forester/java/src/org/forester/phylogeny/PhylogenyNode.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // Copyright (C) 2000-2001 Washington University School of Medicine
   8 // and Howard Hughes Medical Institute
   9 // All rights reserved
  10 //
  11 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  12 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  13 // License as published by the Free Software Foundation; either
  14 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  15 //
  16 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  17 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  18 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  19 // Lesser General Public License for more details.
  20 //
  21 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  22 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  23 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  24 //
  25 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  26 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  27
  28 package org.forester.phylogeny;
  29
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXFormatException;
  34 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXParser;
  35 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  36 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  37 import org.forester.phylogeny.data.BranchData;
  38 import org.forester.phylogeny.data.Confidence;
  39 import org.forester.phylogeny.data.NodeData;
  40 import org.forester.phylogeny.data.PhylogenyDataUtil;
  41 import org.forester.phylogeny.iterators.PreorderTreeIterator;
  42 import org.forester.util.ForesterUtil;
  43
  44 /**
  45  * Warning. Implementation of method 'compareTo' only looks at
  46  * node name. Thus, use of this class in SortedSets might lead
  47  * to unexpected behavior.
  48  *
  49  */
  50 public final class PhylogenyNode implements PhylogenyNodeI, Comparable<PhylogenyNode> {
  51
  52     private static int               _node_count      = 0;
  53     private byte                     _indicator;
  54     private int                      _id;
  55     private int                      _sum_ext_nodes;
  56     private float                    _x;
  57     private float                    _y;
  58     private double                   _distance_parent = PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT;
  59     private boolean                  _collapse;
  60     private PhylogenyNode            _parent;
  61     private PhylogenyNode            _link;
  62     private ArrayList<PhylogenyNode> _descendants;
  63     private NodeData                 _node_data;
  64     private BranchData               _branch_data;
  65     private float                    _x_secondary;
  66     private float                    _y_secondary;
  67
  68     /**
  69      * Default constructor for PhylogenyNode.
  70      */
  71     public PhylogenyNode() {
  72         //  init();
  73         setId( PhylogenyNode.getNodeCount() );
  74         PhylogenyNode.increaseNodeCount();
  75         setSumExtNodes( 1 ); // For ext node, this number is 1 (not 0!!)
  76     }
  77
  78     public void removeConnections() {
  79         _parent = null;
  80         _link = null;
  81         _descendants = null;
  82     }
  83
  84     /**
  85      * Adds PhylogenyNode n to the list of child nodes and sets the _parent of n
  86      * to this.
  87      *
  88      * @param n
  89      *            the PhylogenyNode to add
  90      */
  91     @Override
  92     final public void addAsChild( final PhylogenyNodeI node ) {
  93         final PhylogenyNode n = ( PhylogenyNode ) node;
  94         addChildNode( n );
  95         n.setParent( this );
  96     }
  97
  98     /**
  99      * Adds PhylogenyNode n to the list of child nodes. But does NOT set the
 100      * _parent of n to this.
 101      *
 102      * @see addAsChild( PhylogenyNode n )
 103      * @param n
 104      *            the PhylogenyNode to add
 105      */
 106     final private void addChildNode( final PhylogenyNode child ) {
 107         getDescendants().add( child );
 108     }
 109
 110     @Override
 111     // this is poor, as it only compares on names!
 112     final public int compareTo( final PhylogenyNode o ) {
 113         final PhylogenyNode n = o;
 114         if ( ( getName() == null ) || ( n.getName() == null ) ) {
 115             return 0;
 116         }
 117         return getName().compareTo( n.getName() );
 118     }
 119
 120     // ---------------------------------------------------------
 121     // Copy and delete Nodes, copy subtress
 122     // ---------------------------------------------------------
 123     /**
 124      * Returns a new PhylogenyNode which has its data copied from this
 125      * PhylogenyNode. Links to the other Nodes in the same Phylogeny are NOT
 126      * copied (e.g. _link to _parent). Field "_link" IS copied.
 127      *
 128      * @see #getLink()
 129      */
 130     final public PhylogenyNode copyNodeData() {
 131         final PhylogenyNode node = new PhylogenyNode();
 132         PhylogenyNode.decreaseNodeCount();
 133         node._id = _id;
 134         node._sum_ext_nodes = _sum_ext_nodes;
 135         node._indicator = _indicator;
 136         node._x = _x;
 137         node._y = _y;
 138         node._distance_parent = _distance_parent;
 139         node._collapse = _collapse;
 140         node._link = _link;
 141         if ( _node_data != null ) {
 142             node._node_data = ( NodeData ) _node_data.copy();
 143         }
 144         if ( _branch_data != null ) {
 145             node._branch_data = ( BranchData ) _branch_data.copy();
 146         }
 147         return node;
 148     }
 149
 150     /**
 151      * Returns a new PhylogenyNode which has the same data as this
 152      * PhylogenyNode. Links to the other Nodes in the same Phylogeny are NOT
 153      * copied (e.g. _link to _parent). Field "_link" IS copied.
