forester/java/src/org/forester/phylogeny/data/Polygon.java

   1 // $Id:
   2 // forester -- software libraries and applications
   3 // for genomics and evolutionary biology research.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2010 Christian M Zmasek
   6 // Copyright (C) 2010 Sanford-Burnham Medical Research Institute
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.data;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30 import java.util.ArrayList;
  31 import java.util.List;
  32
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  34 import org.forester.io.writers.PhylogenyWriter;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public class Polygon implements PhylogenyData {
  38
  39     private final List<Point> _points;
  40
  41     public Polygon( final List<Point> points ) {
  42         _points = points;
  43     }
  44
  45     @Override
  46     public StringBuffer asSimpleText() {
  47         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  48         boolean first = true;
  49         for( final Point point : getPoints() ) {
  50             if ( first ) {
  51                 first = false;
  52             }
  53             else {
  54                 sb.append( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  55             }
  56             sb.append( point.asSimpleText() );
  57         }
  58         return sb;
  59     }
  60
  61     @Override
  62     public StringBuffer asText() {
  63         return asSimpleText();
  64     }
  65
  66     @Override
  67     public PhylogenyData copy() {
  68         final List<Point> new_points = new ArrayList<Point>();
  69         for( final Point point : getPoints() ) {
  70             new_points.add( ( Point ) point.copy() );
  71         }
  72         return new Polygon( new_points );
  73     }
  74
  75     public List<Point> getPoints() {
  76         return _points;
  77     }
  78
  79     public boolean isEmpty() {
  80         return ForesterUtil.isEmpty( _points );
  81     }
  82
  83     @Override
  84     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
  85         throw new UnsupportedOperationException();
  86     }
  87
  88     @Override
  89     public StringBuffer toNHX() {
  90         throw new UnsupportedOperationException();
  91     }
  92
  93     @Override
  94     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
  95         if ( isEmpty() ) {
  96             return;
  97         }
  98         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
  99         writer.write( indentation );
 100         PhylogenyDataUtil.appendOpen( writer, PhyloXmlMapping.POLYGON );
 101         for( final Point point : getPoints() ) {
 102             point.toPhyloXML( writer, level, indentation + PhylogenyWriter.PHYLO_XML_INTENDATION_BASE );
 103             writer.write( indentation );
 104         }
 105         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
 106         writer.write( indentation );
 107         PhylogenyDataUtil.appendClose( writer, PhyloXmlMapping.POLYGON );
 108     }
 109 }