forester/java/src/org/forester/phylogeny/data/Uri.java

   1 // $Id:
   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
   4 //
   5 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   7 // All rights reserved
   8 //
   9 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  10 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  11 // License as published by the Free Software Foundation; either
  12 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  13 //
  14 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  15 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  16 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  17 // Lesser General Public License for more details.
  18 //
  19 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  20 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.data;
  27
  28 import java.io.IOException;
  29 import java.io.Writer;
  30 import java.net.URI;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlMapping;
  33
  34 public class Uri implements PhylogenyData {
  35
  36     final private URI    _uri;
  37     final private String _description;
  38     final private String _type;
  39
  40     public Uri( final String uri_str, final String description, final String type ) {
  41         if ( uri_str == null ) {
  42             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create Uri from null" );
  43         }
  44         _uri = URI.create( uri_str );
  45         _description = description;
  46         _type = type;
  47     }
  48
  49     public Uri( final URI uri ) {
  50         if ( uri == null ) {
  51             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create Uri from null URI" );
  52         }
  53         _uri = uri;
  54         _description = "";
  55         _type = "";
  56     }
  57
  58     public Uri( final URI uri, final String description, final String type ) {
  59         if ( uri == null ) {
  60             throw new IllegalArgumentException( "attempt to create Uri from null URI" );
  61         }
  62         _uri = uri;
  63         _description = description;
  64         _type = type;
  65     }
  66
  67     @Override
  68     public StringBuffer asSimpleText() {
  69         return new StringBuffer( getValue().toString() );
  70     }
  71
  72     @Override
  73     public StringBuffer asText() {
  74         final StringBuffer sb = new StringBuffer();
  75         sb.append( "[" );
  76         sb.append( getDescription() );
  77         sb.append( " " );
  78         sb.append( getType() );
  79         sb.append( "] " );
  80         sb.append( getValue().toString() );
  81         return sb;
  82     }
  83
  84     @Override
  85     public PhylogenyData copy() {
  86         return new Uri( getValue().toString(), new String( getDescription() ), new String( getType() ) );
  87     }
  88
  89     public String getDescription() {
  90         return _description;
  91     }
  92
  93     public String getType() {
  94         return _type;
  95     }
  96
  97     public URI getValue() {
  98         return _uri;
  99     }
 100
 101     @Override
 102     public boolean isEqual( final PhylogenyData data ) {
 103         throw new UnsupportedOperationException();
 104     }
 105
 106     @Override
 107     public StringBuffer toNHX() {
 108         throw new UnsupportedOperationException();
 109     }
 110
 111     @Override
 112     public void toPhyloXML( final Writer writer, final int level, final String indentation ) throws IOException {
 113         PhylogenyDataUtil.appendElement( writer,
 114                                          PhyloXmlMapping.URI,
 115                                          getValue().toString(),
 116                                          PhyloXmlMapping.TYPE_ATTR,
 117                                          getType(),
 118                                          PhyloXmlMapping.URI_DESC_ATTR,
 119                                          getDescription(),
 120                                          indentation );
 121     }
 122
 123     @Override
 124     public String toString() {
 125         return asSimpleText().toString();
 126     }
 127 }