNode();
 359         }
 360         return node;
 361     }
 362
 363     /**
 364      * This calculates the height for rooted, tree-shaped phylogenies. The
 365      * height is the longest distance from the root to an external node. Please
 366      * note. Child nodes of collapsed nodes are ignored -- which is useful for
 367      * display purposes but might be misleading for other applications.
 368      *
 369      * @return the height for rooted, tree-shaped phylogenies
 370      */
 371     public double getHeight() {
 372         if ( isEmpty() ) {
 373             return 0.0;
 374         }
 375         return calculateSubtreeHeight( getRoot() );
 376     }
 377
 378     public Identifier getIdentifier() {
 379         return _identifier;
 380     }
 381
 382     /**
 383      * Returns the name of this Phylogeny.
 384      */
 385     public String getName() {
 386         return _name;
 387     }
 388
 389     /**
 390      * Finds the PhylogenyNode of this Phylogeny which has a matching ID number.
 391      * @return PhylogenyNode with matching ID, null if not found
 392      */
 393     public PhylogenyNode getNode( final long id ) throws NoSuchElementException {
 394         if ( isEmpty() ) {
 395             throw new NoSuchElementException( "attempt to get node in an empty phylogeny" );
 396         }
 397         if ( ( getIdToNodeMap() == null ) || getIdToNodeMap().isEmpty() ) {
 398             reHashIdToNodeMap();
 399         }
 400         return getIdToNodeMap().get( id );
 401     }
 402
 403     /**
 404      * Returns a PhylogenyNode of this Phylogeny which has a matching name.
 405      * Throws an Exception if seqname is not present in this or not unique.
 406      *
 407      * @param name
 408      *            name (String) of PhylogenyNode to find
 409      * @return PhylogenyNode with matchin name
 410      */
 411     public PhylogenyNode getNode( final String name ) {
 412         if ( isEmpty() ) {
 413             return null;
 414         }
 415         final List<PhylogenyNode> nodes = getNodes( name );
 416         if ( ( nodes == null ) || ( nodes.size() < 1 ) ) {
 417             throw new IllegalArgumentException( "node named \"" + name + "\" not found" );
 418         }
 419         if ( nodes.size() > 1 ) {
 420             throw new IllegalArgumentException( "node named \"" + name + "\" not unique" );
 421         }
 422         return nodes.get( 0 );
 423     }
 424
 425     /**
 426      * This is time-inefficient since it runs a iterator each time it is called.
 427      *
 428      */
 429     public int getNodeCount() {
 430         if ( isEmpty() ) {
 431             return 0;
 432         }
 433         int c = 0;
 434         for( final PhylogenyNodeIterator it = iteratorPreorder(); it.hasNext(); it.next() ) {
 435             ++c;
 436         }
 437         return c;
 438     }
 439
 440     /**
 441      * Returns a List with references to all Nodes of this Phylogeny which have
 442      * a matching name.
 443      *
 444      * @param name
 445      *            name (String) of Nodes to find
 446      * @return Vector of references to Nodes of this Phylogeny with matching
 447      *         names
 448      * @see #getNodesWithMatchingSpecies(String)
 449      */
 450     public List<PhylogenyNode> getNodes( final String name ) {
 451         if ( isEmpty() ) {
 452             return null;
 453         }
 454         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 455         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 456             final PhylogenyNode n = iter.next();
 457             if ( n.getName().equals( name ) ) {
 458                 nodes.add( n );
 459             }
 460         }
 461         return nodes;
 462     }
 463
 464     public List<PhylogenyNode> getNodesViaSequenceName( final String seq_name ) {
 465         if ( isEmpty() ) {
 466             return null;
 467         }
 468         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 469         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 470             final PhylogenyNode n = iter.next();
 471             if ( n.getNodeData().isHasSequence() && n.getNodeData().getSequence().getName().equals( seq_name ) ) {
 472                 nodes.add( n );
 473             }
 474         }
 475         return nodes;
 476     }
 477
 478     public List<PhylogenyNode> getNodesViaSequenceSymbol( final String seq_name ) {
 479         if ( isEmpty() ) {
 480             return null;
 481         }
 482         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 483         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 484             final PhylogenyNode n = iter.next();
 485             if ( n.getNodeData().isHasSequence() && n.getNodeData().getSequence().getSymbol().equals( seq_name ) ) {
 486                 nodes.add( n );
 487             }
 488         }
 489         return nodes;
 490     }
 491
 492     public List<PhylogenyNode> getNodesViaGeneName( final String seq_name ) {
 493         if ( isEmpty() ) {
 494             return null;
 495         }
 496         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 497         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 498             final PhylogenyNode n = iter.next();
 499             if ( n.getNodeData().isHasSequence() && n.getNodeData().getSequence().getGeneName().equals( seq_name ) ) {
 500                 nodes.add( n );
 501             }
 502         }
 503         return nodes;
 504     }
 505
 506     public List<PhylogenyNode> getNodesViaTaxonomyCode( final String taxonomy_code ) {
 507         if ( isEmpty() ) {
 508             return null;
 509         }
 510         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 511         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 512             final PhylogenyNode n = iter.next();
 513             if ( n.getNodeData().isHasTaxonomy()
 514                     && n.getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode().equals( taxonomy_code ) ) {
 515                 nodes.add( n );
 516             }
 517         }
 518         return nodes;
 519     }
 520
 521     /**
 522      * Returns a Vector with references to all Nodes of this Phylogeny which
 523      * have a matching species name.