 154      *
 155      * @see #getLink()
 156      */
 157     final public PhylogenyNode copyNodeDataShallow() {
 158         final PhylogenyNode node = new PhylogenyNode();
 159         PhylogenyNode.decreaseNodeCount();
 160         node._id = _id;
 161         node._sum_ext_nodes = _sum_ext_nodes;
 162         node._indicator = _indicator;
 163         node._x = _x;
 164         node._y = _y;
 165         node._distance_parent = _distance_parent;
 166         node._collapse = _collapse;
 167         node._link = _link;
 168         node._node_data = _node_data;
 169         node._branch_data = _branch_data;
 170         return node;
 171     }
 172
 173     @Override
 174     /**
 175      * Based on node name, sequence, and taxonomy.
 176      *
 177      *
 178      */
 179     final public boolean equals( final Object o ) {
 180         if ( this == o ) {
 181             return true;
 182         }
 183         else if ( o == null ) {
 184             return false;
 185         }
 186         else if ( o.getClass() != this.getClass() ) {
 187             throw new IllegalArgumentException( "attempt to check [" + this.getClass() + "] equality to " + o + " ["
 188                     + o.getClass() + "]" );
 189         }
 190         else {
 191             final PhylogenyNode other = ( PhylogenyNode ) o;
 192             if ( !getName().equals( other.getName() ) ) {
 193                 return false;
 194             }
 195             final NodeData this_data = getNodeData();
 196             final NodeData other_data = other.getNodeData();
 197             if ( ( this_data.isHasSequence() && other_data.isHasSequence() )
 198                     && ( this_data.isHasTaxonomy() && other_data.isHasTaxonomy() ) ) {
 199                 return ( this_data.getTaxonomy().isEqual( other_data.getTaxonomy() ) && this_data.getSequence()
 200                         .isEqual( other_data.getSequence() ) );
 201             }
 202             else if ( this_data.isHasTaxonomy() && other_data.isHasTaxonomy() ) {
 203                 return ( this_data.getTaxonomy().isEqual( other_data.getTaxonomy() ) );
 204             }
 205             else if ( this_data.isHasSequence() && other_data.isHasSequence() ) {
 206                 return ( this_data.getSequence().isEqual( other_data.getSequence() ) );
 207             }
 208             else if ( getName().length() > 0 ) {
 209                 // Node name is not empty, and equal.
 210                 return true;
 211             }
 212             else {
 213                 return false;
 214             }
 215         }
 216     }
 217
 218     // ---------------------------------------------------------
 219     // Obtaining of Nodes
 220     // ---------------------------------------------------------
 221     /**
 222      * Returns a List containing references to all external children of this
 223      * PhylogenyNode.
 224      *
 225      * @return List of references to external Nodes
 226      */
 227     final public List<PhylogenyNode> getAllExternalDescendants() {
 228         final List<PhylogenyNode> nodes = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 229         if ( isExternal() ) {
 230             nodes.add( this );
 231             return nodes;
 232         }
 233         PhylogenyNode node1 = this;
 234         while ( !node1.isExternal() ) {
 235             node1 = node1.getFirstChildNode();
 236         }
 237         PhylogenyNode node2 = this;
 238         while ( !node2.isExternal() ) {
 239             node2 = node2.getLastChildNode();
 240         }
 241         while ( node1 != node2 ) {
 242             nodes.add( node1 );
 243             node1 = node1.getNextExternalNode();
 244         }
 245         nodes.add( node2 );
 246         return nodes;
 247     }
 248
 249     /**
 250      * Returns a List containing references to all names of the external
 251      * children of this PhylogenyNode.
 252      *
 253      * @return List of references to names of external Nodes
 254      */
 255     final public List<String> getAllExternalDescendantsNames() {
 256         final List<PhylogenyNode> c = getAllExternalDescendants();
 257         final List<String> n = new ArrayList<String>( c.size() );
 258         for( final PhylogenyNode phylogenyNode : c ) {
 259             n.add( phylogenyNode.getName() );
 260         }
 261         return n;
 262     }
 263
 264     final public BranchData getBranchData() {
 265         if ( _branch_data == null ) {
 266             _branch_data = new BranchData();
 267         }
 268         return _branch_data;
 269     }
 270
 271     final BranchData getBranchDataDirectly() {
 272         return _branch_data;
 273     }
 274
 275     /**
 276      * This return child node n of this node.
 277      *
 278      * @param n
 279      *            the index of the child to get
 280      * @return the child node with index n
 281      * @throws IllegalArgumentException
 282      *             if n is out of bounds
 283      */
 284     @Override
 285     final public PhylogenyNode getChildNode( final int i ) {
 286         if ( isExternal() ) {
 287             throw new UnsupportedOperationException( "attempt to get the child node of an external node." );
 288         }
 289         if ( ( i >= getNumberOfDescendants() ) || ( i < 0 ) ) {
 290             throw new IllegalArgumentException( "attempt to get child node " + i + " of a node with "
 291                     + getNumberOfDescendants() + " child nodes" );
 292         }
 293         return getDescendants().get( i );
 294     }
 295
 296     /**
 297      * Convenience method. Returns the first child PhylogenyNode of this
 298      * PhylogenyNode.
