forester/java/src/org/forester/phylogeny/data/BranchColor.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.data;
  27
  28 import java.awt.Color;
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.io.Writer;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.nhx.NHXtags;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public class BranchColor implements PhylogenyData {
  37
  38     private Color _color;
  39
  40     public BranchColor() {
  41         _color = null;
  42     }
  43
  44     public BranchColor( final Color color ) {
  45         _color = color;
  46     }
  47
  48     @Override
  49     public StringBuffer asSimpleText() {
  50         return new StringBuffer( getValue().toString() );
  51     }
  52
  53     @Override
  54     public StringBuffer asText() {
  55         return new StringBuffer( getValue().toString() );
  56     }
  57
  58     @Override
  59     /**
  60      * Not a deep copy.
  61      *
  62      */
  63     public PhylogenyData copy() {
  64         final BranchColor bc = new BranchColor();
  65         bc.setValue( getValue() );
  66         return bc;
  67     }
  68
  69     public Color getValue() {
  70         return _color;
  71     }
  72
  73     @Override
  74     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
  75         return getValue().equals( ( ( BranchColor ) data ).getValue() );
  76     }
  77
  78     public void setValue( final Color color ) {
  79         _color = color;
  80     }
  81
  82     @Override
  83     public StringBuffer toNHX() {
  84         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  85         sb.append( NHXtags.COLOR );
  86         sb.append( getValue().getRed() );
  87         sb.append( "." );
  88         sb.append( getValue().getGreen() );
  89         sb.append( "." );
  90         sb.append( getValue().getBlue() );
  91         return sb;
  92     }
  93
  94     @Override
  95     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
  96         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  97         writer.write( indentation );
  98         PhylogenyDataUtil.appendOpen( writer, PhyloXmlMapping.COLOR );
  99         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_RED, getValue().getRed() + "", indentation );
 100         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_GREEN, getValue().getGreen() + "", indentation );
 101         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.COLOR_BLUE, getValue().getBlue() + "", indentation );
 102         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
 103         writer.write( indentation );
 104         PhylogenyDataUtil.appendClose( writer, PhyloXmlMapping.COLOR );
 105     }
 106
 107     @Override
 108     public String toString() {
 109         return asText().toString();
 110     }
 111 }