 524      *
 525      * @param specname
 526      *            species name (String) of Nodes to find
 527      * @return Vector of references to Nodes of this Phylogeny with matching
 528      *         species names.
 529      * @see #getNodes(String)
 530      */
 531     public List<PhylogenyNode> getNodesWithMatchingSpecies( final String specname ) {
 532         if ( isEmpty() ) {
 533             return null;
 534         }
 535         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 536         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 537             final PhylogenyNode n = iter.next();
 538             if ( PhylogenyMethods.getSpecies( n ).equals( specname ) ) {
 539                 nodes.add( n );
 540             }
 541         }
 542         return nodes;
 543     }
 544
 545     public PhylogenyNode getNodeViaSequenceName( final String seq_name ) {
 546         if ( isEmpty() ) {
 547             return null;
 548         }
 549         final List<PhylogenyNode> nodes = getNodesViaSequenceName( seq_name );
 550         if ( ( nodes == null ) || ( nodes.size() < 1 ) ) {
 551             throw new IllegalArgumentException( "node with sequence named [" + seq_name + "] not found" );
 552         }
 553         if ( nodes.size() > 1 ) {
 554             throw new IllegalArgumentException( "node with sequence named [" + seq_name + "] not unique" );
 555         }
 556         return nodes.get( 0 );
 557     }
 558
 559     public PhylogenyNode getNodeViaTaxonomyCode( final String taxonomy_code ) {
 560         if ( isEmpty() ) {
 561             return null;
 562         }
 563         final List<PhylogenyNode> nodes = getNodesViaTaxonomyCode( taxonomy_code );
 564         if ( ( nodes == null ) || ( nodes.size() < 1 ) ) {
 565             throw new IllegalArgumentException( "node with taxonomy code \"" + taxonomy_code + "\" not found" );
 566         }
 567         if ( nodes.size() > 1 ) {
 568             throw new IllegalArgumentException( "node with taxonomy code \"" + taxonomy_code + "\" not unique" );
 569         }
 570         return nodes.get( 0 );
 571     }
 572
 573     public int getNumberOfBranches() {
 574         if ( isEmpty() ) {
 575             return 0;
 576         }
 577         int c = 0;
 578         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); iter.next() ) {
 579             ++c;
 580         }
 581         if ( !isRooted() ) {
 582             --c;
 583         }
 584         return c;
 585     }
 586
 587     public int getNumberOfInternalNodes() {
 588         if ( isEmpty() ) {
 589             return 0;
 590         }
 591         int c = 0;
 592         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 593             if ( iter.next().isInternal() ) {
 594                 ++c;
 595             }
 596         }
 597         if ( !isRooted() ) {
 598             --c;
 599         }
 600         return c;
 601     }
 602
 603     /**
 604      * Returns the sum of external Nodes of this Phylogeny (int).
 605      */
 606     public int getNumberOfExternalNodes() {
 607         if ( isEmpty() ) {
 608             return 0;
 609         }
 610         return getExternalNodes().size();
 611     }
 612
 613     /**
 614      * Returns all paralogs of the external PhylogenyNode n of this Phylogeny.