 299      */
 300     final public PhylogenyNode getChildNode1() {
 301         return getChildNode( 0 );
 302     }
 303
 304     /**
 305      * Convenience method. Returns the second child PhylogenyNode of this
 306      * PhylogenyNode.
 307      * <p>
 308      * [last modified May 18, 2005 by CMZ]
 309      */
 310     final public PhylogenyNode getChildNode2() {
 311         return getChildNode( 1 );
 312     }
 313
 314     /**
 315      * This gets the child node index of this node.
 316      * <p>
 317      *
 318      * @return the child node index of this node
 319      * @throws UnsupportedOperationException
 320      *             if this node is a root node
 321      */
 322     final public int getChildNodeIndex() {
 323         return getChildNodeIndex( getParent() );
 324     }
 325
 326     /**
 327      * This gets the child node index of this node, given that parent is its
 328      * parent
 329      * <p>
 330      * [last modified Aug 14, 2006 by CMZ]
 331      *
 332      * @return the child node index of this node
 333      * @throws UnsupportedOperationException
 334      *             if this node is a root node
 335      */
 336     final public int getChildNodeIndex( final PhylogenyNode parent ) {
 337         if ( isRoot() ) {
 338             throw new UnsupportedOperationException( "Cannot get the child index for a root node." );
 339         }
 340         for( int i = 0; i < parent.getNumberOfDescendants(); ++i ) {
 341             if ( parent.getChildNode( i ) == this ) {
 342                 return i;
 343             }
 344         }
 345         throw new RuntimeException( "Unexpected exception: Could not determine the child index for node: " + this );
 346     }
 347
 348     final public List<PhylogenyNode> getDescendants() {
 349         if ( _descendants == null ) {
 350             _descendants = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 351         }
 352         return _descendants;
 353     }
 354
 355     /**
 356      * Returns the length of the branch leading to the _parent of this
 357      * PhylogenyNode (double).
 358      */
 359     @Override
 360     final public double getDistanceToParent() {
 361         return _distance_parent;
 362     }
 363
 364     /**
 365      * Convenience method. Returns the first child node of this node.
 366      * <p>
 367      * [last modified May 18, 2005 by CMZ]
 368      *
 369      * @return the first child node of this node
 370      */
 371     public final PhylogenyNode getFirstChildNode() {
 372         return getChildNode( 0 );
 373     }
 374
 375     /**
 376      * Returns the _indicator value of this PhylogenyNode.
 377      */
 378     public final byte getIndicator() {
 379         return _indicator;
 380     }
 381
 382     /**
 383      * Convenience method. Returns the last child node of this node.
 384      * <p>
 385      * [last modified May 18, 2005 by CMZ]
 386      *
 387      * @return the last child node of this node
 388      */
 389     public final PhylogenyNode getLastChildNode() {
 390         return getChildNode( getNumberOfDescendants() - 1 );
 391     }
 392
 393     /**
 394      * Returns a refernce to the linked PhylogenyNode of this PhylogenyNode.
 395      * Currently, this method is only used for the speciation-_duplication
 396      * assignment algorithms.
 397      */
 398     public final PhylogenyNode getLink() {
 399         return _link;
 400     }
 401
 402     /**
 403      * Returns a refernce to the next external PhylogenyNode of this
 404      * PhylogenyNode. TODO should be in Phylogeny. Returns null if no next
 405      * external node is available.
 406      */
 407     public final PhylogenyNode getNextExternalNode() {
 408         if ( isInternal() ) {
 409             throw new UnsupportedOperationException( "attempt to get next external node of an internal node" );
 410         }
 411         else if ( isLastExternalNode() ) {
 412             return null;
 413         }
 414         int index = getChildNodeIndex();
 415         PhylogenyNode previous_node = this;
 416         PhylogenyNode current_node = getParent();
 417         while ( !current_node.isRoot()
 418                 && ( ( current_node.getNumberOfDescendants() == 1 ) || previous_node.isLastChildNode() ) ) {
 419             index = current_node.getChildNodeIndex();
 420             previous_node = current_node;
 421             current_node = current_node.getParent();
 422         }
 423         current_node = current_node.getChildNode( index + 1 );
 424         while ( current_node.isInternal() ) {
 425             current_node = current_node.getFirstChildNode();
 426         }
 427         return current_node;
 428     }
 429
 430     public final PhylogenyNode getNextExternalNodeWhileTakingIntoAccountCollapsedNodes() {
 431         //TODO work on me ~~
 432         if ( isInternal() && !isCollapse() ) {
 433             throw new UnsupportedOperationException( "attempt to get next external node of an uncollapsed internal node" );
 434         }
 435         if ( isRoot() ) {
 436             return null;
 437         }
 438         if ( getParent().isCollapse() ) {
 439             throw new UnsupportedOperationException( "attempt to get next external node of node with a collapsed parent" );
 440         }
 441         // This checks if last node.
