forester/java/src/org/forester/phylogeny/PhylogenyBranch.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  27
  28 package org.forester.phylogeny;
  29
  30 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyData;
  31
  32 /*
  33  * @author Christian M. Zmasek
  34  */
  35 public class PhylogenyBranch {
  36
  37     private final PhylogenyNode _node_1;
  38     private final PhylogenyNode _node_2;
  39     private PhylogenyData       _data;
  40     private final boolean       _is_directed;
  41     private boolean             _towards_1;
  42
  43     public PhylogenyBranch( final PhylogenyNode first_node, final PhylogenyNode second_node ) {
  44         if ( ( first_node == null ) || ( second_node == null ) ) {
  45             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to create a branch with a null node" );
  46         }
  47         _node_1 = first_node;
  48         _node_2 = second_node;
  49         _is_directed = false;
  50     }
  51
  52     public PhylogenyBranch( final PhylogenyNode first_node,
  53                             final PhylogenyNode second_node,
  54                             final boolean direction_towards_first ) {
  55         if ( ( first_node == null ) || ( second_node == null ) ) {
  56             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to create a branch with a null node" );
  57         }
  58         _node_1 = first_node;
  59         _node_2 = second_node;
  60         _is_directed = true;
  61         _towards_1 = direction_towards_first;
  62     }
  63
  64     @Override
  65     public boolean equals( final Object obj ) {
  66         if ( this == obj ) {
  67             return true;
  68         }
  69         if ( obj == null ) {
  70             return false;
  71         }
  72         if ( getClass() != obj.getClass() ) {
  73             return false;
  74         }
  75         final PhylogenyBranch other = ( PhylogenyBranch ) obj;
  76         return hashCode() == other.hashCode();
  77     }
  78
  79     public PhylogenyNode getConnectedNode( final PhylogenyNode node ) throws IllegalArgumentException {
  80         if ( node == _node_1 ) {
  81             return _node_2;
  82         }
  83         else if ( node == _node_2 ) {
  84             return _node_1;
  85         }
  86         else {
  87             throw new IllegalArgumentException( "Attempt to get " + "connected node on branch with node which is "
  88                     + "not connected by the branch" );
  89         }
  90     }
  91
  92     public PhylogenyData getData() {
  93         return _data;
  94     }
  95
  96     public PhylogenyNode getFirstNode() {
  97         return _node_1;
  98     }
  99
 100     public PhylogenyNode getSecondNode() {
 101         return _node_2;
 102     }
 103
 104     @Override
 105     public int hashCode() {
 106         final int PRIME = 31;
 107         int result = 1;
 108         final int node_1_hc = _node_1.hashCode();
 109         final int node_2_hc = _node_2.hashCode();
 110         int hc_1 = 0;
 111         int hc_2 = 0;
 112         if ( !_is_directed ) {
 113             if ( node_1_hc > node_2_hc ) {
 114                 hc_1 = node_2_hc;
 115                 hc_2 = node_1_hc;
 116             }
 117             else {
 118                 hc_1 = node_1_hc;
 119                 hc_2 = node_2_hc;
 120             }
 121         }
 122         else {
 123             if ( _towards_1 ) {
 124                 hc_1 = node_2_hc;
 125                 hc_2 = node_1_hc;
 126             }
 127             else {
 128                 hc_1 = node_1_hc;
 129                 hc_2 = node_2_hc;
 130             }
 131         }
 132         result = ( PRIME * result ) + ( ( _data == null ) ? 0 : _data.hashCode() );
 133         result = ( PRIME * result ) + ( _is_directed ? 1231 : 1237 );
 134         result = ( PRIME * result ) + hc_1;
 135         result = ( PRIME * result ) + hc_2;
 136         return result;
 137     }
 138
 139     public boolean isDirected() {
 140         return _is_directed;
 141     }
 142
 143     public boolean isDirectionTowards( final PhylogenyNode node ) throws RuntimeException {
 144         if ( !isDirected() ) {
 145             throw new RuntimeException( "Attempt to get direction of undirected branch" );
 146         }
 147         return ( ( node == _node_1 ) && _towards_1 );
 148     }
 149
 150     public void setDirectionTowards( final PhylogenyNode node ) {
 151         _towards_1 = node == _node_1;
 152     }
 153
 154     @Override
 155     public String toString() {
 156         if ( isDirected() ) {
 157             if ( isDirectionTowards( getFirstNode() ) ) {
 158                 return ( getSecondNode().getName() + " -> " + getFirstNode().getName() );
 159             }
 160             else {
 161                 return ( getFirstNode().getName() + " -> " + getSecondNode().getName() );
 162             }
 163         }
 164         else {
 165             return ( getFirstNode().getName() + " -- " + getSecondNode().getName() );
 166         }
 167     }
 168 }