 615      * paralog are returned as List of node references.
 616      * <p>
 617      * PRECONDITION: This tree must be binary and rooted, and speciation -
 618      * duplication need to be assigned for each of its internal Nodes.
 619      * <p>
 620      * Returns null if this Phylogeny is empty or if n is internal.
 621      * <p>
 622      * (Last modified: 11/22/00) Olivier CHABROL :
 623      * olivier.chabrol@univ-provence.fr
 624      *
 625      * @param n
 626      *            external PhylogenyNode whose orthologs are to be returned
 627      * @return Vector of references to all orthologous Nodes of PhylogenyNode n
 628      *         of this Phylogeny, null if this Phylogeny is empty or if n is
 629      *         internal
 630      */
 631     public List<PhylogenyNode> getParalogousNodes( final PhylogenyNode n, final String[] taxonomyCodeRange ) {
 632         PhylogenyNode node = n;
 633         PhylogenyNode prev = null;
 634         final List<PhylogenyNode> v = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 635         final Map<PhylogenyNode, List<String>> map = new HashMap<PhylogenyNode, List<String>>();
 636         getTaxonomyMap( getRoot(), map );
 637         if ( !node.isExternal() || isEmpty() ) {
 638             return null;
 639         }
 640         final String searchNodeSpeciesId = PhylogenyMethods.getTaxonomyIdentifier( n );
 641         if ( !node.isExternal() || isEmpty() ) {
 642             return null;
 643         }
 644         List<String> taxIdList = null;
 645         final List<String> taxonomyCodeRangeList = Arrays.asList( taxonomyCodeRange );
 646         while ( !node.isRoot() ) {
 647             prev = node;
 648             node = node.getParent();
 649             taxIdList = map.get( node );
 650             if ( node.isDuplication() && isContains( taxIdList, taxonomyCodeRangeList ) ) {
 651                 if ( node.getChildNode1() == prev ) {
 652                     v.addAll( getNodeByTaxonomyID( searchNodeSpeciesId, node.getChildNode2()
 653                             .getAllExternalDescendants() ) );
 654                 }
 655                 else {
 656                     v.addAll( getNodeByTaxonomyID( searchNodeSpeciesId, node.getChildNode1()
 657                             .getAllExternalDescendants() ) );
 658                 }
 659             }
 660         }
 661         return v;
 662     }
 663
 664     public Collection<SequenceRelation.SEQUENCE_RELATION_TYPE> getRelevantSequenceRelationTypes() {
 665         if ( _relevant_sequence_relation_types == null ) {
 666             _relevant_sequence_relation_types = new Vector<SEQUENCE_RELATION_TYPE>();
 667         }
 668         return _relevant_sequence_relation_types;
 669     }
 670
 671     /**
 672      * Returns the root PhylogenyNode of this Phylogeny.
 673      */
 674     public PhylogenyNode getRoot() {
 675         return _root;
 676     }
 677
 678     public Collection<Sequence> getSequenceRelationQueries() {
 679         return _sequenceRelationQueries;
 680     }
 681
 682     public String getType() {
 683         return _type;
 684     }
 685
 686     /**
 687      * Deletes this Phylogeny.
 688      */
 689     public void init() {
 690         _root = null;
 691         _rooted = false;
 692         _name = "";
 693         _description = "";
 694         _type = "";
 695         _distance_unit = "";
 696         _id_to_node_map = null;
 697         _confidence = null;
 698         _identifier = null;
 699         _rerootable = true;
 700         setAllowMultipleParents( Phylogeny.ALLOW_MULTIPLE_PARENTS_DEFAULT );
 701     }
 702
 703     /**
 704      * Returns whether this is a completely binary tree (i.e. all internal nodes
 705      * are bifurcations).
 706      *
 707      */
 708     public boolean isCompletelyBinary() {
 709         if ( isEmpty() ) {
 710             return false;
 711         }
 712         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
 713             final PhylogenyNode node = iter.next();
 714             if ( node.isInternal() && ( node.getNumberOfDescendants() != 2 ) ) {
 715                 return false;
 716             }
 717         }
 718         return true;
 719     }
 720
 721     /**
 722      * Checks whether a Phylogeny object is deleted (or empty).