 442         PhylogenyNode n = this;
 443         boolean last = true;
 444         while ( !n.isRoot() ) {
 445             if ( !n.isLastChildNode() ) {
 446                 last = false;
 447                 break;
 448             }
 449             n = n.getParent();
 450         }
 451         if ( last ) {
 452             return null;
 453         }
 454         int index = getChildNodeIndex();
 455         PhylogenyNode previous_node = this;
 456         PhylogenyNode current_node = getParent();
 457         while ( !current_node.isRoot()
 458                 && ( current_node.isCollapse() || ( current_node.getNumberOfDescendants() == 1 ) || previous_node
 459                         .isLastChildNode() ) ) {
 460             index = current_node.getChildNodeIndex();
 461             previous_node = current_node;
 462             current_node = current_node.getParent();
 463         }
 464         if ( index < current_node.getNumberOfDescendants() - 1 ) {
 465             current_node = current_node.getChildNode( index + 1 );
 466         }
 467         while ( current_node.isInternal() && !current_node.isCollapse() ) {
 468             current_node = current_node.getFirstChildNode();
 469         }
 470         return current_node;
 471     }
 472
 473     public final NodeData getNodeData() {
 474         if ( _node_data == null ) {
 475             _node_data = new NodeData();
 476         }
 477         return _node_data;
 478     }
 479
 480     final NodeData getNodeDataDirectly() {
 481         return _node_data;
 482     }
 483
 484     // ---------------------------------------------------------
 485     // Set and get methods for Nodes
 486     // ---------------------------------------------------------
 487     /**
 488      * Returns the ID (int) of this PhylogenyNode.
 489      */
 490     @Override
 491     final public int getId() {
 492         return _id;
 493     }
 494
 495     @Override
 496     final public String getName() {
 497         return getNodeData().getNodeName();
 498     }
 499
 500     final public List<PhylogenyNode> getAllDescendants() {
 501         return _descendants;
 502     }
 503
 504     final public int getNumberOfDescendants() {
 505         if ( _descendants == null ) {
 506             return 0;
 507         }
 508         return _descendants.size();
 509     }
 510
 511     /**
 512      * Returns the total number of external Nodes originating from this
 513      * PhylogenyNode (int).
 514      */
 515     final public int getNumberOfExternalNodes() {
 516         return _sum_ext_nodes;
 517     }
 518
 519     final public int getNumberOfParents() {
 520         return 1;
 521     }
 522
 523     /**
 524      * Returns a refernce to the parent PhylogenyNode of this PhylogenyNode.
 525      */
 526     final public PhylogenyNode getParent() {
 527         return _parent;
 528     }
 529
 530     /**
 531      * Returns a refernce to the next external PhylogenyNode of this
 532      * PhylogenyNode. TODO should be in Phylogeny. Returns null if no next
 533      * external node is available.
 534      */
 535     final public PhylogenyNode getPreviousExternalNode() {
 536         if ( isInternal() ) {
 537             throw new UnsupportedOperationException( "Cannot get the previous external node for an internal node." );
 538         }
 539         else if ( isRoot() /* TODO && tree is rooted */) {
 540             throw new UnsupportedOperationException( "Cannot get the previous external node for a root node." );
 541         }
 542         else if ( isFirstExternalNode() ) {
 543             throw new UnsupportedOperationException( "Attempt to get previous external node of the first external node." );
 544         }
 545         int index = getChildNodeIndex();
 546         PhylogenyNode previous_node = this;
 547         PhylogenyNode current_node = getParent();
 548         while ( !current_node.isRoot()
 549                 && ( ( current_node.getNumberOfDescendants() == 1 ) || previous_node.isFirstChildNode() ) ) {
 550             index = current_node.getChildNodeIndex();
 551             previous_node = current_node;
 552             current_node = current_node.getParent();
 553         }
 554         current_node = current_node.getChildNode( index - 1 );
 555         while ( current_node.isInternal() ) {
 556             current_node = current_node.getLastChildNode();
 557         }
 558         return current_node;
 559     }
 560
 561     /**
 562      * Used for drawing of Trees.
 563      */
 564     final public float getXcoord() {
 565         return _x;
 566     }
 567
 568     final public float getXSecondary() {
 569         return _x_secondary;
 570     }
 571
 572     /**
 573      * Used for drawing of Trees.
 574      */
 575     final public float getYcoord() {
 576         return _y;
 577     }
 578
 579     final public float getYSecondary() {
 580         return _y_secondary;
 581     }
 582
 583     @Override
 584     final public int hashCode() {
 585         final NodeData data = getNodeData();
 586         if ( ( getName().length() < 1 ) && !data.isHasSequence() && !data.isHasTaxonomy() ) {
 587             return super.hashCode();
 588         }
 589         int result = getName().hashCode();
 590         if ( data.isHasSequence() ) {
 591             result ^= data.getSequence().hashCode();
 592         }
 593         if ( data.isHasTaxonomy() ) {
 594             result ^= data.getTaxonomy().hashCode();
 595         }
 596         return result;
 597     }
 598
 599     // final private void init() {
 600     //_descendants = new ArrayList<PhylogenyNode>();
 601     //  _parent = null; //TODO not needed?
