forester/java/src/org/forester/phylogeny/data/BranchColor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.data;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.Writer;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33 import org.forester.util.ForesterUtil;
  34
  35 public class BranchColor implements PhylogenyData {
  36
  37     private Color _color;
  38
  39     public BranchColor() {
  40         _color = null;
  41     }
  42
  43     public BranchColor( final Color color ) {
  44         _color = color;
  45     }
  46
  47     @Override
  48     public StringBuffer asSimpleText() {
  49         return new StringBuffer( getValue().toString() );
  50     }
  51
  52     @Override
  53     public StringBuffer asText() {
  54         return new StringBuffer( getValue().toString() );
  55     }
  56
  57     @Override
  58     /**
  59      * Not a deep copy.
  60      *
  61      */
  62     public PhylogenyData copy() {
  63         final BranchColor bc = new BranchColor();
  64         bc.setValue( getValue() );
  65         return bc;
  66     }
  67
  68     public Color getValue() {
  69         return _color;
  70     }
  71
  72     @Override
  73     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
  74         return getValue().equals( ( ( BranchColor ) data ).getValue() );
  75     }
  76
  77     public void setValue( final Color color ) {
  78         _color = color;
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public StringBuffer toNHX() {
  83         throw new UnsupportedOperationException();
  84     }
  85
  86     @Override
  87     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
  88         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  89         writer.write( indentation );
  90         PhylogenyDataUtil.appendOpen( writer, PhyloXmlMapping.COLOR );
  91         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_RED, getValue().getRed() + "", indentation );
  92         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_GREEN, getValue().getGreen() + "", indentation );
  93         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_BLUE, getValue().getBlue() + "", indentation );
  94         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  95         writer.write( indentation );
  96         PhylogenyDataUtil.appendClose( writer, PhyloXmlMapping.COLOR );
  97     }
  98
  99     @Override
 100     public String toString() {
 101         return asText().toString();
 102     }
 103 }