 723      *
 724      * @return true if the tree is deleted (or empty), false otherwise
 725      */
 726     public boolean isEmpty() {
 727         return ( getRoot() == null );
 728     }
 729
 730     public boolean isRerootable() {
 731         return _rerootable;
 732     }
 733
 734     /**
 735      * Returns true is this Phylogeny is rooted.
 736      */
 737     public boolean isRooted() {
 738         return _rooted;
 739     } // isRooted()
 740
 741     public boolean isTree() {
 742         return true;
 743     }
 744
 745     public PhylogenyNodeIterator iteratorExternalForward() {
 746         return new ExternalForwardIterator( this );
 747     }
 748
 749     public PhylogenyNodeIterator iteratorLevelOrder() {
 750         return new LevelOrderTreeIterator( this );
 751     }
 752
 753     public PhylogenyNodeIterator iteratorPostorder() {
 754         return new PostorderTreeIterator( this );
 755     }
 756
 757     public PhylogenyNodeIterator iteratorPreorder() {
 758         return new PreorderTreeIterator( this );
 759     }
 760
 761     /**
 762      * Resets the ID numbers of the nodes of this Phylogeny in level order,
 763      * starting with start_label (for the root). <br>
 764      * WARNING. After this method has been called, node IDs are no longer
 765      * unique.
 766      */
 767     public void levelOrderReID() {
 768         if ( isEmpty() ) {
 769             return;
 770         }
 771         _id_to_node_map = null;
 772         long max = 0;
 773         for( final PhylogenyNodeIterator it = iteratorPreorder(); it.hasNext(); ) {
 774             final PhylogenyNode node = it.next();
 775             if ( node.isRoot() ) {
 776                 node.setId( PhylogenyNode.getNodeCount() );
 777             }
 778             else {
 779                 node.setId( node.getParent().getId() + 1 );
 780                 if ( node.getId() > max ) {
 781                     max = node.getId();
 782                 }
 783             }
 784         }
 785         PhylogenyNode.setNodeCount( max + 1 );
 786     }
 787
 788     /**
 789      * Prints descriptions of all external Nodes of this Phylogeny to
 790      * System.out.
 791      */
 792     public void printExtNodes() {
 793         if ( isEmpty() ) {
 794             return;
 795         }
 796         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorExternalForward(); iter.hasNext(); ) {
 797             System.out.println( iter.next() + "\n" );
 798         }
 799     }
 800
 801     /**
 802      * (Re)counts the number of children for each PhylogenyNode of this
 803      * Phylogeny. As an example, this method needs to be called after a
 804      * Phylogeny has been reRooted and it is to be displayed.
 805      *
 806      * @param consider_collapsed_nodes
 807      *            set to true to take into account collapsed nodes (collapsed
 808      *            nodes have 1 child).
 809      */
 810     public void recalculateNumberOfExternalDescendants( final boolean consider_collapsed_nodes ) {
 811         if ( isEmpty() ) {
 812             return;
 813         }
 814         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPostorder(); iter.hasNext(); ) {
 815             final PhylogenyNode node = iter.next();
 816             if ( node.isExternal() || ( consider_collapsed_nodes && node.isCollapse() ) ) {
 817                 node.setSumExtNodes( 1 );
 818             }
 819             else {
 820                 int sum = 0;
 821                 for( int i = 0; i < node.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
 822                     sum += node.getChildNode( i ).getNumberOfExternalNodes();
 823                 }
 824                 node.setSumExtNodes( sum );
 825             }
 826         }
 827     }
 828
 829     /**
 830      * Places the root of this Phylogeny on the parent branch of the
 831      * PhylogenyNode with a corresponding ID. The new root is always placed on
 832      * the middle of the branch. If the resulting reRooted Phylogeny is to be
 833      * used any further, in most cases the following methods have to be called
 834      * on the resulting Phylogeny:
 835      * <p>
 836      * <li>recalculateNumberOfExternalDescendants(boolean)
 837      * <li>recalculateAndReset()
 838      *
 839      * @param id
 840      *            ID (int) of PhylogenyNode of this Phylogeny
 841      */
 842     public void reRoot( final long id ) {
 843         reRoot( getNode( id ) );
 844     }
 845
 846     /**
 847      * Places the root of this Phylogeny on the parent branch PhylogenyNode n.