 602     //  _id = 0; //TODO not needed?
 603     //initializeData(); //TODO not needed?
 604     //}
 605     /**
 606      * Deletes data of this PhylogenyNode. Links to the other Nodes in the
 607      * Phylogeny, the ID and the sum of external nodes are NOT deleted. Field
 608      * "_link" (_link to Nodes in other Phylogeny) IS deleted.
 609      *
 610      * @see #getLink() (Last modified: 12/20/03)
 611      */
 612     //    final private void initializeData() {
 613     //        _indicator = 0;
 614     //        _x = 0;
 615     //        _y = 0;
 616     //        //_node_name = "";
 617     //        _distance_parent = PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT;
 618     //        _collapse = false;
 619     //        _link = null;
 620     //        _branch_data = null;
 621     //        _node_data = null;
 622     //    }
 623     /**
 624      * Returns whether this PhylogenyNode should be drawn as collapsed.
 625      */
 626     final public boolean isCollapse() {
 627         return _collapse;
 628     }
 629
 630     /**
 631      * Returns true if this PhylogenyNode represents a _duplication event, false
 632      * otherwise.
 633      */
 634     final public boolean isDuplication() {
 635         return getNodeData().isHasEvent() && getNodeData().getEvent().isDuplication();
 636     }
 637
 638     /**
 639      * Checks whether this PhylogenyNode is external (tip).
 640      *
 641      * @return true if this PhylogenyNode is external, false otherwise
 642      */
 643     final public boolean isExternal() {
 644         if ( _descendants == null ) {
 645             return true;
 646         }
 647         return ( getNumberOfDescendants() < 1 );
 648     }
 649
 650     /**
 651      * DOCUMENT ME!
 652      *
 653      * @return DOCUMENT ME!
 654      */
 655     final public boolean isFirstChildNode() {
 656         if ( isRoot() /* and tree is rooted TODO */) {
 657             throw new UnsupportedOperationException( "Cannot determine whether the root is the first child node of its _parent." );
 658         }
 659         return ( getChildNodeIndex() == 0 );
 660     }
 661
 662     /**
 663      * DOCUMENT ME!
 664      *
 665      * @return DOCUMENT ME!
 666      */
 667     final public boolean isFirstExternalNode() {
 668         if ( isInternal() ) {
 669             return false;
 670         }
 671         PhylogenyNode node = this;
 672         while ( !node.isRoot() ) {
 673             if ( !node.isFirstChildNode() ) {
 674                 return false;
 675             }
 676             node = node.getParent();
 677         }
 678         return true;
 679     }
 680
 681     /**
 682      * Returns whether a _duplication or speciation event has been assigned for
 683      * this PhylogenyNode.
 684      */
 685     final public boolean isHasAssignedEvent() {
 686         if ( !getNodeData().isHasEvent() ) {
 687             return false;
 688         }
 689         if ( ( getNodeData().getEvent() ).isUnassigned() ) {
 690             return false;
 691         }
 692         return true;
 693     }
 694
 695     /**
 696      * Checks whether this PhylogenyNode is internal (tip).
 697      *
 698      * @return true if this PhylogenyNode is external, false otherwise
 699      */
 700     final public boolean isInternal() {
 701         return ( !isExternal() );
 702     }
 703
 704     /**
 705      * Returns true if this node is the last child node of its _parent.
 706      * <p>
 707      * [last modified June 01, 2005 by CMZ]
 708      *
 709      * @return true if this node is the last child node of its _parent, false
 710      *         otherwise
 711      */
 712     final public boolean isLastChildNode() {
 713         if ( isRoot() /* and tree is rooted TODO */) {
 714             throw new UnsupportedOperationException( "Cannot determine whether the root is the last child node of its _parent." );
 715         }
 716         return ( getChildNodeIndex() == ( getParent().getNumberOfDescendants() - 1 ) );
 717     }
 718
 719     /**
 720      * DOCUMENT ME!
 721      *
 722      * @return DOCUMENT ME!
 723      */
 724     final public boolean isLastExternalNode() {
 725         if ( isInternal() ) {
 726             return false;
 727         }
 728         PhylogenyNode node = this;
 729         while ( !node.isRoot() ) {
 730             if ( !node.isLastChildNode() ) {
 731                 return false;
 732             }
 733             node = node.getParent();
 734         }
 735         return true;
 736     }
 737
 738     /**
 739      * Checks whether this PhylogenyNode is a root.
 740      *
 741      * @return true if this PhylogenyNode is the root, false otherwise
 742      */
 743     final public boolean isRoot() {
 744         return _parent == null;
 745     }
 746
 747     final public boolean isSpeciation() {
 748         return getNodeData().isHasEvent() && getNodeData().getEvent().isSpeciation();
 749     }
 750
 751     // ---------------------------------------------------------
 752     // Basic printing
 753     // ---------------------------------------------------------
 754     /**
 755      * Prints to the console the subtree originating from this PhylogenyNode in
 756      * preorder.
