forester/java/src/org/forester/protein/BinaryDomainCombination.java

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  21 // Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  22 //
  23 // Contact: phylosoft @ gmail . com
  24 // WWW: https://sites.google.com/site/cmzmasek/home/software/forester
  25
  26 package org.forester.protein;
  27
  28 public interface BinaryDomainCombination extends Comparable<BinaryDomainCombination> {
  29
  30     public static final String SEPARATOR = "=";
  31
  32     public String getId0();
  33
  34     public String getId1();
  35
  36     short getId0Code();
  37
  38     short getId1Code();
  39
  40     public StringBuffer toGraphDescribingLanguage( final OutputFormat format,
  41                                                    final String node_attribute,
  42                                                    String edge_attribute );
  43
  44     public static enum DomainCombinationType {
  45         BASIC, DIRECTED, DIRECTED_ADJACTANT;
  46     }
  47
  48     public static enum OutputFormat {
  49         DOT
  50     }
  51 }