 848      * The new root is always placed on the middle of the branch.
 849      * <p>
 850      * If the resulting reRooted Phylogeny is to be used any further, in most
 851      * cases the following three methods have to be called on the resulting
 852      * Phylogeny:
 853      * <ul>
 854      * <li>recalculateNumberOfExternalDescendants(boolean) <li>recalculateAndReset()
 855      * </ul>
 856      * <p>
 857      * (Last modified: 10/01/01)
 858      *
 859      * @param n
 860      *            PhylogenyNode of this Phylogeny\
 861      */
 862     public void reRoot( final PhylogenyNode n ) {
 863         reRoot( n, -1 );
 864     }
 865
 866     public void reRoot( final PhylogenyNode n, final double distance_n_to_parent ) {
 867         if ( isEmpty() || ( getNumberOfExternalNodes() < 2 ) ) {
 868             return;
 869         }
 870         setRooted( true );
 871         if ( n.isRoot() ) {
 872             return;
 873         }
 874         else if ( n.getParent().isRoot() ) {
 875             if ( ( n.getParent().getNumberOfDescendants() == 2 ) && ( distance_n_to_parent >= 0 ) ) {
 876                 final double d = n.getParent().getChildNode1().getDistanceToParent()
 877                         + n.getParent().getChildNode2().getDistanceToParent();
 878                 PhylogenyNode other;
 879                 if ( n.getChildNodeIndex() == 0 ) {
 880                     other = n.getParent().getChildNode2();
 881                 }
 882                 else {
 883                     other = n.getParent().getChildNode1();
 884                 }
 885                 n.setDistanceToParent( distance_n_to_parent );
 886                 final double dm = d - distance_n_to_parent;
 887                 if ( dm >= 0 ) {
 888                     other.setDistanceToParent( dm );
 889                 }
 890                 else {
 891                     other.setDistanceToParent( 0 );
 892                 }
 893             }
 894             if ( n.getParent().getNumberOfDescendants() > 2 ) {
 895                 final int index = n.getChildNodeIndex();
 896                 final double dn = n.getDistanceToParent();
 897                 final PhylogenyNode prev_root = getRoot();
 898                 prev_root.getDescendants().remove( index );
 899                 final PhylogenyNode new_root = new PhylogenyNode();
 900                 new_root.setChildNode( 0, n );
 901                 new_root.setChildNode( 1, prev_root );
 902                 if ( n.getBranchDataDirectly() != null ) {
 903                     prev_root.setBranchData( ( BranchData ) n.getBranchDataDirectly().copy() );
 904                 }
 905                 setRoot( new_root );
 906                 if ( distance_n_to_parent >= 0 ) {
 907                     n.setDistanceToParent( distance_n_to_parent );
 908                     final double d = dn - distance_n_to_parent;
 909                     if ( d >= 0 ) {
 910                         prev_root.setDistanceToParent( d );
 911                     }
 912                     else {
 913                         prev_root.setDistanceToParent( 0 );
 914                     }
 915                 }
 916                 else {
 917                     if ( dn >= 0 ) {
 918                         final double d = dn / 2.0;
 919                         n.setDistanceToParent( d );
 920                         prev_root.setDistanceToParent( d );
 921                     }
 922                 }
 923             }
 924         }
 925         else {
 926             PhylogenyNode a = n;
 927             PhylogenyNode b = null;
 928             PhylogenyNode c = null;
 929             final PhylogenyNode new_root = new PhylogenyNode();
 930             double distance1 = 0.0;
 931             double distance2 = 0.0;
 932             BranchData branch_data_1 = null;
 933             BranchData branch_data_2 = null;
 934             b = a.getParent();
 935             c = b.getParent();
 936             new_root.setChildNode( 0, a );
 937             new_root.setChildNode( 1, b );
 938             distance1 = c.getDistanceToParent();
 939             if ( c.getBranchDataDirectly() != null ) {
 940                 branch_data_1 = ( BranchData ) c.getBranchDataDirectly().copy();
 941             }
 942             c.setDistanceToParent( b.getDistanceToParent() );
 943             if ( b.getBranchDataDirectly() != null ) {
 944                 c.setBranchData( ( BranchData ) b.getBranchDataDirectly().copy() );
 945             }
 946             if ( a.getBranchDataDirectly() != null ) {