 757      */
 758     public void preorderPrint() {
 759         System.out.println( this + "\n" );
 760         if ( isInternal() ) {
 761             for( int i = 0; i < getNumberOfDescendants(); ++i ) {
 762                 getChildNode( i ).preorderPrint();
 763             }
 764         }
 765     }
 766
 767     final public void removeChildNode( final int i ) {
 768         if ( isExternal() ) {
 769             throw new UnsupportedOperationException( "cannot get the child node for a external node." );
 770         }
 771         if ( ( i >= getNumberOfDescendants() ) || ( i < 0 ) ) {
 772             throw new IllegalArgumentException( "attempt to get child node " + i + " of a node with "
 773                     + getNumberOfDescendants() + " child nodes." );
 774         }
 775         getDescendants().remove( i );
 776     }
 777
 778     final public void removeChildNode( final PhylogenyNode remove_me ) {
 779         removeChildNode( remove_me.getChildNodeIndex() );
 780     }
 781
 782     final public void setBranchData( final BranchData branch_data ) {
 783         _branch_data = branch_data;
 784     }
 785
 786     /**
 787      * Sets the first child PhylogenyNode of this PhylogenyNode to n.
 788      */
 789     final public void setChild1( final PhylogenyNode n ) {
 790         setChildNode( 0, n );
 791     }
 792
 793     /**
 794      * Sets the second child PhylogenyNode of this PhylogenyNode to n.
 795      */
 796     final public void setChild2( final PhylogenyNode n ) {
 797         setChildNode( 1, n );
 798     }
 799
 800     /**
 801      * Inserts PhylogenyNode n at the specified position i into the list of
 802      * child nodes. This does not allow null slots in the list of child nodes:
 803      * If i is larger than the number of child nodes, n is just added to the
 804      * list, not place at index i.
 805      *
 806      * @param i
 807      *            the index of position where to add the child
 808      * @param n
 809      *            the PhylogenyNode to add
 810      */
 811     final public void setChildNode( final int i, final PhylogenyNode node ) {
 812         node.setParent( this );
 813         if ( getNumberOfDescendants() <= i ) {
 814             addChildNode( node );
 815         }
 816         else {
 817             getDescendants().set( i, node );
 818         }
 819     }
 820
 821     final void setChildNodeOnly( final int i, final PhylogenyNode node ) {
 822         if ( getNumberOfDescendants() <= i ) {
 823             addChildNode( node );
 824         }
 825         else {
 826             getDescendants().set( i, node );
 827         }
 828     }
 829
 830     /**
 831      * Sets whether this PhylogenyNode should be drawn as collapsed.
 832      */
 833     final public void setCollapse( final boolean b ) {
 834         _collapse = b;
 835     }
 836
 837     /**
 838      * Sets the length of the branch leading to the _parent of this
 839      * PhylogenyNode to double d.
 840      */
 841     @Override
 842     final public void setDistanceToParent( final double d ) {
 843         _distance_parent = d;
 844     }
 845
 846     /**
 847      * Sets the _indicator value of this PhylogenyNode to i.
 848      */
 849     final public void setIndicator( final byte i ) {
 850         _indicator = i;
 851     }
 852
 853     // --------------------------------------------------------------------
 854     // Adjust methods (related to Phylogeny construction and
 855     // Phylogeny modification)
 856     // --------------------------------------------------------------------
 857     /**
 858      * Sets the indicators of all the children of this PhylogenyNode to zero.
 859      */
 860     final void setIndicatorsToZero() {
 861         for( final PreorderTreeIterator it = new PreorderTreeIterator( this ); it.hasNext(); ) {
 862             it.next().setIndicator( ( byte ) 0 );
 863         }
 864     }
 865
 866     /**
 867      * Sets the linked PhylogenyNode of this PhylogenyNode to n. Currently, this
 868      * method is only used for the speciation-_duplication assignment
 869      * algorithms.
 870      */
 871     final public void setLink( final PhylogenyNode n ) {
 872         _link = n;
 873     }
 874
 875     /**
 876      * Sets the name of this node.
 877      */
 878     @Override
 879     final public void setName( final String node_name ) {
 880         getNodeData().setNodeName( node_name );
 881     }
 882
 883     /**
 884      * Sets the Id of this PhylogenyNode to i. In most cases, this number
 885      * should not be set to values lower than getNodeCount() -- which this method
 886      * does not allow.
 887      */
 888     synchronized final protected void setId( final int i ) {
 889         if ( i < getNodeCount() ) {
 890             throw new IllegalArgumentException( "attempt to set node id to a value less than total node count (thus violating the uniqueness of node ids)" );
 891         }
 892         _id = i;
 893     }
 894
 895     /**
 896      * Sets the _parent PhylogenyNode of this PhylogenyNode to n.
