forester/java/src/org/forester/phylogeny/iterators/ExternalForwardIterator.java

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   2 // FORESTER -- software libraries and applications
   3 // for evolutionary biology research and applications.
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  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: www.phylosoft.org/forester
  25
  26 package org.forester.phylogeny.iterators;
  27
  28 import java.util.NoSuchElementException;
  29
  30 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  31 import org.forester.phylogeny.PhylogenyNode;
  32
  33 /*
  34  * @author Christian Zmasek
  35  */
  36 public class ExternalForwardIterator implements PhylogenyNodeIterator {
  37
  38     private PhylogenyNode       _current_node;
  39     private final PhylogenyNode _last_ext_node;
  40     private final PhylogenyNode _first_ext_node;
  41
  42     /**
  43      * Constructor for ExternalForwardIterator.
  44      *
  45      * @param tree
  46      *            the tree on which to iterate over all external nodes.
  47      */
  48     public ExternalForwardIterator( final Phylogeny phylogeny ) throws IllegalArgumentException {
  49         if ( phylogeny.isEmpty() ) {
  50             throw new IllegalArgumentException( "attempt to use ExternalForwardIterator on an empty phylogeny" );
  51         }
  52         PhylogenyNode n = phylogeny.getRoot();
  53         while ( !n.isExternal() ) {
  54             n = n.getLastChildNode();
  55         }
  56         _last_ext_node = n;
  57         _first_ext_node = phylogeny.getFirstExternalNode();
  58         reset();
  59     }
  60
  61     private PhylogenyNode getCurrentNode() {
  62         return _current_node;
  63     }
  64
  65     private PhylogenyNode getFirstExtNode() {
  66         return _first_ext_node;
  67     }
  68
  69     private PhylogenyNode getLastExtNode() {
  70         return _last_ext_node;
  71     }
  72
  73     /*
  74      * (non-Javadoc)
  75      *
  76      * @see java.util.Iterator#hasNext()
  77      */
  78     @Override
  79     public boolean hasNext() {
  80         return getCurrentNode() != null;
  81     }
  82
  83     /*
  84      * (non-Javadoc)
  85      *
  86      * @see java.util.Iterator#next()
  87      */
  88     @Override
  89     public PhylogenyNode next() throws NoSuchElementException {
  90         if ( !hasNext() ) {
  91             throw new NoSuchElementException( "attempt to call \"next()\" on iterator which has no more next elements" );
  92         }
  93         final PhylogenyNode n = getCurrentNode();
  94         if ( n == getLastExtNode() ) {
  95             setCurrentNode( null );
  96         }
  97         else {
  98             setCurrentNode( n.getNextExternalNode() );
  99         }
 100         return n;
 101     }
 102
 103     /**
 104      * Not supported.
 105      *
 106      */
 107     @Override
 108     public void remove() {
 109         throw new UnsupportedOperationException();
 110     }
 111
 112     /**
 113      * DOCUMENT ME!
 114      */
 115     @Override
 116     public void reset() {
 117         setCurrentNode( getFirstExtNode() );
 118     }
 119
 120     private void setCurrentNode( final PhylogenyNode current_node ) {
 121         _current_node = current_node;
 122     }
 123 } // end of class ExternalForwardIterator