 947                 b.setBranchData( ( BranchData ) a.getBranchDataDirectly().copy() );
 948             }
 949             // New root is always placed in the middle of the branch:
 950             if ( a.getDistanceToParent() == PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
 951                 b.setDistanceToParent( PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT );
 952             }
 953             else {
 954                 if ( distance_n_to_parent >= 0.0 ) {
 955                     final double diff = a.getDistanceToParent() - distance_n_to_parent;
 956                     a.setDistanceToParent( distance_n_to_parent );
 957                     b.setDistanceToParent( diff >= 0.0 ? diff : 0.0 );
 958                 }
 959                 else {
 960                     final double d = a.getDistanceToParent() / 2.0;
 961                     a.setDistanceToParent( d );
 962                     b.setDistanceToParent( d );
 963                 }
 964             }
 965             b.setChildNodeOnly( a.getChildNodeIndex( b ), c );
 966             // moving to the old root, swapping references:
 967             while ( !c.isRoot() ) {
 968                 a = b;
 969                 b = c;
 970                 c = c.getParent();
 971                 b.setChildNodeOnly( a.getChildNodeIndex( b ), c );
 972                 b.setParent( a );
 973                 distance2 = c.getDistanceToParent();
 974                 branch_data_2 = c.getBranchDataDirectly();
 975                 c.setDistanceToParent( distance1 );
 976                 c.setBranchData( branch_data_1 );
 977                 distance1 = distance2;
 978                 branch_data_1 = branch_data_2;
 979             }
 980             // removing the old root:
 981             if ( c.getNumberOfDescendants() == 2 ) {
 982                 final PhylogenyNode node = c.getChildNode( 1 - b.getChildNodeIndex( c ) );
 983                 node.setParent( b );
 984                 if ( ( c.getDistanceToParent() == PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT )
 985                         && ( node.getDistanceToParent() == PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
 986                     node.setDistanceToParent( PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT );
 987                 }
 988                 else {
 989                     node.setDistanceToParent( ( c.getDistanceToParent() >= 0.0 ? c.getDistanceToParent() : 0.0 )
 990                             + ( node.getDistanceToParent() >= 0.0 ? node.getDistanceToParent() : 0.0 ) );
 991                 }
 992                 if ( c.getBranchDataDirectly() != null ) {
 993                     node.setBranchData( ( BranchData ) c.getBranchDataDirectly().copy() );
 994                 }
 995                 for( int i = 0; i < b.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
 996                     if ( b.getChildNode( i ) == c ) {
 997                         b.setChildNodeOnly( i, node );
 998                         break;
 999                     }
1000                 }
1001             }
1002             else {
1003                 c.setParent( b );
1004                 c.removeChildNode( b.getChildNodeIndex( c ) );
1005             }
1006             setRoot( new_root );
1007         }
1008     }
1009
1010     /**
1011      * Sets all Nodes of this Phylogeny to not-collapsed.
1012      * <p>
1013      * In most cases methods adjustNodeCount(false) and recalculateAndReset()
1014      * need to be called after this method has been called.
1015      */
1016     public void setAllNodesToNotCollapse() {
1017         if ( isEmpty() ) {
1018             return;
1019         }
1020         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
1021             final PhylogenyNode node = iter.next();
1022             node.setCollapse( false );
1023         }
1024     }
1025
1026     public void setConfidence( final Confidence confidence ) {
1027         _confidence = confidence;
1028     }
1029
1030     public void setDescription( final String description ) {
1031         _description = description;
1032     }
1033
1034     public void setDistanceUnit( final String _distance_unit ) {
1035         this._distance_unit = _distance_unit;
1036     }
1037
1038     public void setIdentifier( final Identifier identifier ) {
1039         _identifier = identifier;
1040     }
1041
1042     public void setIdToNodeMap( final HashMap<Long, PhylogenyNode> idhash ) {
1043         _id_to_node_map = idhash;
1044     }
1045
1046     /**
1047      * Sets the indicators of all Nodes of this Phylogeny to 0.