 897      */
 898     @Override
 899     final public void setParent( final PhylogenyNode n ) {
 900         _parent = n;
 901     }
 902
 903     /**
 904      * Sets the total number of external Nodes originating from this
 905      * PhylogenyNode to i (int).
 906      */
 907     final public void setSumExtNodes( final int i ) {
 908         if ( i < 0 ) {
 909             throw new IllegalArgumentException( "attempt to set sum of external nodes to less than one" );
 910         }
 911         _sum_ext_nodes = i;
 912     }
 913
 914     /**
 915      * Used for drawing of Trees.
 916      */
 917     final public void setXcoord( final float x ) {
 918         _x = x;
 919     }
 920
 921     final public void setXSecondary( final float x_secondary ) {
 922         _x_secondary = x_secondary;
 923     }
 924
 925     // -----------
 926     /**
 927      * Used for drawing of Trees.
 928      */
 929     final public void setYcoord( final float y ) {
 930         _y = y;
 931     }
 932
 933     final public void setYSecondary( final float y_secondary ) {
 934         _y_secondary = y_secondary;
 935     }
 936
 937     // ---------------------------------------------------------
 938     // Writing of Nodes to Strings
 939     // ---------------------------------------------------------
 940     final public String toNewHampshire( final boolean simple_nh,
 941                                         final boolean write_distance_to_parent,
 942                                         final NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE svs ) {
 943         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
 944         String data = "";
 945         if ( ( svs == NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.AS_INTERNAL_NODE_NAMES ) && !isExternal() ) {
 946             if ( getBranchData().isHasConfidences()
 947                     && ( getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) ) {
 948                 data = Confidence.FORMATTER.format( ForesterUtil
 949                         .round( getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(),
 950                                 PhyloXmlUtil.ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT ) );
 951             }
 952         }
 953         else if ( !ForesterUtil.isEmpty( getName() ) ) {
 954             data = getName();
 955         }
 956         else if ( getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
 957             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
 958                 data = getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode();
 959             }
 960             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
 961                 data = getNodeData().getTaxonomy().getScientificName();
 962             }
 963             else if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getCommonName() ) ) {
 964                 data = getNodeData().getTaxonomy().getCommonName();
 965             }
 966             else if ( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() != null ) {
 967                 data = getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode();
 968             }
 969         }
 970         else if ( getNodeData().isHasSequence() ) {
 971             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
 972                 data = getNodeData().getSequence().getName();
 973             }
 974         }
 975         if ( data.length() > 0 ) {
 976             data = ForesterUtil.replaceIllegalNhCharacters( data );
 977             if ( simple_nh && ( data.length() > 10 ) ) {
 978                 data = data.substring( 0, 11 );
 979             }
 980             if ( ForesterUtil.isContainsParanthesesableNhCharacter( data ) ) {
 981                 sb.append( '\'' );
 982                 sb.append( data );
 983                 sb.append( '\'' );
 984             }
 985             else {
 986                 sb.append( data );
 987             }
 988         }
 989         if ( write_distance_to_parent && ( getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) ) {
 990             sb.append( ":" );
 991             sb.append( getDistanceToParent() );
 992         }
 993         if ( ( svs == NH_CONVERSION_SUPPORT_VALUE_STYLE.IN_SQUARE_BRACKETS ) && !isExternal()
 994                 && getBranchData().isHasConfidences()
 995                 && ( getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue() != Confidence.CONFIDENCE_DEFAULT_VALUE ) ) {
 996             sb.append( "[" );
 997             sb.append( Confidence.FORMATTER.format( ForesterUtil
 998                     .round( getBranchData().getConfidence( 0 ).getValue(),
 999                             PhyloXmlUtil.ROUNDING_DIGITS_FOR_PHYLOXML_DOUBLE_OUTPUT ) ) );
1000             sb.append( "]" );
1001         }
1002         return sb.toString();
1003     }
1004
1005     /**
1006      * Swaps the the two childern of a PhylogenyNode node of this Phylogeny.
1007      */
1008     public final void swapChildren() throws RuntimeException {
1009         if ( isExternal() ) {
1010             throw new RuntimeException( "attempt to swap descendants of external node" );
1011         }
1012         if ( getNumberOfDescendants() != 2 ) {
1013             throw new RuntimeException( "attempt to swap descendants of node with " + getNumberOfDescendants()
1014                     + " descendants" );
1015         }
1016         final PhylogenyNode a = getChildNode( 0 );
1017         final PhylogenyNode b = getChildNode( 1 );
1018         setChildNode( 0, b );
1019         setChildNode( 1, a );
1020     }
1021
1022     /**
1023      * Converts this PhylogenyNode to a New Hampshire X (NHX) String
1024      * representation.
