forester/java/src/org/forester/phylogeny/data/Reference.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org
  25
  26 package org.forester.phylogeny.data;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30
  31 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlDataFormatException;
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlUtil;
  34 import org.forester.util.ForesterUtil;
  35
  36 public class Reference implements PhylogenyData {
  37
  38     String _desc;
  39     String _doi;
  40
  41     public Reference( final String desc ) {
  42         _desc = desc;
  43         _doi = "";
  44     }
  45
  46     public Reference( final String desc, final String doi ) {
  47         _desc = desc;
  48         _doi = doi;
  49     }
  50
  51     @Override
  52     public StringBuffer asSimpleText() {
  53         return new StringBuffer( getDescription() );
  54     }
  55
  56     @Override
  57     public StringBuffer asText() {
  58         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  59         if ( !ForesterUtil.isEmpty( getDoi() ) ) {
  60             sb.append( "[doi:" );
  61             sb.append( getDoi() );
  62             sb.append( "] " );
  63         }
  64         sb.append( getDescription() );
  65         return sb;
  66     }
  67
  68     @Override
  69     public PhylogenyData copy() {
  70         return new Reference( getDescription(), getDoi() );
  71     }
  72
  73     public String getDoi() {
  74         return _doi;
  75     }
  76
  77     public String getDescription() {
  78         return _desc;
  79     }
  80
  81     @Override
  82     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
  83         if ( ( data == null ) || ( getDescription() == null ) ) {
  84             return false;
  85         }
  86         return ( ( Reference ) data ).getDescription().equals( getDescription() )
  87                 && ( ( Reference ) data ).getDoi().equals( getDoi() );
  88     }
  89
  90     public void setDoi( final String doi ) throws PhyloXmlDataFormatException {
  91         if ( !ForesterUtil.isEmpty( doi ) && !PhyloXmlUtil.LIT_REF_DOI_PATTERN.matcher( doi ).matches() ) {
  92             throw new PhyloXmlDataFormatException( "illegal doi: [" + doi + "]" );
  93         }
  94         _doi = doi;
  95     }
  96
  97     public void setValue( final String value ) {
  98         _desc = value;
  99     }
 100
 101     @Override
 102     public StringBuffer toNHX() {
 103         throw new UnsupportedOperationException();
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
 108         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
 109         writer.write( indentation );
 110         PhylogenyDataUtil.appendOpen( writer, PhyloXmlMapping.REFERENCE, PhyloXmlMapping.REFERENCE_DOI_ATTR, getDoi() );
 111         if ( !ForesterUtil.isEmpty( getDescription() ) ) {
 112             PhylogenyDataUtil.appendElement( writer, PhyloXmlMapping.REFERENCE_DESC, getDescription(), indentation );
 113         }
 114         writer.write( ForesterUtil.LINE_SEPARATOR );
 115         writer.write( indentation );
 116         PhylogenyDataUtil.appendClose( writer, PhyloXmlMapping.REFERENCE );
 117     }
 118
 119     @Override
 120     public String toString() {
 121         return asText().toString();
 122     }
 123 }