1048      */
1049     public void setIndicatorsToZero() {
1050         if ( isEmpty() ) {
1051             return;
1052         }
1053         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
1054             iter.next().setIndicator( ( byte ) 0 );
1055         }
1056     } // setIndicatorsToZero()
1057
1058     /**
1059      * Sets the name of this Phylogeny to s.
1060      */
1061     public void setName( final String s ) {
1062         _name = s;
1063     }
1064
1065     public void setRelevantSequenceRelationTypes( final Collection<SequenceRelation.SEQUENCE_RELATION_TYPE> types ) {
1066         _relevant_sequence_relation_types = types;
1067     }
1068
1069     public void setRerootable( final boolean rerootable ) {
1070         _rerootable = rerootable;
1071     }
1072
1073     public void setRoot( final PhylogenyNode n ) {
1074         _root = n;
1075     }
1076
1077     /**
1078      * Sets whether this Phylogeny is rooted or not.
1079      */
1080     public void setRooted( final boolean b ) {
1081         _rooted = b;
1082     } // setRooted( boolean )
1083
1084     public void setSequenceRelationQueries( final Collection<Sequence> sequencesByName ) {
1085         _sequenceRelationQueries = sequencesByName;
1086     }
1087
1088     public void setType( final String type ) {
1089         _type = type;
1090     }
1091
1092     public String toNewHampshire() {
1093         return toNewHampshire( false, NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1094     }
1095
1096     public String toNewHampshire( final boolean simple_nh,
1097                                   final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE nh_conversion_support_style ) {
1098         try {
1099             return new PhylogenyWriter().toNewHampshire( this, simple_nh, true, nh_conversion_support_style )
1100                     .toString();
1101         }
1102         catch ( final IOException e ) {
1103             throw new Error( "this should not have happend: " + e.getMessage() );
1104         }
1105     }
1106
1107     public String toNewHampshireX() {
1108         try {
1109             return new PhylogenyWriter().toNewHampshireX( this ).toString();
1110         }
1111         catch ( final IOException e ) {
1112             throw new Error( "this should not have happend: " + e.getMessage() );
1113         }
1114     }
1115
1116     public String toNexus() {
1117         return toNexus( NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.NONE );
1118     }
1119
1120     public String toNexus( final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE svs ) {
1121         try {
1122             return new PhylogenyWriter().toNexus( this, svs ).toString();
1123         }
1124         catch ( final IOException e ) {
1125             throw new Error( "this should not have happend: " + e.getMessage() );
1126         }
1127     }
1128
1129     public String toPhyloXML( final int phyloxml_level ) {
1130         try {
1131             return new PhylogenyWriter().toPhyloXML( this, phyloxml_level ).toString();
1132         }
1133         catch ( final IOException e ) {
1134             throw new Error( "this should not have happend: " + e.getMessage() );
1135         }
1136     }
1137
1138     // ---------------------------------------------------------
1139     // Writing of Phylogeny to Strings
1140     // ---------------------------------------------------------
1141     /**
1142      * Converts this Phylogeny to a New Hampshire X (String) representation.
1143      *
1144      * @return New Hampshire X (String) representation of this
1145      * @see #toNewHampshireX()
1146      */
1147     @Override
1148     public String toString() {
1149         return toNewHampshireX();
1150     }
1151
1152     /**
1153      * Removes the root PhylogenyNode this Phylogeny.