1025      */
1026     final public String toNewHampshireX() {
1027         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
1028         final StringBuffer s_nhx = new StringBuffer();
1029         if ( !ForesterUtil.isEmpty( getName() ) ) {
1030             final String name = ForesterUtil.replaceIllegalNhCharacters( getName() );
1031             if ( ForesterUtil.isContainsParanthesesableNhCharacter( name ) ) {
1032                 sb.append( '\'' );
1033                 sb.append( name );
1034                 sb.append( '\'' );
1035             }
1036             else {
1037                 sb.append( name );
1038             }
1039         }
1040         if ( getDistanceToParent() != PhylogenyDataUtil.BRANCH_LENGTH_DEFAULT ) {
1041             sb.append( ":" );
1042             sb.append( getDistanceToParent() );
1043         }
1044         if ( getNodeDataDirectly() != null ) {
1045             s_nhx.append( getNodeDataDirectly().toNHX() );
1046         }
1047         if ( getBranchDataDirectly() != null ) {
1048             s_nhx.append( getBranchDataDirectly().toNHX() );
1049         }
1050         if ( s_nhx.length() > 0 ) {
1051             sb.append( "[&&NHX" );
1052             sb.append( s_nhx );
1053             sb.append( "]" );
1054         }
1055         return sb.toString();
1056     }
1057
1058     @Override
1059     final public String toString() {
1060         final StringBuilder sb = new StringBuilder();
1061         if ( getNodeData().isHasTaxonomy() ) {
1062             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() ) ) {
1063                 sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getScientificName() );
1064                 sb.append( " " );
1065             }
1066             else if ( ( sb.length() <= 1 ) && !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() ) ) {
1067                 sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getTaxonomyCode() );
1068                 sb.append( " " );
1069             }
1070             else if ( getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier() != null ) {
1071                 sb.append( getNodeData().getTaxonomy().getIdentifier().toString() );
1072                 sb.append( " " );
1073             }
1074         }
1075         if ( getNodeData().isHasSequence() ) {
1076             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getSequence().getName() ) ) {
1077                 sb.append( getNodeData().getSequence().getName() );
1078                 sb.append( " " );
1079             }
1080             if ( !ForesterUtil.isEmpty( getNodeData().getSequence().getSymbol() ) ) {
1081                 sb.append( getNodeData().getSequence().getSymbol() );
1082                 sb.append( " " );
1083             }
1084             if ( getNodeData().getSequence().getAccession() != null ) {
1085                 sb.append( getNodeData().getSequence().getAccession().toString() );
1086                 sb.append( " " );
1087             }
1088         }
1089         if ( ( sb.length() <= 1 ) && !ForesterUtil.isEmpty( getName() ) ) {
1090             sb.append( getName() );
1091             sb.append( " " );
1092         }
1093         if ( sb.length() <= 1 ) {
1094             sb.append( "[" );
1095             sb.append( getId() );
1096             sb.append( "]" );
1097         }
1098         return sb.toString().trim();
1099     }
1100
1101     /**
1102      * Decreases the total number of all Nodes created so far by one.
1103      */
1104     final static synchronized void decreaseNodeCount() {
1105         --PhylogenyNode._node_count;
1106     }
1107
1108     /**
1109      * Returns the total number of all Nodes created so far.
1110      *
1111      * @return total number of Nodes (int)
1112      */
1113     synchronized final public static int getNodeCount() {
1114         return PhylogenyNode._node_count;
1115     }
1116
1117     /**
1118      * Increases the total number of all Nodes created so far by one.
1119      */
1120     synchronized final private static void increaseNodeCount() {
1121         ++PhylogenyNode._node_count;
1122     }
1123
1124     /**
1125      * Sets the total number of all Nodes created so far to i (int).
1126      */
1127     synchronized final static void setNodeCount( final int i ) {
1128         PhylogenyNode._node_count = i;
1129     }
1130
1131     public static PhylogenyNode createInstanceFromNhxString( final String nhx ) throws NHXFormatException,
1132             PhyloXmlDataFormatException {
1133         return new PhylogenyNode( nhx, PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION.NO, false );
1134     }
1135
1136     public static PhylogenyNode createInstanceFromNhxString( final String nhx,
1137                                                              final PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction )
1138             throws NHXFormatException, PhyloXmlDataFormatException {
1139         return new PhylogenyNode( nhx, taxonomy_extraction, false );
1140     }
1141
1142     public static PhylogenyNode createInstanceFromNhxString( final String nhx,
1143                                                              final PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction,
1144                                                              final boolean replace_underscores )
1145             throws NHXFormatException, PhyloXmlDataFormatException {
1146         return new PhylogenyNode( nhx, taxonomy_extraction, replace_underscores );
1147     }
1148
1149     private PhylogenyNode( final String nhx,
1150                            final PhylogenyMethods.TAXONOMY_EXTRACTION taxonomy_extraction,
1151                            final boolean replace_underscores ) throws NHXFormatException, PhyloXmlDataFormatException {
1152         //  init();
1153         NHXParser.parseNHX( nhx, this, taxonomy_extraction, replace_underscores );
1154         setId( PhylogenyNode.getNodeCount() );
1155         PhylogenyNode.increaseNodeCount();
1156         setSumExtNodes( 1 ); // For ext node, this number is 1 (not 0!!)
1157     }
1158 }