forester/java/src/org/forester/phylogeny/factories/ParserBasedPhylogenyFactory.java

   1 // $Id:
   2 // $
   3 // FORESTER -- software libraries and applications
   4 // for evolutionary biology research and applications.
   5 //
   6 // Copyright (C) 2008-2009 Christian M. Zmasek
   7 // Copyright (C) 2008-2009 Burnham Institute for Medical Research
   8 // All rights reserved
   9 //
  10 // This library is free software; you can redistribute it and/or
  11 // modify it under the terms of the GNU Lesser General Public
  12 // License as published by the Free Software Foundation; either
  13 // version 2.1 of the License, or (at your option) any later version.
  14 //
  15 // This library is distributed in the hope that it will be useful,
  16 // but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  17 // MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU
  18 // Lesser General Public License for more details.
  19 //
  20 // You should have received a copy of the GNU Lesser General Public
  21 // License along with this library; if not, write to the Free Software
  22 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  23 //
  24 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  25 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  26
  27 package org.forester.phylogeny.factories;
  28
  29 import java.io.IOException;
  30 import java.util.List;
  31
  32 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  33 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  34 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  35 import org.forester.util.ForesterUtil;
  36
  37 public class ParserBasedPhylogenyFactory extends BasicPhylogenyFactory {
  38
  39     private final static PhylogenyFactory _instance;
  40     static {
  41         try {
  42             _instance = new ParserBasedPhylogenyFactory();
  43         }
  44         catch ( final Throwable e ) {
  45             throw new RuntimeException( e.getMessage() );
  46         }
  47     }
  48
  49     private ParserBasedPhylogenyFactory() {
  50         // Private constructor.
  51     }
  52
  53     @Override
  54     public Object clone() throws CloneNotSupportedException {
  55         throw new CloneNotSupportedException();
  56     }
  57
  58     @Override
  59     public synchronized Phylogeny[] create( final Object source, final Object parser, final List<Object> parameters )
  60             throws IOException {
  61         if ( !( parser instanceof PhylogenyParser ) ) {
  62             throw new IllegalArgumentException( "attempt to use object of type other than PhylogenyParser as creator for ParserBasedPhylogenyFactory" );
  63         }
  64         final PhylogenyParser my_parser = ( PhylogenyParser ) parser;
  65         my_parser.setSource( source );
  66         return my_parser.parse();
  67     }
  68
  69     public synchronized Phylogeny[] create( final Object source,
  70                                             final Object parser,
  71                                             final String schema_location,
  72                                             final List<Object> parameters ) throws IOException {
  73         if ( !( parser instanceof PhylogenyParser ) ) {
  74             throw new IllegalArgumentException( "attempt to use object of type other than PhylogenyParser as creator for ParserBasedPhylogenyFactory." );
  75         }
  76         if ( !( parser instanceof PhyloXmlParser ) ) {
  77             throw new IllegalArgumentException( "attempt to use schema location with other than phyloXML parser" );
  78         }
  79         final PhyloXmlParser xml_parser = ( PhyloXmlParser ) parser;
  80         if ( !ForesterUtil.isEmpty( schema_location ) ) {
  81             xml_parser.setValidateAgainstSchema( schema_location );
  82         }
  83         xml_parser.setSource( source );
  84         return xml_parser.parse();
  85     }
  86
  87     public static PhylogenyFactory getInstance() {
  88         return _instance;
  89     }
  90 }