1154      */
1155     public void unRoot() throws RuntimeException {
1156         if ( !isTree() ) {
1157             throw new FailedConditionCheckException( "Attempt to unroot a phylogeny which is not tree-like." );
1158         }
1159         if ( isEmpty() ) {
1160             return;
1161         }
1162         setIndicatorsToZero();
1163         if ( !isRooted() || ( getNumberOfExternalNodes() <= 1 ) ) {
1164             return;
1165         }
1166         setRooted( false );
1167         return;
1168     } // unRoot()
1169
1170     private HashMap<Long, PhylogenyNode> getIdToNodeMap() {
1171         return _id_to_node_map;
1172     }
1173
1174     /**
1175      * Return Node by TaxonomyId Olivier CHABROL :
1176      * olivier.chabrol@univ-provence.fr
1177      *
1178      * @param taxonomyID
1179      *            search taxonomy identifier
1180      * @param nodes
1181      *            sublist node to search
1182      * @return List node with the same taxonomy identifier
1183      */
1184     private List<PhylogenyNode> getNodeByTaxonomyID( final String taxonomyID, final List<PhylogenyNode> nodes ) {
1185         final List<PhylogenyNode> retour = new ArrayList<PhylogenyNode>();
1186         for( final PhylogenyNode node : nodes ) {
1187             if ( taxonomyID.equals( PhylogenyMethods.getTaxonomyIdentifier( node ) ) ) {
1188                 retour.add( node );
1189             }
1190         }
1191         return retour;
1192     }
1193
1194     /**
1195      * List all species contains in all leaf under a node Olivier CHABROL :
1196      * olivier.chabrol@univ-provence.fr
1197      *
1198      * @param node
1199      *            PhylogenyNode whose sub node species are returned
1200      * @return species contains in all leaf under the param node
1201      */
1202     private List<String> getSubNodeTaxonomy( final PhylogenyNode node ) {
1203         final List<String> taxonomyList = new ArrayList<String>();
1204         final List<PhylogenyNode> childs = node.getAllExternalDescendants();
1205         String speciesId = null;
1206         for( final PhylogenyNode phylogenyNode : childs ) {
1207             // taxId = new Long(phylogenyNode.getTaxonomyID());
1208             speciesId = PhylogenyMethods.getTaxonomyIdentifier( phylogenyNode );
1209             if ( !taxonomyList.contains( speciesId ) ) {
1210                 taxonomyList.add( speciesId );
1211             }
1212         }
1213         return taxonomyList;
1214     }
1215
1216     /**
1217      * Create a map [<PhylogenyNode, List<String>], the list contains the
1218      * species contains in all leaf under phylogeny node Olivier CHABROL :
1219      * olivier.chabrol@univ-provence.fr
1220      *
1221      * @param node
1222      *            the tree root node
1223      * @param map
1224      *            map to fill
1225      */
1226     private void getTaxonomyMap( final PhylogenyNode node, final Map<PhylogenyNode, List<String>> map ) {
1227         // node is leaf
1228         if ( node.isExternal() ) {
1229             return;
1230         }
1231         map.put( node, getSubNodeTaxonomy( node ) );
1232         getTaxonomyMap( node.getChildNode1(), map );
1233         getTaxonomyMap( node.getChildNode2(), map );
1234     }
1235
1236     private boolean isAllowMultipleParents() {
1237         return _allow_multiple_parents;
1238     }
1239
1240     /**
1241      * Util method to check if all element of a list is contains in the
1242      * rangeList. Olivier CHABROL : olivier.chabrol@univ-provence.fr
1243      *
1244      * @param list
1245      *            list to be check
1246      * @param rangeList
1247      *            the range list to compare
1248      * @return <code>true</code> if all param list element are contains in param
1249      *         rangeList, <code>false</code> otherwise.
1250      */
1251     private boolean isContains( final List<String> list, final List<String> rangeList ) {
1252         if ( list.size() > rangeList.size() ) {
1253             return false;
1254         }
1255         String l = null;
1256         for( final Iterator<String> iterator = list.iterator(); iterator.hasNext(); ) {
1257             l = iterator.next();
1258             if ( !rangeList.contains( l ) ) {
1259                 return false;
1260             }
1261         }
1262         return true;
1263     }
1264
1265     /**
1266      * Hashes the ID number of each PhylogenyNode of this Phylogeny to its
1267      * corresponding PhylogenyNode, in order to make method getNode( id ) run in
1268      * constant time. Important: The user is responsible for calling this method
1269      * (again) after this Phylogeny has been changed/created/renumbered.
1270      */
1271     private void reHashIdToNodeMap() {
1272         if ( isEmpty() ) {
1273             return;
1274         }
1275         setIdToNodeMap( new HashMap<Long, PhylogenyNode>() );
1276         for( final PhylogenyNodeIterator iter = iteratorPreorder(); iter.hasNext(); ) {
1277             final PhylogenyNode node = iter.next();
1278             getIdToNodeMap().put( node.getId(), node );
1279         }
1280     }
1281
1282     private void setAllowMultipleParents( final boolean allow_multiple_parents ) {
1283         _allow_multiple_parents = allow_multiple_parents;
1284     }
1285 }